[日本語] English
- PDB-6cgd: Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia in complex with GMPPNP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgd
タイトルAminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia in complex with GMPPNP, Magnesium, and Amikacin
要素Bifunctional AAC/APH
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Antibiotic / Aminoglycoside / Resistance / TRANSFERASE-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside phosphotransferase activity / aminoglycoside 2''-phosphotransferase / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AKN / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Bifunctional AAC/APH
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / : 2018
タイトル: Plasticity of Aminoglycoside Binding to Antibiotic Kinase APH(2′′)-Ia.
著者: Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional AAC/APH
B: Bifunctional AAC/APH
C: Bifunctional AAC/APH
D: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,35421
ポリマ-143,7934
非ポリマー3,56117
11,422634
1
A: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1406
ポリマ-35,9481
非ポリマー1,1925
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5545
ポリマ-35,9481
非ポリマー6064
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5545
ポリマ-35,9481
非ポリマー6064
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1055
ポリマ-35,9481
非ポリマー1,1564
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.080, 100.220, 93.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASPASPAA182 - 4798 - 305
21ASNASNASPASPBB182 - 4798 - 305
12ASNASNASPASPAA182 - 4798 - 305
22ASNASNASPASPCC182 - 4798 - 305
13ASNASNTYRTYRAA182 - 4778 - 303
23ASNASNTYRTYRDD182 - 4778 - 303
14ASNASNLYSLYSBB182 - 4788 - 304
24ASNASNLYSLYSCC182 - 4788 - 304
15TYRTYRLYSLYSBB179 - 4785 - 304
25TYRTYRLYSLYSDD179 - 4785 - 304
16ASNASNTYRTYRCC182 - 4778 - 303
26ASNASNTYRTYRDD182 - 4778 - 303

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bifunctional AAC/APH


分子量: 35948.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal domain of AAC(6')-Ie/APH(2'')-Ia bifunctional enzyme, residues 175-479
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / プラスミド: pET-22b-APH(2'')-Ia / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LDE3)
参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, aminoglycoside 2''-phosphotransferase

-
非ポリマー , 5種, 651分子

#2: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-AKN / (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide / AMIKACIN / アミカシン


