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- PDB-6ch2: Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliT-FliD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ch2
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliT-FliD complex
要素
  • Flagellar biosynthesis protein FlhA
  • Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / flagellar
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / protein folding / cell adhesion / extracellular region ...negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / protein folding / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar protein FliT / Flagellar protein FliT / Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar biosynthesis protein FlhA / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / FHIPEP family, domain 1 / Flagellin hook, IN motif ...Flagellar protein FliT / Flagellar protein FliT / Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar biosynthesis protein FlhA / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus / FHIPEP family, domain 1 / Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar protein FliT / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar biosynthesis protein FlhA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xing, Q. / Shi, K. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073854 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structures of chaperone-substrate complexes docked onto the export gate in a type III secretion system.
著者: Xing, Q. / Shi, K. / Portaliou, A. / Rossi, P. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2018年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthesis protein FlhA
B: Flagellar biosynthesis protein FlhA
C: Flagellar biosynthesis protein FlhA
D: Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT
E: Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT
F: Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,0708
ポリマ－168,8866
非ポリマー1842
水73941
1
A: Flagellar biosynthesis protein FlhA
D: Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3873
ポリマ－56,2952
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellar biosynthesis protein FlhA
E: Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3873
ポリマ－56,2952
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Flagellar biosynthesis protein FlhA
F: Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2952
ポリマ－56,2952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.110, 77.590, 119.270
Angle α, β, γ (deg.)86.88, 89.00, 84.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthesis protein FlhA


分子量: 36740.309 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 360-692 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: flhA, STM1913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40729
#2: タンパク質 Flagellar hook-associated protein 2,Flagellar protein FliT / HAP2 / Filament cap protein / Flagellar cap protein


分子量: 19555.023 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 1-122; 428-467 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌), (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: fliD, flaV, flbC, STM1960, fliT, STY2170, t0915 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16328, UniProt: P0A1N3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: CaCl2, PEG8000, Sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.695 Å / Num. obs: 44673 / % possible obs: 92.98 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 9.16
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.62 / Rsym value: 0.74 / % possible all: 93.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A5I

