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- PDB-6ce1: Crystal structure of Peptidyl Arginine Deiminase Type III (PADI3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ce1
タイトルCrystal structure of Peptidyl Arginine Deiminase Type III (PADI3)
要素Protein-arginine deiminase type-3
キーワードHYDROLASE / Citrullination Calcium Follicle Hair Skin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain ...Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine deiminase type-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rechiche, O. / Lee, T.V. / Lott, J.S.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
New Zealand Wool Industry Research LimitedA18223 ニュージーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of human peptidyl-arginine deiminase type III by X-ray crystallography
著者: Rechiche, O. / Lee, T.V. / Lott, J.S.
履歴
登録2018年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年5月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn / entity_src_gen / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_sheet_range
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _software.version / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Polymer geometry
詳細: We have refined the model using the last version of PHENIX 1.19.2-4158 and obtained a model with better geometry.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5301
ポリマ－77,5301
非ポリマー00
水00
1
A: Protein-arginine deiminase type-3

A: Protein-arginine deiminase type-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,0602
ポリマ－155,0602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area50450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.023, 115.023, 328.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-3 / Peptidylarginine deiminase III / Protein-arginine deiminase type III


分子量: 77530.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chemically synthesized gene / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI3, PAD3, PDI3 / プラスミド: PDEST17 / 詳細 (発現宿主): Gateway / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9ULW8, protein-arginine deiminase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 % / 解説: Pyramidal shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium HEPES + MOPS (acid) Ethylene glycols PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953694 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953694 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.24 Å / Num. obs: 21054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 66.14 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.8-2.9517.50.830350.3342.16100
8.85-49.2417.431.67410.9980.01799.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DEW

2dew


解像度: 2.8→49.24 Å / SU ML: 0.4273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 29.4801
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 1032 4.91 %
Rwork0.2344 19978 -
obs0.2363 21010 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4253 0 0 0 4253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00394353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77595937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.31431466
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.950.35421550.33562769X-RAY DIFFRACTION98.95
2.95-3.130.3431360.30852837X-RAY DIFFRACTION99.87
3.13-3.370.33171610.27982809X-RAY DIFFRACTION99.87
3.37-3.710.28631430.22972820X-RAY DIFFRACTION99.97
3.71-4.250.26821380.222868X-RAY DIFFRACTION100
4.25-5.350.22131430.19462881X-RAY DIFFRACTION100
5.35-49.240.25771560.22812994X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.41067726799-0.168276445427-2.14140475761.85456121394-0.1582010848473.74319341482-0.266858647964-0.188453058145-0.05754704163970.06086941162720.185260278434-0.03346174031550.07270550050750.1854759523490.0007218976104390.5436000835420.00797222792209-0.06063147461130.325630785489-0.01377527974760.3857288597883.0301793336-16.351373236541.0306259685
21.61632405178-0.286792589816-1.073627911930.6928828622560.6725775769215.503458519740.219291106690.3407275890370.230638381984-0.3796800300380.14463132891-0.0601666864797-0.4493910240460.494058225512-0.132595427930.5585741490570.02766871768380.1236215424530.731221325451-0.01782900757610.52819680224925.3383962726-19.095748630418.8981656883
32.10519349353-1.57210481288-0.882367254232.684826983630.1517821845817.358402899260.03013176039310.163752001385-0.655038526902-0.203632642322-0.267389520802-0.1434458268990.8095105763880.7140120805180.1956974049850.5272052503210.1121689233550.06496820263220.761103810805-0.08983312961910.56976799659226.1907810869-30.968341324317.4874529131
41.56296455510.990869361542-1.093199774961.35470833159-1.041833569832.89408966407-0.186371579151-0.42909046003-0.4340913236370.110734344826-0.153461166879-0.2336448127490.3030593528171.012514089120.4440074429450.5297332863140.2239455962010.0158204213470.938572247989-0.0116275801430.56303685299331.5495669593-23.632330963811.5865291291
57.835937651355.40998507239-1.142022765268.29300678503-0.06263237510650.853833750948-0.74877395834-0.701780535450.582787026477-0.1252329455980.212122476346-0.6921209353730.4563624369661.186961936360.1470362936120.9143254653030.241664394385-0.2260874532251.626555086050.2667579302190.68079510446249.3906757216-20.8354964107-12.42489523
64.18260721087-0.6234285607861.267855657813.32802428856-1.547453022411.005920617770.519842318276-0.226929029383-0.026121547190.54642529831-0.105620876831-0.80239588230.07333596084830.343323806619-0.01133312917680.792199441909-0.0293262043016-0.04780318894061.392191533790.001653728609060.60681753028637.663636448-19.7575514481-1.89383781728
71.392082580061.50730465965-0.13752403912.160846119280.6016342893335.31666530230.0783280640272-0.47535019774-0.1980177559970.162944095380.3587286424170.210450466661-0.5615704316630.136300698841-0.262700904040.5632551972140.2221360000560.1035316802970.9377715610140.0004802598368630.45278024877429.4369700921-20.446435126-11.9684904532
82.48496900223-2.624721088753.437125444523.27466415847-4.282635244568.482925132550.7426507082790.460554527131-1.2306537593-1.2410352826-0.4516185875890.1635408555832.571667636780.8690845705180.08129875678110.7714748001940.0691369978819-0.005879096813350.6645895818640.03872301949610.71772205782427.6480161879-30.0075037551-12.3839492365
91.759003033440.886900123338-1.417028040141.79167977241-1.197970948744.28986325691-0.0217042390507-0.130606760178-0.02368661115510.1891537774580.0785817580278-0.0601634777211-0.5094219957620.501362082787-0.08195490415830.3869810828540.1209402858040.01324794254780.53829631265-0.1012272449910.3898819481336.0382774137-13.8030349399-33.5624078704
101.962818374161.10656396453-1.255814340123.25024761825-0.4732042105796.748323237090.0696704358635-0.3478620191120.06689263922630.2561802417970.1142675618340.0448695396378-0.2285125143720.496444210633-0.1645214759050.3408143773070.114808776419-0.01548658359740.496217924603-0.05603672841890.36303749978634.8236354905-12.9482471048-30.0813939241
111.892211737730.740717138173-2.459426614220.502862713076-1.613771263866.348146323970.269004984872-0.6843648110780.1245158014740.207544792540.0019803052517-0.0864215710338-0.781026203011.22719973115-0.292011123940.809668187694-0.05839196775740.0419428141590.986237615372-0.1633015867760.50354216771238.7270028813-8.26190932382-17.0754254919
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 2:125)2 - 1251 - 124
22(chain A and resid 126:197)126 - 197125 - 172
33(chain A and resid 198:214)198 - 214173 - 189
44(chain A and resid 215:332)215 - 332190 - 301
55(chain A and resid 333:350)333 - 350302 - 309
66(chain A and resid 351:384)351 - 384310 - 331
77(chain A and resid 385:438)385 - 438332 - 376
88(chain A and resid 439:451)439 - 451377 - 389
99(chain A and resid 452:542)452 - 542390 - 480
1010(chain A and resid 543:613)543 - 613481 - 551
1111(chain A and resid 614:664)614 - 664552 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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