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- PDB-1zmo: Apo structure of haloalcohol dehalogenase HheA of Arthrobacter sp. AD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zmo
タイトルApo structure of haloalcohol dehalogenase HheA of Arthrobacter sp. AD2
要素halohydrin dehalogenase
キーワードLYASE / halohydrin dehalogenase / haloalcohol dehalogenase / short-chain dehydrogenase/reductase family
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Halohydrin dehalogenase
機能・相同性情報
生物種Arthrobacter sp. AD2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者de Jong, R.M. / Kalk, K.H. / Tang, L. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: The X-ray structure of the haloalcohol dehalogenase HheA from Arthrobacter sp. strain AD2: insight into enantioselectivity and halide binding in the haloalcohol dehalogenase family.
著者: de Jong, R.M. / Kalk, K.H. / Tang, L. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2005年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: halohydrin dehalogenase
B: halohydrin dehalogenase
C: halohydrin dehalogenase
D: halohydrin dehalogenase
E: halohydrin dehalogenase
F: halohydrin dehalogenase
G: halohydrin dehalogenase
H: halohydrin dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,6088
ポリマ－211,6088
非ポリマー00
水15,529862
1
E: halohydrin dehalogenase
F: halohydrin dehalogenase
G: halohydrin dehalogenase
H: halohydrin dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8044
ポリマ－105,8044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area31690 Å2
手法PISA
2
A: halohydrin dehalogenase
B: halohydrin dehalogenase
C: halohydrin dehalogenase
D: halohydrin dehalogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8044
ポリマ－105,8044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area31650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.980, 77.720, 111.422
Angle α, β, γ (deg.)97.29, 89.97, 112.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細There are two biologically active tetramers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
halohydrin dehalogenase


分子量: 26451.004 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter sp. AD2 (バクテリア)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93MS3, EC: 4.5.-.-
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 862 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% w/v PEG 8000, 100 mM MES buffer, 100 mM Magnesium Acetate, 50 mM Sodium Formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月9日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 120343 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PWX

1pwx


解像度: 2→20.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1374501.74 / