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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cg4 | ||||||
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タイトル | Covalently crosslinked trimer of a macrocyclic peptide derived from Abeta(17-36) - (ORN)LCVFFCED(ORN)AII(2-nitrobenzylglycine)L(ORN)V | ||||||
要素 | ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-EZY-LEU-ORN-VAL | ||||||
キーワード | NEUROPEPTIDE / Amyloid (アミロイド) / oligomer (オリゴマー) / Alzheimer's Disease (アルツハイマー病) / Abeta (アミロイドβ) | ||||||
機能・相同性 | IODIDE ION 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.083 Å | ||||||
データ登録者 | Salveson, P.J. / Nowick, J.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018 タイトル: Controlling the Oligomerization State of A beta-Derived Peptides with Light. 著者: Salveson, P.J. / Haerianardakani, S. / Thuy-Boun, A. / Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cg4.cif.gz | 41 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cg4.ent.gz | 34.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cg4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1906.272 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 % |
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結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 0.2 M sodium chloride 28% 2-methyl-2,4-pentanediol 0.1 M potassium iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→32.8 Å / Num. obs: 5269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / CC1/2: 0.994 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.083→32.783 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.61
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.083→32.783 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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