3a5i


解像度: 2.7→39.695 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 1990 4.46 %
Rwork0.2334 --
obs0.2348 44667 93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11161 0 12 41 11214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54715354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1614307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031996
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.76750.42031470.44223080X-RAY DIFFRACTION94
2.7675-2.84230.41741440.38833074X-RAY DIFFRACTION93
2.8423-2.92590.40341400.36263048X-RAY DIFFRACTION93
2.9259-3.02030.36951380.34933031X-RAY DIFFRACTION93
3.0203-3.12820.3751350.34112966X-RAY DIFFRACTION90
3.1282-3.25340.37951420.31353059X-RAY DIFFRACTION93
3.2534-3.40140.32171480.29523097X-RAY DIFFRACTION95
3.4014-3.58070.31061420.2613052X-RAY DIFFRACTION94
3.5807-3.80480.27811450.24223093X-RAY DIFFRACTION93
3.8048-4.09830.25271390.21982991X-RAY DIFFRACTION91
4.0983-4.51020.24821440.19053028X-RAY DIFFRACTION92
4.5102-5.16170.19111420.18363059X-RAY DIFFRACTION93
5.1617-6.49850.25981380.21492997X-RAY DIFFRACTION92
6.4985-39.69910.18461460.16013102X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1323-0.06770.08930.12580.02890.2819-0.03820.0204-0.4670.1866-0.08290.24530.2748-0.0092-0.01150.56940.058-0.10010.40230.1340.4891-3.9704-43.929-9.7376
20.3928-0.04220.33050.1513-0.11960.4173-0.06580.0823-0.12790.05880.1747-0.0298-0.11170.133-00.3996-0.04490.00320.5817-0.07940.389620.8008-25.6326-13.2602
3-0.01070.07450.03620.09520.02650.02780.1162-0.0610.3593-0.06480.118-0.185-0.08650.310100.6423-0.10410.06430.57650.00610.54675.0811-30.6504-51.0602
40.04520.0283-0.02920.0306-0.0030.045-0.0363-0.2330.3308-0.05230.23710.23590.0283-0.14280.00010.586-0.0016-0.04590.46810.09570.3801-1.3589-35.8891-46.3061
50.03550.0048-0.00480.0693-0.03520.01250.14140.05370.03780.1458-0.0938-0.0074-0.14770.427100.462-0.04920.05080.53330.00090.460213.2117-50.615-57.358
60.21520.027-0.1464-0.00360.05190.1939-0.0749-0.53190.2356-0.0717-0.01310.4119-0.54980.31670.0080.80210.0951-0.10950.2809-0.0930.7566-11.5962-26.6706-59.7483
70.0205-0.01290.00910.03660.04440.0395-0.338-0.15910.0240.0112-0.08950.2665-0.3172-0.067100.67070.0962-0.21930.50190.08830.7818-22.3812-28.2835-67.9661
80.026-0.06050.02630.0663-0.0287-0.007-0.01380.34670.1307-0.0404-0.0884-0.08710.1676-0.073300.50260.04330.10150.68730.00770.6986-19.6637-45.8792-77.8712
90.08570.00660.03010.10570.02330.07230.00490.5372-0.433-0.0201-0.1154-0.12870.1034-0.019600.45520.1225-0.0450.65160.09310.4837-16.0681-48.5824-74.245
100.05550.05630.01380.04510.03770.0359-0.25680.1473-0.09090.04250.15990.29940.05740.088800.7393-0.0265-0.04250.6313-0.06150.7796-1.753419.0011-29.3033
110.32190.20360.03840.0705-0.03240.1918-0.10790.1638-0.05190.1305-0.17480.16330.0521-0.2815-0.10960.5706-0.06480.13930.36290.02020.4938-6.69166.7933-32.8541
120.1557-0.18840.01340.16520.130.09960.1360.1109-0.1696-0.0513-0.32740.7051-0.10780.0802-0.00030.8421-0.08590.07110.4576-0.08150.7325-1.8478-13.6093-38.9147
130.0542-0.08740.09040.5877-0.48240.4056-0.0564-0.29270.4883-0.33080.0942-0.12570.1988-0.04750.040.4591-0.01550.10480.8324-0.35040.9619-2.2452-0.20018.9035
140.1417-0.12030.04660.1497-0.18780.64290.1813-0.76430.5501-0.00340.08160.02890.308-0.17120.60170.07050.05260.27790.6428-0.54070.8627-9.09613.004413.5991
150.26750.23080.00060.442-0.44620.8268-0.1211.0946-0.68840.05380.0180.1014-0.4001-0.1950.09710.0659-0.04180.06891.2812-0.68370.95768.7793-68.0679-97.9383
160.1161-0.0194-0.14990.56170.10340.42780.17430.4209-0.37640.16670.0136-0.1043-0.0791-0.0690.08290.35880.0143-0.03620.958-0.46770.93398.7149-67.0569-92.9665
17-0.00110.0087-0.01070.0072-0.00470.01080.07610.06250.1493-0.17270.00820.05760.19320.05920.00021.8940.06780.28661.0125-0.13011.2157-8.2295-9.8536-69.2267
18-0.0016-0.01040.01490.0097-0.01250.014-0.06520.0263-0.11680.0651-0.2451-0.05-0.00290.10601.9596-0.0403-0.06051.3565-0.14991.4437-7.2805-12.5061-89.2709
190.0066-0.0050.0213-0.00380.00720.0124-0.11940.0104-0.27110.066-0.0621-0.06480.10930.0317-01.6444-0.1586-0.08481.1081-0.03351.3497-9.7769-18.9046-87.2826
20-0.0325-0.02470.05770.1014-0.10840.07910.30830.62790.1145-0.061-0.33120.09690.070.415501.08390.2059-0.13611.1642-0.14160.6922-2.647-3.4763-69.0449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 360 through 498 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 499 through 690 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 359 through 397 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 398 through 431 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 432 through 479 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 480 through 533 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 534 through 581 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 582 through 621 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 622 through 690 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 360 through 431 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 432 through 564 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 565 through 690 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 5 through 41 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 42 through 164 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 4 through 83 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 84 through 165 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 4 through 35 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 36 through 86 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 87 through 117 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 118 through 173 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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