PDB-6cdu: Crystal structure of a chimeric human alpha1GABAA receptor in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cdu

タイトル

Crystal structure of a chimeric human alpha1GABAA receptor in complex with alphaxalone

要素

chimeric alpha1GABAA receptor

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / GABAA receptor / anesthetics / alphaxalone / neurosteroids

機能・相同性

機能・相同性情報

GABA receptor complex / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / Signaling by ERBB4 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Chen, Q. / Arjunan, P. / Cohen, A.E. / Xu, Y. / Tang, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis of neurosteroid anesthetic action on GABAAreceptors.
著者: Chen, Q. / Wells, M.M. / Arjunan, P. / Tillman, T.S. / Cohen, A.E. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2018年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.3	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cdu_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cdu_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
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CIF形式データ	6cdu_validation.cif.gz	141.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6d1sC 4z90S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a97-1 4a98-1 4twh-2 4a97-2 2vl0-2 4a98-2 3uq4-1 4twf-2 3zkr-1 2yoe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (10) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chimeric alpha1GABAA receptor

B: chimeric alpha1GABAA receptor

C: chimeric alpha1GABAA receptor

D: chimeric alpha1GABAA receptor

E: chimeric alpha1GABAA receptor

F: chimeric alpha1GABAA receptor

G: chimeric alpha1GABAA receptor

H: chimeric alpha1GABAA receptor

I: chimeric alpha1GABAA receptor

J: chimeric alpha1GABAA receptor

ヘテロ分子

376 kDa, 10 ポリマー
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1

A: chimeric alpha1GABAA receptor

B: chimeric alpha1GABAA receptor

C: chimeric alpha1GABAA receptor

D: chimeric alpha1GABAA receptor

E: chimeric alpha1GABAA receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: scanning transmission electron microscopy, size exclusion chromatography
188 kDa, 5 ポリマー
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2

F: chimeric alpha1GABAA receptor

G: chimeric alpha1GABAA receptor

H: chimeric alpha1GABAA receptor

I: chimeric alpha1GABAA receptor

J: chimeric alpha1GABAA receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.202, 263.529, 109.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	chimeric alpha1GABAA receptor / GABA(A) receptor subunit alpha-1 分子量: 37225.359 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520, GABRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4, UniProt: P14867
#2: 化合物	ChemComp-EY4 / (3a,5a)-3-Hydroxypregnane-11,20-dione / alphaxalone / アルファキサロン分子量: 332.477 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂O₃

#1: タンパク質

chimeric alpha1GABAA receptor / GABA(A) receptor subunit alpha-1

分子量: 37225.359 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520, GABRA1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4, UniProt: P14867

#2: 化合物

ChemComp-EY4 / (3a,5a)-3-Hydroxypregnane-11,20-dione / alphaxalone / アルファキサロン

分子量: 332.477 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂O₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG400, 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID, NaSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射	モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→39.88 Å / Num. obs: 73186 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 119 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.042 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 3.45→3.52 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 3.252 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4610 / CC_1/2: 0.488 / R_pim(I) all: 0.877 / Χ²: 0.97 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z90, apo structure

