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- PDB-6cds: Human neurofibromin 2/merlin/schwannomin residues 1-339 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cds
タイトルHuman neurofibromin 2/merlin/schwannomin residues 1-339 in complex with PIP2
要素Merlin
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEUROFIBROMIN 2 / SCHWANNOMIN / merlin / Tumor Suppressor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hippo signaling / regulation of organelle assembly / positive regulation of early endosome to late endosome transport / Schwann cell proliferation / regulation of gliogenesis / osteoblast proliferation / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of protein localization to early endosome / ectoderm development ...regulation of hippo signaling / regulation of organelle assembly / positive regulation of early endosome to late endosome transport / Schwann cell proliferation / regulation of gliogenesis / osteoblast proliferation / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of protein localization to early endosome / ectoderm development / lens fiber cell differentiation / regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell-cell junction organization / regulation of protein localization to nucleus / filopodium membrane / negative regulation of cell-cell adhesion / cortical actin cytoskeleton / RHO GTPases activate PAKs / odontogenesis of dentin-containing tooth / cleavage furrow / mesoderm formation / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cell migration / hippocampus development / filopodium / adherens junction / positive regulation of cell differentiation / regulation of protein stability / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / integrin binding / apical part of cell / MAPK cascade / lamellipodium / regulation of cell shape / actin binding / cell body / actin cytoskeleton organization / regulation of apoptotic process / cytoskeleton / early endosome / regulation of cell cycle / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PIO / PHOSPHATE ION / Merlin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Chinthalapudi, K. / Sharff, A.J. / Bricogne, G. / Izard, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS077952 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Lipid binding promotes the open conformation and tumor-suppressive activity of neurofibromin 2.
著者: Chinthalapudi, K. / Mandati, V. / Zheng, J. / Sharff, A.J. / Bricogne, G. / Griffin, P.R. / Kissil, J. / Izard, T.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Merlin
B: Merlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3469
ポリマ－80,3592
非ポリマー1,9877
水3,999222
1
A: Merlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1274
ポリマ－40,1801
非ポリマー9483
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Merlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2195
ポリマ－40,1801
非ポリマー1,0404
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.310, 96.590, 106.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Merlin / Moesin-ezrin-radixin-like protein / Neurofibromin-2 / Schwannomerlin / Schwannomin


分子量: 40179.520 Da / 分子数: 2 / 変異: G302E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF2, SCH / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P35240

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 50 mM MgCl2(H2O)6, 35 % PEG 550 monomethyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月14日
詳細: sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→96.92 Å / Num. obs: 23131 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 56.49 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.84 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique obs: 2952 / CC1/2: 0.31 / Rpim(I) all: 0.971 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.13.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1isn

