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- PDB-6cfi: Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a 6-4 photoproduct UV lesion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfi
タイトルCrystal structure of Rad4-Rad23 bound to a 6-4 photoproduct UV lesion
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*(T64)P*TP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA repair protein RAD4
  • DNA('-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-')
  • UV excision repair protein RAD23
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleotide excision repair / DNA damage repair / xeroderma pigmentosum / Ultraviolet / XPC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PNGase complex / nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome binding / DNA topological change / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mismatch repair ...PNGase complex / nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome binding / DNA topological change / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mismatch repair / ERAD pathway / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / single-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rad4, beta-hairpin domain BHD1 / Rad4, beta-hairpin domain BHD2 / XPC-binding domain / DNA repair protein Rad4 / DNA repair protein Rad4, subgroup / Rad4/PNGase transglutaminase-like fold / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4, beta-hairpin domain 3 superfamily ...Rad4, beta-hairpin domain BHD1 / Rad4, beta-hairpin domain BHD2 / XPC-binding domain / DNA repair protein Rad4 / DNA repair protein Rad4, subgroup / Rad4/PNGase transglutaminase-like fold / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4, beta-hairpin domain 3 superfamily / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4 transglutaminase-like domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Anthopleurin-A / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Transglutaminase-like superfamily / UBA/TS-N domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Single Sheet / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD4 / UV excision repair protein RAD23
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.36241919841 Å
データ登録者Min, J. / Jeffrey, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1412692 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct recognition by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex.
著者: Paul, D. / Mu, H. / Zhao, H. / Ouerfelli, O. / Jeffrey, P.D. / Broyde, S. / Min, J.H.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD4
X: UV excision repair protein RAD23
W: DNA('-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-')
Y: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*(T64)P*TP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1204
ポリマ－95,1204
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area35920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.201, 80.201, 405.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD4


分子量: 62600.555 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 101-632 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD4, YER162C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14736
#2: タンパク質 UV excision repair protein RAD23


分子量: 17783.352 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 230-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD23, YEL037C, SYGP-ORF29 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32628
#3: DNA鎖 DNA('-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-')


分子量: 7290.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*(T64)P*TP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 7445.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: bis-tris propane 5 mM sodium chloride 100 mM 1-propanol 14% spermidine-HCl 5 mM dithiothreitol 5 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.362→68.95 Å / Num. obs: 19112 / % possible obs: 95.89 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 100.86313439 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.232 / Rpim(I) all: 0.06416 / Rrim(I) all: 0.2411 / Net I/σ(I): 11.98
反射 シェル解像度: 3.362→3.483 Å / 冗長度: 8.2 % / Num. unique obs: 1407 / % possible all: 72.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12rc1_2801精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.36241919841→74.5664038231 Å / SU ML: 0.541770523749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99257533985 / 位相誤差: 27.3113264241
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26822142011 964 5.04474331467 %
Rwork0.218896046274 18145 -
obs0.221283344424 19109 95.904642409 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.091042262 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.36241919841→74.5664038231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4495 978 0 0 5473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005274048039425687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9104467484987871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0469385679943858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00747620322038831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.11107732313278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3624-3.53970.3966575359731060.331894378762032X-RAY DIFFRACTION77.2957339118
3.5397-3.76150.3564459692161330.2969614879752442X-RAY DIFFRACTION93.3647570703
3.7615-4.05190.3138700830031740.24665715282618X-RAY DIFFRACTION100
4.0519-4.45960.2436453831241610.1949014278852650X-RAY DIFFRACTION100
4.4596-5.10480.2249110148091140.178826935652701X-RAY DIFFRACTION100
5.1048-6.43090.2573238854441350.2210062599952748X-RAY DIFFRACTION100
6.4309-74.58470.2412331578861410.201939499092954X-RAY DIFFRACTION99.8709261052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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