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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cd6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Human CAMKK1A in complex with GSK650394 | ||||||
要素 | Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Santiago, A.S. / Counago, R.M. / Righetto, G.L. / Ramos, P.Z. / Silva, P.N.B. / Drewry, D. / Elkins, J.M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Human CAMKK1A in complex with GSK650394 著者: Santiago, A.S. / Counago, R.M. / Righetto, G.L. / Ramos, P.Z. / Silva, P.N.B. / Drewry, D. / Elkins, J.M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cd6.cif.gz | 220.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cd6.ent.gz | 174.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cd6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cd6_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cd6_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cd6_validation.xml.gz | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cd6_validation.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cd6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ccfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32702.705 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 124-411 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMKK1, CAMKKA / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 参照: UniProt: Q8N5S9, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-DXV / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 33.75% PEG2000 MME, 0.15 M potassium thiocyanate, 0.1 M CHC buffer, pH 7.0, cryoprotectant: 30% polyethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→19.94 Å / Num. obs: 59443 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.152 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4575 / CC1/2: 0.893 / Rpim(I) all: 0.69 / Rrim(I) all: 1.344 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6CCF 解像度: 2.2→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 14.255 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.267 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→19.94 Å
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拘束条件 |
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