分子量: 585.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C22H43N5O13 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80-120mM MgCl2, 8% glycerol, 10% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→90.74 Å / Num. obs: 81903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 10.563 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4534 / CC1/2: 0.557 / Rrim(I) all: 1.169 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLM0.1.27データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB 5IQA
解像度: 2.2→90.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 11.453 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20893 4128 5 %RANDOM
Rwork0.17191 ---
obs0.17378 77748 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.781 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→90.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9788 0 219 634 10641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01910228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.029330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.96813854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.354321564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93951188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46625.596545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.628151838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2381535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3552.8324755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3552.8324754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4574.2295933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4574.2295934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2793.1825473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2793.1835474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0844.6467919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.84924.03812395
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.84923.98412369
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A179010.09
12B179010.09
21A179600.09
22C179600.09
31A177120.09
32D177120.09
41B178260.1
42C178260.1
51B181610.07
52D181610.07
61C177820.1
62D177820.1
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 311 -
Rwork0.28 5693 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6228-2.19733.71031.3677-2.3263.96920.3231-0.1474-0.1979-0.29710.03380.19480.5326-0.0001-0.3570.38420.0826-0.23470.287-0.04690.199746.4732-2.969255.7742
23.09280.226-0.49840.3706-1.96410.5988-0.38210.39770.0126-0.06040.0443-0.04870.303-0.14450.33780.30510.00460.07610.2372-0.00790.304935.73870.666861.0346
37.591510.646-0.02614.9953-0.45813.214-0.1351-0.31460.1262-0.1814-0.26690.1893-0.1092-1.1690.4020.37880.01950.03040.4807-0.02670.481644.5639-2.526636.6257
41.66810.20920.92072.5794-1.31046.8010.04350.05760.2093-0.2714-0.1998-0.22860.03840.56990.15630.09790.0280.06010.27730.01970.063254.63612.409951.4726
514.46871.6397-0.81681.639-1.09420.74160.10560.0571-0.43250.21430.270.5522-0.1274-0.213-0.37560.33810.0030.08150.24490.0140.310441.74030.132150.4027
60.3402-0.62250.00368.1247-4.09692.3961-0.02730.14860.09-0.03040.027-0.14030.0389-0.18590.00040.3384-0.00940.02150.3831-0.01830.32942.785113.899452.9037
72.8542-1.2503-0.18525.2793-0.98772.81220.08550.0268-0.1159-0.0562-0.06360.29510.0046-0.075-0.02190.0246-0.0198-0.00430.1019-0.00280.017645.7886-5.978871.0683
84.4089-2.48721.03312.3853-0.71261.7225-0.0885-0.01060.23080.18980.02620.0505-0.3160.06670.06220.1563-0.01210.08020.0705-0.00510.107228.825811.135271.2694
911.48674.5451-3.72848.1617-2.23515.3706-0.09020.4937-0.5007-0.4753-0.0066-0.4170.23780.01210.09680.14180.07420.02230.1806-0.05810.117824.0896.203959.2588
107.65340.98283.50812.675-2.79555.74220.2859-1.1354-0.39420.3619-0.1375-0.0453-0.315-0.483-0.14840.23450.0476-0.02090.2310.04130.02936.90524.625120.7789
113.75492.346-1.27131.4722-0.79550.43080.0021-0.0465-0.1375-0.0005-0.0405-0.03950.00720.01690.03840.4079-0.0185-0.00430.33960.00650.360237.56142.660141.1435
121.56070.47680.63672.011-0.38226.8816-0.1007-0.22670.30.15670.0056-0.1326-0.58170.00990.09510.29110.07720.01150.0766-0.03060.101243.032812.923523.9808
130.1490.9865-0.127511.6761-1.63140.25180.0703-0.0144-0.0755-0.36440.01150.83180.127-0.0242-0.08190.35720.0071-0.08880.27570.00320.530139.66140.238427.153
142.5716-0.3004-2.875112.55242.08983.46090.2753-0.62110.02830.4143-0.28090.3265-0.25470.64160.00560.2419-0.02010.0140.3172-0.00050.30753.03221.757523.8871
154.9826-1.62090.6142.70540.12032.1662-0.110.0549-0.25240.05450.1760.29650.0034-0.1969-0.06590.13040.0360.00480.0550.02320.036133.70822.76345.6675
162.0243-1.59580.58634.7185-1.44851.80430.03410.1097-0.1223-0.0658-0.0668-0.0079-0.06180.00280.03270.0343-0.01220.02460.0606-0.05830.066449.7646-15.28097.7397
