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- PDB-6cgb: chimera of mouse cadherin-11 EC1 and mouse cadherin-6 EC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgb
タイトルchimera of mouse cadherin-11 EC1 and mouse cadherin-6 EC2
要素Cadherin-11, Cadherin-6 chimera
キーワードCELL ADHESION / Cadherin EC domain Dimer Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of CDH11 function / corticospinal tract morphogenesis / Adherens junctions interactions / synaptic membrane adhesion / focal adhesion assembly / cell-substrate adhesion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Notch signaling pathway / negative regulation of cell migration / modulation of chemical synaptic transmission ...Regulation of CDH11 function / corticospinal tract morphogenesis / Adherens junctions interactions / synaptic membrane adhesion / focal adhesion assembly / cell-substrate adhesion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Notch signaling pathway / negative regulation of cell migration / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / synapse / calcium ion binding / glutamatergic synapse / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like ...Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cadherin-11 / Cadherin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.994 Å
データ登録者Brasch, J. / Harrison, O.J. / Shapiro, L. / Kaeser, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM062270 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB- 0918535 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Homophilic and Heterophilic Interactions of Type II Cadherins Identify Specificity Groups Underlying Cell-Adhesive Behavior.
著者: Brasch, J. / Katsamba, P.S. / Harrison, O.J. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Indra, I. / Kaczynska, A. / Kaeser, B. / Troyanovsky, S. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-11, Cadherin-6 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1437
ポリマ－22,7791
非ポリマー3636
水362
1
A: Cadherin-11, Cadherin-6 chimera
ヘテロ分子

A: Cadherin-11, Cadherin-6 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,28514
ポリマ－45,5582
非ポリマー72712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.496, 81.030, 166.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-11, Cadherin-6 chimera / OSF-4 / Osteoblast cadherin / OB-cadherin / Kidney cadherin / K-cadherin


分子量: 22779.195 Da / 分子数: 1
断片: cadherin-11 EC1 (UNP residues 54-155) + cadherin-6 EC2 (UNP residues 156-260)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh11, Cad-11, Cdh6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55288, UniProt: P97326
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 4 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, cryoprotectant: 30% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月13日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.994→30 Å / Num. obs: 7540 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.994→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 1.766 / Num. unique obs: 720

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2A4C & 6CGU

2a4c

6cgu


解像度: 2.994→19.681 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3005 379 5.03 %
Rwork0.2703 --
obs0.2718 7540 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.994→19.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1573 0 19 2 1594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5892195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.141956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9939-3.42510.39281230.39022322X-RAY DIFFRACTION99
3.4251-4.30780.37271240.30952355X-RAY DIFFRACTION100
4.3078-19.68150.25711320.23252484X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3462-0.23241.31140.8589-0.622.23060.0435-0.68410.36720.70240.121-0.0281-1.42490.3291-0.00061.2838-0.12910.12511.5357-0.11491.0613-5.6509-8.31045.7892
23.36050.04191.48182.15580.5082.82720.40480.01960.52650.30420.10130.2843-1.15430.0256-0.0011.1822-0.0630.21790.9090.13711.61373.72999.1918-34.6866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain a and resid 1:99
2X-RAY DIFFRACTION2chain a and resid 100:207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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