4z90

解像度: 3.45→39.879 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2861	3580	4.9 %
R_work	0.2267	-	-
obs	0.2296	73029	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→39.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25690	0	240	0	25930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	26640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	36360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.424	15500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	4100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.45-3.4954	0.4208	164	0.3646	2647	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4954-3.5432	0.4234	134	0.3464	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5432-3.5938	0.3638	131	0.3148	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5938-3.6474	0.3765	111	0.2971	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6474-3.7044	0.3409	140	0.2956	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7044-3.7651	0.3763	145	0.2968	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7651-3.8299	0.3557	114	0.3016	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8299-3.8995	0.3631	150	0.2847	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8995-3.9745	0.3932	147	0.2829	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9745-4.0555	0.3409	124	0.2791	2472	X-RAY DIFFRACTION	91
4.0555-4.1436	0.3013	136	0.2414	2369	X-RAY DIFFRACTION	88
4.1436-4.2399	0.3372	124	0.2294	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2399-4.3458	0.2488	126	0.2197	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3458-4.4631	0.249	137	0.2079	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4631-4.5943	0.2442	148	0.1914	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5943-4.7424	0.2399	153	0.1676	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7424-4.9116	0.2255	143	0.1649	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9116-5.1078	0.2162	140	0.1619	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1078-5.3398	0.2325	139	0.186	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3398-5.6206	0.2622	119	0.1949	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6206-5.9717	0.2667	141	0.2142	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9717-6.431	0.3009	137	0.2339	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
6.431-7.0749	0.2926	148	0.2338	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
7.0749-8.0912	0.2846	119	0.2167	2489	X-RAY DIFFRACTION	91
8.0912-10.1661	0.2189	157	0.1861	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
10.1661-39.8814	0.3262	153	0.2612	2753	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3542	0.5313	0.9524	1.4035	1.6043	3.7457	-0.0448	0.3331	0.5389	-0.8241	0.1371	0.3558	-0.5805	0.0451	0.0002	1.4135	0.1404	-0.2557	1.2571	0.0792	1.2281	-31.7638	46.2789	-16.3487
2	4.6061	-0.4482	1.5091	2.9046	0.2783	0.4913	0.1953	-0.0932	0.8989	0.2421	0.1408	-0.1739	-0.5937	-0.264	0.0004	1.3029	0.1895	0.1178	1.2077	-0.1878	1.2702	-33.726	55.5794	33.2431
3	3.0831	-0.7487	0.2396	3.6437	0.5699	3.2053	0.2305	0.2795	-0.2835	-0.7489	-0.263	0.439	0.0037	-0.2406	0.0005	1.0341	-0.1049	-0.3073	1.2434	-0.1543	1.0849	-34.6467	20.1867	-11.5683
4	2.3093	-1.694	-0.2825	-0.1099	2.0424	0.7965	-0.2898	-1.0233	-0.2094	0.2501	0.0337	0.4047	1.158	0.3406	-0.0018	1.3327	-0.0667	0.2345	1.3887	-0.0261	1.1249	-39.4002	34.8718	36.4998
5	2.7094	0.8924	-1.2748	3.1748	-1.2748	4.7147	-0.0533	0.1236	-0.3053	0.035	0.0292	0.1172	0.0116	-0.3639	0.0001	1.392	0.0433	0.1119	0.9116	-0.0856	0.9568	-10.4223	10.2292	-5.8731
6	1.1146	-0.4574	0.167	0.8417	0.7176	1.3196	-0.0555	-0.4614	-0.5624	0.973	0.0062	0.3671	-0.051	-0.4679	0.0019	1.8655	0.0689	0.417	1.1838	-0.0181	0.8925	-21.1927	23.82	41.5642
7	3.1952	-0.4067	0.0263	5.911	0.1655	3.5436	0.0934	0.172	-0.1085	-0.5568	0.075	-0.8744	0.1742	0.1354	0	1.1249	0.0009	0.1548	0.8992	-0.0669	1.0359	7.424	30.0461	-7.1125
