[日本語] English
- PDB-6cf2: Crystal structure of HIV-1 Rev (residues 1-93)-RNA aptamer complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cf2
タイトルCrystal structure of HIV-1 Rev (residues 1-93)-RNA aptamer complex
要素
  • Anti-Rev Antibody, heavy chain
  • Anti-Rev Antibody, light chain
  • Protein Rev
  • RNA (35-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / HIV-1 / Rev / RNA aptamer / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #630 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein Rev / Protein Rev
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Eren, E. / Dearborn, A.D. / Wingfield, P.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Structure / : 2018
タイトル: Structure of an RNA Aptamer that Can Inhibit HIV-1 by Blocking Rev-Cognate RNA (RRE) Binding and Rev-Rev Association.
著者: Dearborn, A.D. / Eren, E. / Watts, N.R. / Palmer, I.W. / Kaufman, J.D. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.
履歴
登録2018年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anti-Rev Antibody, heavy chain
B: Anti-Rev Antibody, light chain
F: Protein Rev
G: RNA (35-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0884
ポリマ-47,0884
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.190, 97.680, 87.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: 抗体 Anti-Rev Antibody, heavy chain


分子量: 13408.822 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab single-chain variable fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Anti-Rev Antibody, light chain


分子量: 11656.958 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab single-chain variable fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Protein Rev / ART/TRS / Anti-repression transactivator / Regulator of expression of viral proteins


分子量: 10746.137 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-93 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: rev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76PP8, UniProt: P04616*PLUS
#4: RNA鎖 RNA (35-MER)


分子量: 11275.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2% v/v 1,4-dioxane, 0.1 M Tris, pH 8.0, 15% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→38 Å / Num. obs: 10201 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.424 / Rpim(I) all: 0.634 / Rrim(I) all: 0.897 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5DHV & 1ULL
解像度: 3→38 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1091 10 %
Rwork0.2081 --
obs-9172 99.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 749 0 0 2934
LS精密化 シェル解像度: 3→3.158 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3212 -
Rwork0.2882 -
obs-1287

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る