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- PDB-6cd8: Complex of GID4 fragment with short peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cd8
タイトルComplex of GID4 fragment with short peptide
要素
  • Glucose-induced degradation protein 4 homolog
  • Tetrapeptide PSRV
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosol / Glucose-induced degradation protein 4 homolog
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dong, C. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of GID4-mediated recognition of degrons for the Pro/N-end rule pathway.
著者: Dong, C. / Zhang, H. / Li, L. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Min, J.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
B: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
C: Tetrapeptide PSRV
D: Tetrapeptide PSRV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,12723
ポリマ－40,1274
非ポリマー019
水2,090116
1
A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
C: Tetrapeptide PSRV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,06313
ポリマ－20,0632
非ポリマー011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
D: Tetrapeptide PSRV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,06310
ポリマ－20,0632
非ポリマー08
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.941, 63.941, 289.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-453-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glucose-induced degradation protein 4 homolog / Vacuolar import and degradation protein 24 homolog


分子量: 19604.777 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 124-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GID4, C17orf39, VID24 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IVV7
#2: タンパク質・ペプチド Tetrapeptide PSRV


分子量: 458.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG2000 and 0.1M KSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.27 Å / Num. obs: 47911 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 26.9 / Num. measured all: 915253 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.6319.81.63847104237923790.8030.3731.681299.7
8.61-48.2714.90.035640443010.0090.0367699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: early version of PDB entry 6ccr

6ccr


解像度: 1.6→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.129 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 2382 5 %
Rwork0.1969 --
obs0.1982 45300 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.7 Å2 / Biso mean: 30.639 Å2 / Biso min: 15.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2741 0 19 116 2876
Biso mean--31.27 33.34 -
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192906
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9093955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94635579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1355356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11923.642151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.66215431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.958159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.5461381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8241.5451380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3032.3171727
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 177 -
Rwork0.269 3245 -
all-3422 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2766-0.2582-0.63892.59360.12263.09170.02240.11490.0628-0.0543-0.09790.0024-0.3075-0.20270.07540.14650.0424-0.01350.024-0.00290.00525.299970.71780.382
23.4962-0.5660.99372.0619-0.032.2361-0.03170.2004-0.0179-0.16270.0095-0.0808-0.00720.28470.02210.1131-0.04390.00730.21730.01070.00659.181357.835223.407
37.8699-3.43831.21717.69161.21482.54460.0215-0.0723-0.23410.2041-0.0117-0.04560.21360.2038-0.00980.15120.0248-0.00720.14210.01690.148137.984763.4224.5792
43.9922-3.26492.4425.9068-4.06347.77960.03670.2386-0.0365-0.1586-0.17280.21-0.07890.07710.1360.1645-0.0047-0.01410.17110.0020.131748.296363.102715.3888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A123 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2B125 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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