1isn


解像度: 2.62→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.367
詳細: THE RESIDUE RANGES FOR EACH OF THE 8 TLS DOMAINS ARE AS FOLLOWS: TLS DOMAIN 1: A15 - A103 AND A804, A810, A813, A814, A820, A825, A829, A831, A832, A834, A835, A1004, A1005, A1017, A1020, ...詳細: THE RESIDUE RANGES FOR EACH OF THE 8 TLS DOMAINS ARE AS FOLLOWS: TLS DOMAIN 1: A15 - A103 AND A804, A810, A813, A814, A820, A825, A829, A831, A832, A834, A835, A1004, A1005, A1017, A1020, A1023, A1027, A1032, A1038, A1039, A1042, A1050, A1053, A1058, A1060, A1062, A1067, A1068, A1071, A1072 TLS DOMAINS 2: A104 - A219 AND A656, A803, A806, A807, A809, A815, A816, A818, A821, A823, A830, A838, A839, A840, A1002, A1003, A1006, A1007, A1009, A1025, A1029, A1030, A1031, A1033, A1034, A1035, A1037, A1046, A1048, B1049, A1051, A1054, A1059, A1063 TLS DOMAIN 3: A220 - A290 AND A801, A805, A811, A812, A817, A822, A827, A833, A836, A837, A1010, A1011, A1013, A1021, A1024, A1026, A1028, A1040, A1041, A1047, A1052, A1055, A1057, A1061, A1064, A1065, A1066, A1070 TLS DOMAIN 4: A291 - A339 AND A500, A690, A802, A808, A819, A824, A826, A828, A1001, A1008, A1012, A1022, A1036, A1043, A1044, A1045, A1056, A1069 TLS DOMAIN 5: B15 - B103 AND A804, B810, B813, B814, B820, B825, B829, B831, B832, B834, B835, B1073, B1075, B1079, B1082, B1084, B1091, B1092, B1093, B1100, B1101, B1105, B1112, B1120, B1133, B1134, B1138 TLS DOMAIN 6: B104 - B219 AND B641, B803, B806, B807, B815, B816, B818, B821, B823, B830, B834, B838, B839, B1074, B1076, B1080, B1081, B1083, B1086, B1087, B1088, B1096, B1098, B1104, B1107, B1110, B1111, B1113, B1114, B1115, B1117, B1118, B1122, B1123, B1124, B1125, B1127, B1128, B1137, B1139, B1140 TLS DOMAIN 7: B220 - B290 AND B671, B700, B801, B805, B809, B811, B812, B817, B822, B827, B833, B836, B837, B8105, B1089, B1090, B1094, B9105, B1099, B1103, B1108, B1109, B1116, B1129, B1130, B1131, B1132, B1136, B1142, B1143 TLS DOMAIN 8: B291 - B339 AND B500, B802, B808, B819, B824, B826, B828, B1077, B1078, B1097, B1102, B1106, B1119, B1121, B1126, B1135, B1141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 962 5.01 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 19196 74.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.891 Å20 Å2-0.0067 Å2
2---4.3037 Å20 Å2
3---5.1947 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.62→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5395 0 96 222 5713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0619970HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2506SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1685HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11037HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion705SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11748SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.76 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4045 -7.06 %
Rwork0.2658 250 -
all0.2746 269 -
obs--7.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3811.02931.29254.13561.66630.9720.03550.0871-0.19970.12940.1196-0.362-0.1462-0.0597-0.1551-0.07580.05040.0179-0.1351-0.03840.076616.600757.798854.3115
20.1898-0.9102-0.59442.10370.98680.19870.0562-0.09920.0466-0.351-0.09130.14-0.0469-0.28240.0351-0.01240.0739-0.077-0.0657-0.02450.05430.609645.258234.0631
3-0.06950.0870.20351.1764-0.08230.10150.02470.0287-0.12240.11030.1118-0.26530.31610.2048-0.1364-0.08120.02570.0489-0.06290.02390.130816.929628.035856.4705
40.27840.1762-0.85980.16240.1030.24870.0578-0.1657-0.01230.0295-0.0663-0.046-0.1413-0.02840.0085-0.16730.00040.04610.0904-0.08140.0694-7.122241.735565.2907
51.8271-2.1225-0.56293.79190.85031.26620.0223-0.00930.0717-0.14240.0634-0.4911-0.0015-0.1174-0.0857-0.1098-0.03870.011-0.167-0.02740.150325.03746.0066-2.2262
60.4650.3742-0.1590.69931.4482.3166-0.14640.1329-0.02270.2715-0.01780.1040.1407-0.13090.16410.0269-0.03950.0326-0.1399-0.00180.04788.873118.578717.742
7-0.1249-0.11760.73691.3377-0.01210.4831-0.0540.2138-0.0420.09080.0548-0.3761-0.24960.1243-0.0008-0.1139-0.0561-0.0658-0.06430.03660.123625.208135.6451-4.2806
80.413-0.24940.19170.08860.46640.05180.0240.31570.014-0.0169-0.095-0.09840.02710.00830.071-0.1155-0.0007-0.01930.06590.00650.04641.901122.3883-13.3776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1domain1
2X-RAY DIFFRACTION2domain2
3X-RAY DIFFRACTION3domain3
4X-RAY DIFFRACTION4domain4
5X-RAY DIFFRACTION5domain5
6X-RAY DIFFRACTION6domain6
7X-RAY DIFFRACTION7domain7
8X-RAY DIFFRACTION8domain8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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