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万見
- PDB-2qsg: Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a UV-damaged DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qsg
タイトルCrystal structure of Rad4-Rad23 bound to a UV-damaged DNA
要素
  • DNA repair protein RAD4
  • UV excision repair protein RAD23
  • damaged strand of the CPD-mismatch DNA
  • native strand of the CPD-mismatch DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ALPHA-BETA STRUCTURE / BETA HAIRPIN / TRANSGLUTAMINASE FOLD / DNA-DAMAGE RECOGNITION / DNA REPAIR / DNA BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR / XERODERMA PIGMENTOSUM / DNA BINDING / PROTEIN-DNA COMPLEX / CYCLOBUTANEPYRIMIDINE CPD DIMER / ULTRAVIOLET UV DAMAGE / MISMATCH DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PNGase complex / nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome binding / DNA topological change / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mismatch repair ...PNGase complex / nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome binding / DNA topological change / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mismatch repair / ERAD pathway / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / single-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rad4, beta-hairpin domain BHD1 / Rad4, beta-hairpin domain BHD2 / XPC-binding domain / DNA repair protein Rad4 / DNA repair protein Rad4, subgroup / Rad4/PNGase transglutaminase-like fold / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4, beta-hairpin domain 3 superfamily ...Rad4, beta-hairpin domain BHD1 / Rad4, beta-hairpin domain BHD2 / XPC-binding domain / DNA repair protein Rad4 / DNA repair protein Rad4, subgroup / Rad4/PNGase transglutaminase-like fold / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4, beta-hairpin domain 3 superfamily / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4 beta-hairpin domain 1 / Rad4 beta-hairpin domain 2 / Rad4 beta-hairpin domain 3 / Rad4 transglutaminase-like domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Anthopleurin-A / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Transglutaminase-like superfamily / UBA/TS-N domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Single Sheet / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD4 / UV excision repair protein RAD23
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Min, J.-H. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Recognition of DNA damage by the Rad4 nucleotide excision repair protein
著者: Min, J.-H. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年2月21日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 400 COMPOUND THE DAMAGED RESIDUES, LABELED NN, FORM CIS-SYN CYCLOBUTANE PYRIMIDINE DIMER AND ARE NOT ... COMPOUND THE DAMAGED RESIDUES, LABELED NN, FORM CIS-SYN CYCLOBUTANE PYRIMIDINE DIMER AND ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY
Remark 999 SEQUENCE DNA PLASMID SEQUENCING DATA CONFIRM THE REPORTED SEQUENCE OF CHAIN A

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: native strand of the CPD-mismatch DNA
Y: damaged strand of the CPD-mismatch DNA
A: DNA repair protein RAD4
X: UV excision repair protein RAD23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4174
ポリマ－94,4174
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.644, 79.644, 403.96
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 native strand of the CPD-mismatch DNA


分子量: 7263.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 damaged strand of the CPD-mismatch DNA


分子量: 7229.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: MODIFIED RESIDUES LABELED NN ARE NOT VISIBLE, SEE REMARK 400
#3: タンパク質 DNA repair protein RAD4 / Rad4


分子量: 62140.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD4 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 器官 (発現宿主): eggs / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14736
#4: タンパク質 UV excision repair protein RAD23 / Rad23


分子量: 17783.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD23 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 器官 (発現宿主): eggs / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32628
配列の詳細DNA PLASMID SEQUENCING DATA CONFIRM THE REPORTED SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50 mM bis-tris propane, 100mM sodium chloride, 6% (v/v) isopropanol, 14 mM calcium chloride and 5 mM dithiothreitol, pH 6.8, hanging-drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1bis-tris propane11
2NaCl11
3CaCl211
4isopropanol11
5dithiothreitol11
6bis-tris propane12
7NaCl12
8CaCl212
9isopropanol12
10dithiothreitol12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97922 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 23795

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 37.801 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1170 5.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all0.248 23084 --
obs0.248 23084 93.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å20 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----3.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4548 932 0 0 5480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2412.1747855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3215553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59623.056216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.82415891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5481543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23754
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7591.252826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3091.754502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29123534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.09133353
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 73 -
Rwork0.295 1485 -
all-1558 -
obs--87.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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