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- PDB-6cd2: Crystal structure of the PapC usher bound to the chaperone-adhesi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cd2
タイトルCrystal structure of the PapC usher bound to the chaperone-adhesin PapD-PapG
要素
  • Chaperone protein PapDシャペロン
  • Outer membrane usher protein PapC
  • PapGII adhesin protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN/CHAPERONE (生体膜) / outer membrane usher / P pilus assembly / usher activation / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN-CHAPERONE complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


fimbrial usher porin activity / pilus assembly / 性繊毛 / chaperone-mediated protein folding / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / 細胞接着 / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial adhesin receptor binding domain / PapG, chaperone-binding / PapG chaperone-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain superfamily / PapG carbohydrate binding domain / Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily ...Bacterial adhesin receptor binding domain / PapG, chaperone-binding / PapG chaperone-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain superfamily / PapG carbohydrate binding domain / Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. / PapC-like, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane usher protein PapC / Chaperone protein PapD / Fimbrial adhesin PapGII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Omattage, N.S. / Deng, Z. / Yuan, P. / Hultgren, S.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI029549 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI048689 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1745038 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / : 2018
タイトル: Structural basis for usher activation and intramolecular subunit transfer in P pilus biogenesis in Escherichia coli.
著者: Omattage, N.S. / Deng, Z. / Pinkner, J.S. / Dodson, K.W. / Almqvist, F. / Yuan, P. / Hultgren, S.J.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein PapD
B: PapGII adhesin protein
C: Outer membrane usher protein PapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0223
ポリマ-141,0223
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area59890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.303, 300.710, 100.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein PapD / シャペロン


分子量: 25031.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15319
#2: タンパク質 PapGII adhesin protein


分子量: 35519.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47450
#3: タンパク質 Outer membrane usher protein PapC


