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- PDB-5jj7: Fic-1 (aa134 - 508 E274G) from C. elegans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jj7
タイトルFic-1 (aa134 - 508 E274G) from C. elegans
要素Adenosine monophosphate-protein transferase FICD homolog
キーワードTRANSFERASE / AMPylase / HYPE / fido domain
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylyltransferase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / nuclear envelope / defense response to Gram-negative bacterium / nuclear membrane / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. ...Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein adenylyltransferase fic-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.749 Å
データ登録者Cruz, V.E. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Fic-1 (aa134 - 508 E274G) from C. elegans
著者: Truttman, M.C. / Cruz, V.E. / Guo, X. / Engert, C. / Schwartz, T.U. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD homolog
B: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4054
ポリマ－86,2122
非ポリマー1922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.956, 192.956, 182.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Adenosine monophosphate-protein transferase FICD homolog


分子量: 43106.188 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 134-508 / 変異: E274G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ZK593.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 LOBSTR
参照: UniProt: Q23544, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.22 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.749→96.478 Å / Num. obs: 13578 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 11.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ED8

5ed8


解像度: 3.749→96.478 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 1348 9.97 %
Rwork0.216 --
obs0.2194 13522 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.749→96.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5053 0 10 0 5063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1626980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8153154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7485-3.88250.30031300.26991163X-RAY DIFFRACTION97
3.8825-4.0380.30241340.25461213X-RAY DIFFRACTION100
4.038-4.22170.30571340.23751207X-RAY DIFFRACTION100
4.2217-4.44430.23751350.22541213X-RAY DIFFRACTION100
4.4443-4.72270.24151320.22251215X-RAY DIFFRACTION100
4.7227-5.08740.25721350.21891211X-RAY DIFFRACTION100
5.0874-5.59930.29341340.24141211X-RAY DIFFRACTION100
5.5993-6.40940.29941370.24411231X-RAY DIFFRACTION100
6.4094-8.07450.23891370.20561234X-RAY DIFFRACTION100
8.0745-96.50990.19791400.17581276X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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