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万見
- PDB-6cdw: Structure of the HAD domain of effector protein Lem4 (lpg1101) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cdw
タイトルStructure of the HAD domain of effector protein Lem4 (lpg1101) from Legionella pneumophila (inactive mutant)
要素effector protein Lem4 (lpg1101)
キーワードHYDROLASE / haloacid dehalogenase superfamily / tyrosine phosphatase / translocated bacterial effector
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasmic vesicle / small GTPase binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Beyrakhova, K.A. / Xu, C. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-48370 カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Legionella pneumophilaeffector Lem4 is a membrane-associated protein tyrosine phosphatase.
著者: Beyrakhova, K. / Li, L. / Xu, C. / Gagarinova, A. / Cygler, M.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: effector protein Lem4 (lpg1101)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7883
ポリマ－24,7051
非ポリマー832
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.730, 105.730, 37.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 effector protein Lem4 (lpg1101)


分子量: 24704.826 Da / 分子数: 1 / 変異: D25N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1101 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: Q5ZWI4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: plates
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.75 M NaCl and 16% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.284 Å / Num. obs: 18961 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.98 % / Biso Wilson estimate: 28.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 13.73 / Num. measured all: 284030 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.84-1.8915.2481.8381.8913740.8251.902100
1.89-1.9414.5851.422.4313300.8811.472100
1.94-215.4381.043.4113090.9381.076100
2-2.0614.8740.8464.0912650.9650.876100
2.06-2.1215.5250.6435.3812230.9720.665100
2.12-2.215.730.4976.6912280.9820.514100
2.2-2.2815.7510.3888.211100.9910.401100
2.28-2.3815.0760.2969.7711140.9950.306100
2.38-2.4815.1270.24211.2310760.9960.251100
2.48-2.615.4770.20713.110110.9960.215100
2.6-2.7414.7110.16115.629840.9970.167100
2.74-2.9115.6750.13818.269380.9970.143100
2.91-3.1115.110.11920.88850.9980.123100
3.11-3.3614.1610.09224.938060.9980.096100
3.36-3.6814.5880.07529.827690.9980.078100
3.68-4.1113.6920.06632.66840.9970.068100
4.11-4.7514.7470.05937.26210.9990.06199.7
4.75-5.8213.8650.05836.855340.9990.06100
5.82-8.2313.4680.05635.744320.9990.058100
8.23-47.28412.0260.0538.342680.9990.05299.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→47.284 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 947 5 %
Rwork0.1785 --
obs0.1803 18929 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.98 Å2 / Biso mean: 40.9437 Å2 / Biso min: 19.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→47.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1540 0 5 108 1653
Biso mean--33.64 42.01 -
残基数----194
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.84-1.9370.35371320.306625042636
1.937-2.05840.33251330.241425222655
2.0584-2.21730.22851330.205425272660
2.2173-2.44040.24641330.172825322665
2.4404-2.79350.22491350.185725522687
2.7935-3.51940.22931360.178125962732
3.5194-47.29950.16711450.150427492894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.78433.9302-2.25864.6818-0.48763.16490.1814-0.2518-0.17480.2577-0.14540.08630.1286-0.0491-0.03920.16560.0282-0.01510.22350.02080.362126.3842.748610.8399
23.98691.32121.45883.16770.93311.98120.0728-0.0902-0.03030.0439-0.01460.1738-0.0009-0.0613-0.04250.21110.01510.03140.20610.03090.419516.41493.26995.6332
34.58870.6460.98373.03071.06981.96470.0989-0.0395-0.22140.17170.0438-0.28180.07010.1449-0.15540.20280.0061-0.00230.21620.01020.394834.78363.70997.8856
43.87062.143-0.77729.8278-3.17384.19760.0544-0.19040.29290.66110.0883-0.6764-0.6408-0.2778-0.1360.39850.01690.06130.4099-0.10690.468526.88415.784218.2104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 39 )A17 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 112 )A40 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 182 )A113 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 210 )A183 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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