ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.11.1_2575: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 解像度: 2.083→32.783 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.61
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.263 | 268 | 9.74 % |
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Rwork | 0.2051 | - | - |
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obs | 0.2105 | 5269 | 98.86 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.083→32.783 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 396 | 10 | 8 | 21 | 435 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 421 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.915 | 563 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d26.122 | 282 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.115 | 63 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 67 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.0832-2.2928 | 0.3117 | 132 | 0.2229 | 1170 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.2928-2.6244 | 0.3152 | 137 | 0.2298 | 1165 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.6244-3.306 | 0.2616 | 115 | 0.2109 | 1221 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.306-32.787 | 0.2277 | 129 | 0.1864 | 1200 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.1306 | 0.0525 | 0.1203 | 0.344 | 0.0771 | 0.264 | 0.0206 | 0.0089 | -0.0098 | -0.0295 | -0.1153 | 0.0773 | 0.0579 | 0.0174 | -0.6756 | 0.1395 | -0.017 | 0.0304 | 0.1368 | -0.0481 | 0.0541 | 26.3181 | -13.5325 | -17.9916 | 2 | 4.5704 | 1.5957 | 0.8453 | 2.6127 | 1.0343 | 4.4121 | -0.0849 | 0.2044 | 0.379 | -0.1211 | 0.0368 | 0.1451 | -0.4498 | -0.2212 | 0.1241 | 0.2797 | -0.0134 | -0.0602 | 0.1645 | 0.0315 | 0.1497 | 19.9321 | -5.1678 | -27.4955 | 3 | 0.1473 | -0.5268 | 0.5903 | 2.6221 | -2.9808 | 3.3959 | 0.2118 | 0.1169 | 0.1156 | -0.1131 | 0.0499 | 0.5659 | -0.0076 | -0.0628 | -0.1848 | 0.1565 | 0.0359 | 0.003 | 0.1521 | 0.0234 | 0.2196 | 12.2778 | -12.4634 | -18.1216 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND RESID 1:16 )A1 - 16 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN B AND RESID 1:16 )B1 - 16 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ( CHAIN C AND RESID 1:16 )C1 - 16 | | | | | | |
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