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- PDB-4m1b: Structural Determination of BA0150, a Polysaccharide Deacetylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1b
タイトルStructural Determination of BA0150, a Polysaccharide Deacetylase from Bacillus anthracis
要素Polysaccharide deacetylase
キーワードHYDROLASE / polysaccharide deacetylase / carbohydrate esterase / NobB domain / polysaccharide deacetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Sporulation polysaccharide deacetylase PdaB-like / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Polysaccharide deacetylase / Polysaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rosetta / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Cole, K.E. / Perry, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure determination of BA0150, a putative polysaccharide deacetylase from Bacillus anthracis.
著者: Strunk, R.J. / Piemonte, K.M. / Petersen, N.M. / Koutsioulis, D. / Bouriotis, V. / Perry, K. / Cole, K.E.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polysaccharide deacetylase
B: Polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3623
ポリマ－57,2112
非ポリマー1501
水5,314295
1
A: Polysaccharide deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6061
ポリマ－28,6061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7562
ポリマ－28,6061
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.173, 75.795, 124.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polysaccharide deacetylase


分子量: 28605.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: ba0150, BAS0150, BA_0150, GBAA_0150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81VP2, UniProt: A0A6L7HRJ6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 30-34% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2826 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48.115 Å / Num. all: 31216 / Num. obs: 31120 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4213 / Rsym value: 0.592 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
Rosettaモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: Rosetta / 解像度: 1.99→48.115 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2141 2922 5.09 %
Rwork0.1701 --
obs0.1723 30244 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→48.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3156 0 10 295 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.044356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1961199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.02170.35411180.32291869X-RAY DIFFRACTION71
2.0217-2.05650.34591500.29432279X-RAY DIFFRACTION85
2.0565-2.09390.32751250.26162563X-RAY DIFFRACTION96
2.0939-2.13420.23771470.21462646X-RAY DIFFRACTION99
2.1342-2.17780.2751240.20822685X-RAY DIFFRACTION99
2.1778-2.22510.27031650.19892639X-RAY DIFFRACTION99
2.2251-2.27690.25181200.19852632X-RAY DIFFRACTION99
2.2769-2.33380.26371420.1992675X-RAY DIFFRACTION99
2.3338-2.39690.24161440.19982666X-RAY DIFFRACTION99
2.3969-2.46750.22571560.17482657X-RAY DIFFRACTION100
2.4675-2.54710.24581200.16612690X-RAY DIFFRACTION99
2.5471-2.63810.22611380.17282661X-RAY DIFFRACTION100
2.6381-2.74380.20661520.16812646X-RAY DIFFRACTION100
2.7438-2.86860.26661330.16872665X-RAY DIFFRACTION99
2.8686-3.01980.21071440.172659X-RAY DIFFRACTION100
3.0198-3.2090.22271140.16592686X-RAY DIFFRACTION99
3.209-3.45670.22361250.15682680X-RAY DIFFRACTION99
3.4567-3.80440.20351420.14422611X-RAY DIFFRACTION98
3.8044-4.35460.1571510.13262637X-RAY DIFFRACTION99
4.3546-5.48510.15921690.14532599X-RAY DIFFRACTION98
5.4851-48.12870.19391430.17422647X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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