8	2.404	0.6782	0.1735	1.1768	0.1801	0.9132	-0.0245	-0.5785	0.0821	-0.0148	-0.1012	-0.552	0.02	-0.4048	0.0006	1.0614	0.19	0.0333	1.2868	-0.0749	0.7249	-4.3681	37.6381	41.3227
9	2.9531	0.159	0.0253	0.1362	0.2505	5.422	0.1325	0.209	0.702	-0.2985	0.0532	-0.0061	-0.2422	0.0783	0	1.5369	0.1512	-0.0136	0.9234	0.0725	0.9963	-5.7503	52.3182	-13.5588
10	2.377	0.1534	0.5936	1.6086	-1.2161	1.0922	0.3292	-0.2677	0.8788	0.5461	-0.3562	0.1443	-0.5307	-0.6166	-0.0003	1.9823	0.0842	0.2967	1.138	-0.2875	1.323	-12.177	57.2055	36.1623
11	6.6883	-2.1012	0.7129	4.5235	0.1128	3.3419	-0.3084	0.1389	-0.6496	-0.6461	0.2809	0.5798	0.4543	0.1495	0.001	1.2204	-0.1644	-0.1327	0.943	-0.0225	1.3464	-6.4702	-55.7692	8.0382
12	0.2025	0.8592	0.5761	2.0206	-0.0974	0.6823	-0.7358	-0.4006	1.8456	0.0725	-0.0133	-2.3106	1.2048	-0.1994	-0.1913	0.5741	0.2953	-0.697	1.4978	-0.2632	2.3223	40.8508	-41.2388	17.9044
13	3.6183	-0.7419	2.0458	0.5835	2.0568	1.9221	-0.3085	0.2757	0.3629	-0.5093	-0.1597	-0.1201	0.3403	0.1259	-0.001	1.4494	-0.2251	0.0993	1.0776	0.1155	1.1838	-8.9929	-35.534	-9.0813
14	1.0144	-0.8669	0.7411	0.6207	0.1364	2.7381	0.4716	-0.8916	0.6549	-0.2985	-0.3194	0.0521	0.1035	0.3933	-0.0007	0.8635	-0.0955	0.0467	1.2057	-0.0785	1.6146	39.6075	-26.801	1.7631
15	5.0074	-0.6683	0.1598	2.3454	0.8411	4.8963	-0.2211	-0.1706	-0.1965	0.1899	-0.0245	0.55	-0.2924	-0.4938	0	0.9666	-0.0282	0.1168	0.8119	-0.0445	1.2293	-15.7084	-14.0374	5.2353
16	1.0446	-1.2535	-0.1278	1.6932	-1.046	1.5499	-0.2557	-0.3011	-0.1481	-0.5319	0.2078	-0.8206	-0.7414	0.3803	-0.0009	1.1065	-0.2338	-0.148	1.4164	-0.173	1.8736	34.0789	-7.6176	10.3883
17	5.0964	2.4165	0.0268	0.9422	-1.7267	-0.0059	-0.6206	-0.4542	0.4373	0.1489	0.5393	0.0941	-0.2721	0.0764	-0.0004	0.944	-0.0366	0.0276	1.3257	-0.1986	0.9643	-17.3702	-20.8961	31.1142
18	1.0395	1.9661	-0.8578	1.5887	-0.3842	-0.1064	0.6184	-0.31	-0.4988	1.6205	-0.1029	-0.8614	0.2092	-0.0335	0.0024	0.9706	-0.0824	-0.3102	1.3523	-0.2022	1.7493	32.0277	-10.4545	32.1348
19	3.3799	0.7128	-0.1641	3.3592	0.4871	2.8389	-0.2295	-0.4915	0.1261	1.35	-0.2001	0.959	0.3688	-0.1365	-0.0014	1.2555	-0.0714	0.283	1.1324	0.1337	1.1055	-11.8378	-46.875	32.6308
20	0.6167	0.3961	-1.027	-0.3445	0.5708	1.8246	-0.0197	-0.3369	1.1959	0.1825	0.2632	0.3277	0.8161	1.035	0.0006	1.1608	0.1433	-0.3598	1.6472	-0.175	1.8014	36.1249	-31.1909	36.8343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 199)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 416)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 10 through 199)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 222 through 416)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 10 through 199)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 222 through 416)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 10 through 199)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 222 through 416)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 10 through 199)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 222 through 416)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 10 through 199)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 222 through 416)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 10 through 199)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 222 through 416)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 10 through 199)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 222 through 416)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'I' and (resid 10 through 199)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'I' and (resid 222 through 416)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'J' and (resid 10 through 199)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'J' and (resid 222 through 416)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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