分子量: 80472.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PapC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07110*PLUS
配列の詳細The poly-UNK fragments in PapC sequence represent portions that the residue identities cannot be ...The poly-UNK fragments in PapC sequence represent portions that the residue identities cannot be determined from electron density. The full sequence of the entity is VEFNTDVLDAADKKNIDFTRFSEAGYVLPGQYLLDVIVNGQSISPASLQISFVEPALSGD KAEKKLPQACLTSDMVRLMGLTAESLDKVVYWHDGQCADFHGLPGVDIRPDTGAGVLRIN MPQAWLEYSDATWLPPSRWDDGIPGLMLDYNLNGTVSRNYQGGDSHQFSYNGTVGGNLGP WRLRADYQGSQEQSRYNGEKTTNRNFTWSRFYLFRAIPRWRANLTLGENNINSDIFRSWS YTGASLESDDRMLPPRLRGYAPQITGIAETNARVVVSQQGRVLYDSMVPAGPFSIQDLDS SVRGRLDVEVIEQNGRKKTFQVDTASVPYLTRPGQVRYKLVSGRSRGYGHETEGPVFATG EASWGLSNQWSLYGGAVLAGDYNALAAGAGWDLGVPGTLSADITQSVARIEGERTFQGKS WRLSYSKRFDNADADITFAGYRFSERNYMTMEQYLNARYRNDYSSREKEMYTVTLNKNVA DWNTSFNLQYSRQTYWDIRKTDYYTVSVNRYFNVFGLQGVAVGLSASRSKYLGRDNDSAY LRISVPLGTGTASYSGSMSNDRYVNMAGYTDTFNDGLDSYSLNAGLNSGGGLTSQRQINA YYSHRSPLANLSANIASLQKGYTSFGVSASGGATITGKGAALHAGGMSGGTRLLVDTDGV GGVPVDGGQVVTNRWGTGVVTDISSYYRNTTSVDLKRLPDDVEATRSVVESALTEGAIGY RKFSVLKGKRLFAILRLADGSQPPFGASVTSEKGRELGMVADEGLAWLSGVTPGETLSVN WDGKIQCQVNVPETAISDQQLLLPCTPQKLVPRGSHHHHHH The accession code of UniProt reference for the protein is P07110.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM sodium citrate pH 5.0-6.0, 50 mM lithium sulfate, 50 mM sodium sulfate and 7-14% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 27152 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3048 / Rpim(I) all: 0.448 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VQI, 2WMP, 1J8S, 3L48
解像度: 3.7→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.791 / SU B: 91.949 / SU ML: 0.615 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.77 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32932 1384 5.1 %RANDOM
Rwork0.28203 ---
obs0.28433 25768 80.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 135.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.34 Å20 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3---8.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8640 0 0 0 8640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.93412064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.927317381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70551247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74324.441322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.562151030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2811538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3335.7775021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3335.7785020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4578.6626257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4578.6616258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7465.2973785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7465.2963786
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5188.0435808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.47252.35333628
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.47252.35233629
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 30 -
Rwork0.28 528 -
obs--23.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64861.2083-0.62176.9167-2.13673.075-0.522-0.45811.06530.1320.24870.4106-0.4867-0.29870.27331.36050.1945-0.31930.9917-0.1770.5397275.134421.887413.4424
25.180.9048-1.7670.8312-1.28152.4725-0.24590.33270.27610.2958-0.02960.0028-0.2377-0.20260.27551.23210.0893-0.15470.8692-0.09530.2725278.074914.43358.0378
318.68814.9854-1.84542.3069-0.93373.27640.42-0.1441.56930.44240.02220.1476-0.5881-0.3113-0.44220.99220.1005-0.17010.5635-0.02540.6328280.582716.296814.601
44.38160.06531.36293.98980.12836.5991-0.2635-0.4581-0.1650.80370.02950.31420.3028-0.28540.23411.27360.105-0.01810.9275-0.1250.4876270.69494.530834.5083
51.69251.7617-1.06646.9649-2.27541.6679-0.2085-0.4621-0.1890.76250.2835-0.8806-0.1114-0.0678-0.07491.45690.2214-0.181.0756-0.06530.4623276.057.328635.3349
611.618816.1327-8.427826.8614-15.81679.92620.0349-0.31980.08560.09170.09870.1473-0.0462-0.1308-0.13361.54790.09120.05131.1983-0.23340.3519267.79495.776942.3477
78.9127-9.67597.135310.8933-8.02245.9105-0.271-0.74540.3393-0.15870.39890.15520.1128-0.3375-0.12781.17570.0943-0.37350.9483-0.4571.0616259.096939.689514.5027
84.6117-3.14452.21792.3608-2.33674.972-0.53440.23520.41660.2839-0.0959-0.2819-0.28530.22530.63031.31150.0925-0.64570.5694-0.47751.3018257.787948.43545.832
90.6878-1.3291.29993.9371-3.80185.00060.1943-0.05280.42690.2759-0.14650.16940.29320.2099-0.04781.35430.3319-0.16870.5329-0.70771.6333256.044945.560211.3044
104.2037-6.7123.880314.6845-3.18587.247-0.6599-0.47851.16741.4845-0.1943-0.8818-0.4364-0.51490.85431.255-0.1212-0.21230.5966-0.82251.3005263.573944.76614.754
119.23390.4010.85551.8052-2.73674.45540.12220.94820.3496-0.0662-0.33690.0290.08530.78830.21471.1845-0.0359-0.31431.1561-0.02710.7241306.237821.28915.6756
129.0493-2.7548-1.30611.991.61654.5266-0.2832-0.1076-0.28950.1838-0.0287-0.29770.04360.02050.3121.15420.0229-0.21630.86960.08570.4666299.544712.960617.7027
134.2989-3.16212.94283.9845-2.93022.3793-0.55930.33320.96480.0743-0.0699-0.5064-0.16980.19780.62921.3231-0.1148-0.2440.80050.20010.8874281.606331.7495-8.8902
144.9286-0.24690.14120.1459-0.23820.42350.03050.4450.82770.094-0.04950.023-0.31180.04140.01891.48130.1909-0.44380.59870.06481.1283250.365342.8194-15.4764
152.2126-0.86870.93830.5064-0.16481.0293-0.46740.61250.57310.19160.0450.07930.1240.32930.42251.0825-0.1807-0.56450.88790.64081.2139231.637653.3459-31.1479
165.39820.15531.33310.0770.4057.521-0.5851-0.07752.02410.23430.0563-0.0119-0.3693-0.75570.52881.35960.4334-0.62920.31260.11981.584224.670363.5341-15.8849
172.35950.24931.34181.73271.26321.5261-0.3419-0.4391-0.01030.85630.4061-0.21140.23960.1095-0.06421.67450.2238-0.36750.66550.48270.9474231.136340.5919-8.1197
1810.2341.7662-1.44916.28260.19546.14770.01810.11280.6603-0.3768-0.3591-0.0706-0.322-0.37340.3411.0851-0.0328-0.10690.80060.08920.3554276.116414.2384-12.1513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3A96 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4A126 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5A161 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6A200 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 35
8X-RAY DIFFRACTION8B36 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9B112 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10B168 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11B198 - 226
12X-RAY DIFFRACTION12B227 - 316
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 88
14X-RAY DIFFRACTION14C89 - 173
15X-RAY DIFFRACTION15C174 - 417
16X-RAY DIFFRACTION16C418 - 588
17X-RAY DIFFRACTION17C592 - 723
18X-RAY DIFFRACTION18C724 - 808

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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