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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgo
タイトルMolecular basis for condensation domain-mediated chain release from the enacyloxin polyketide synthase
要素Condensation domain protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Polyketide / Nonribosomal peptide synthetase
機能・相同性TubC, N-terminal docking domain / TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC N-terminal docking domain / Condensation domain / Condensation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / catalytic activity / PHOSPHATE ION / Condensation domain protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Valentic, T.R. / Tsai, S.C. / Challis, G.L. / Lewandowski, J.R. / Kosol, S. / Gallo, A. / Griffiths, D. / Masschelein, J.L. / Jenner, M. / De los Santos, E.
資金援助 米国, 英国, European Union, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100305 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM076330 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L023342/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L022761/1 英国
European Research Council (ERC)639907European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for chain release from the enacyloxin polyketide synthase.
著者: Kosol, S. / Gallo, A. / Griffiths, D. / Valentic, T.R. / Masschelein, J. / Jenner, M. / de Los Santos, E.L.C. / Manzi, L. / Sydor, P.K. / Rea, D. / Zhou, S. / Fulop, V. / Oldham, N.J. / Tsai, ...著者: Kosol, S. / Gallo, A. / Griffiths, D. / Valentic, T.R. / Masschelein, J. / Jenner, M. / de Los Santos, E.L.C. / Manzi, L. / Sydor, P.K. / Rea, D. / Zhou, S. / Fulop, V. / Oldham, N.J. / Tsai, S.C. / Challis, G.L. / Lewandowski, J.R.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Condensation domain protein
B: Condensation domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7134
ポリマ－119,5232
非ポリマー1902
水19,2401068
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area44460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.630, 58.770, 107.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Condensation domain protein


分子量: 59761.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / AMMD) (バクテリア)
株: ATCC BAA-244 / AMMD / 遺伝子: Bamb_5915 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0B313
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.17-0.21 diammonium phosphate and 22-25% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→64.1 Å / Num. obs: 84342 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 12286 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.199 / Rrim(I) all: 0.388 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→51.687 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 1995 2.37 %
Rwork0.1803 --
obs0.1811 84037 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→51.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7955 0 10 1068 9033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17611148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4123008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.27151430.20935819X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10550.24131430.20275886X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.16740.26711440.20485820X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23740.28441380.25085748X-RAY DIFFRACTION99
2.2374-2.31730.36871340.30895615X-RAY DIFFRACTION96
2.3173-2.41010.321420.20055871X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.51980.22291470.1875840X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65270.22041420.18195903X-RAY DIFFRACTION100
2.6527-2.81880.21281420.18115852X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03650.18691420.17885879X-RAY DIFFRACTION100
3.0365-3.3420.19681480.18055905X-RAY DIFFRACTION100
3.342-3.82550.21441420.17435893X-RAY DIFFRACTION99
3.8255-4.81910.17171420.13915940X-RAY DIFFRACTION100
4.8191-51.70430.16581460.14916071X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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