176.9813.36153.038510.51132.00736.29790.1297-0.52270.39290.6369-0.29010.7545-0.0611-0.53920.16040.1450.02750.1290.1173-0.04130.156244.2658-18.84420.1136
187.4385-2.2238-4.77841.1832.55095.5730.36780.4357-0.0984-0.2108-0.2625-0.1076-0.3456-0.7029-0.10530.2978-0.00760.13020.202-0.10310.204864.016535.711775.1219
1914.773114.21612.731715.66737.28411.5062-0.2560.03350.0344-0.45530.5785-0.2245-0.43871.2614-0.32250.474-0.04430.05430.61880.02410.699266.091135.121156.0251
202.5394-0.1817-0.36332.61581.34067.229-0.03220.1685-0.1276-0.3608-0.09520.15820.1851-0.46310.12740.0906-0.0375-0.03540.2186-0.0330.150355.955730.208270.8727
218.8730.0244-1.14840.30790.83642.5984-0.0999-0.14410.1475-0.01660.1696-0.0869-0.03190.4567-0.06970.2378-0.0144-0.00080.2424-0.02810.265468.934732.3969.5098
222.18542.63192.16073.24262.58252.15-0.01620.2597-0.10080.00610.1559-0.03720.03610.3046-0.13970.41820.04280.01380.4606-0.04160.398767.022219.425972.4809
232.8753-1.27730.76053.7026-1.73974.4683-0.0655-0.11030.2590.1696-0.0447-0.1472-0.3628-0.13730.11020.04070.0452-0.03280.1458-0.05710.111764.167339.392590.203
244.0504-1.9027-1.65712.27430.78862.02-0.2303-0.1295-0.3093-0.01330.09620.16850.219-0.14130.13410.0716-0.01720.00850.03420.00670.044181.716922.418791.9118
259.7522.86262.41628.33932.17747.3028-0.17910.32190.3768-0.3745-0.11730.595-0.0627-0.55540.29640.06310.03070.00610.10960.01430.072186.651926.506179.8317
268.1938-0.3904-5.69182.26931.55924.6921-0.1425-0.5559-0.17820.6252-0.00640.06630.4360.36670.14890.2659-0.01750.00660.307-0.00060.132174.344128.913940.5935
270.0619-0.10590.32274.79960.36141.9804-0.0245-0.0048-0.0018-0.1272-0.0225-0.4267-0.16230.13130.0470.27120.02010.03980.37030.05210.369873.258740.334336.5164
2811.20913.11315.881415.37156.89263.097-0.0981-0.09960.2261-0.2152-0.03730.1827-0.1302-0.00870.13530.6668-0.08730.02370.70360.00760.588173.197330.035260.8008
291.83540.0738-0.83932.7929-0.91076.9046-0.132-0.1744-0.2905-0.0577-0.0451-0.01040.2424-0.17920.17720.1878-0.0145-0.0050.2752-0.03240.24968.322620.286643.2735
300.1641-0.73880.04959.54070.99950.34660.05750.03730.2536-0.3236-0.2536-0.5866-0.16730.08230.19610.3979-0.03090.04560.36710.01860.44971.315532.811446.9185
310.8857-1.5215-2.17227.4142.91579.7161-0.1176-0.05330.18320.14780.04980.02180.0068-0.21240.06780.31780.0005-0.04990.3681-0.050.383256.289831.446443.7454
326.1919-0.12880.15382.5537-1.26042.271-0.04720.1971-0.0585-0.2395-0.0242-0.24030.16150.13990.07140.1926-0.00180.08270.2469-0.05670.115177.844831.74225.685
334.5316-2.8251-0.70254.826-0.10371.5835-0.050.03810.43720.24940.0909-0.2052-0.07050.0396-0.04090.1601-0.0453-0.06740.33660.07110.190861.319149.153928.2163
3410.37373.8053-4.56925.79961.72448.4620.023-0.70270.20060.9997-0.0805-0.83830.1111.05680.05750.54540.1348-0.27240.67880.06280.43466.396852.079141.0191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A500
2X-RAY DIFFRACTION1A700 - 702
3X-RAY DIFFRACTION1A900 - 906
4X-RAY DIFFRACTION2A600
5X-RAY DIFFRACTION3A182 - 187
6X-RAY DIFFRACTION4A188 - 207
7X-RAY DIFFRACTION4A217 - 229
8X-RAY DIFFRACTION4A237 - 277
9X-RAY DIFFRACTION5A208 - 216
10X-RAY DIFFRACTION6A230 - 236
11X-RAY DIFFRACTION7A278 - 318
12X-RAY DIFFRACTION7A367 - 431
13X-RAY DIFFRACTION8A319 - 366
14X-RAY DIFFRACTION8A432 - 447
15X-RAY DIFFRACTION9A448 - 479
16X-RAY DIFFRACTION10B500
17X-RAY DIFFRACTION10B700 - 702
18X-RAY DIFFRACTION10B900 - 909
19X-RAY DIFFRACTION11B179 - 187
20X-RAY DIFFRACTION12B188 - 207
21X-RAY DIFFRACTION12B217 - 229
22X-RAY DIFFRACTION12B237 - 277
23X-RAY DIFFRACTION13B208 - 216
24X-RAY DIFFRACTION14B230 - 236
25X-RAY DIFFRACTION15B278 - 318
26X-RAY DIFFRACTION15B367 - 431
27X-RAY DIFFRACTION16B319 - 366
28X-RAY DIFFRACTION16B432 - 447
29X-RAY DIFFRACTION17B448 - 479
30X-RAY DIFFRACTION18C500
31X-RAY DIFFRACTION18C700 - 702
32X-RAY DIFFRACTION18C900 - 906
33X-RAY DIFFRACTION19C182 - 187
34X-RAY DIFFRACTION20C188 - 207
35X-RAY DIFFRACTION20C217 - 229
36X-RAY DIFFRACTION20C237 - 277
37X-RAY DIFFRACTION21C208 - 216
38X-RAY DIFFRACTION22C230 - 236
39X-RAY DIFFRACTION23C278 - 318
40X-RAY DIFFRACTION23C367 - 431
41X-RAY DIFFRACTION24C319 - 366
42X-RAY DIFFRACTION24C432 - 447
43X-RAY DIFFRACTION25C448 - 479
44X-RAY DIFFRACTION26D500
45X-RAY DIFFRACTION26D700 - 702
46X-RAY DIFFRACTION26D900 - 909
47X-RAY DIFFRACTION27D600
48X-RAY DIFFRACTION28D179 - 187
49X-RAY DIFFRACTION29D188 - 207
50X-RAY DIFFRACTION29D217 - 229
51X-RAY DIFFRACTION29D237 - 277
52X-RAY DIFFRACTION30D208 - 216
53X-RAY DIFFRACTION31D230 - 236
54X-RAY DIFFRACTION32D278 - 318
55X-RAY DIFFRACTION32D367 - 431
56X-RAY DIFFRACTION33D319 - 366
57X-RAY DIFFRACTION33D432 - 447
58X-RAY DIFFRACTION34D448 - 478

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る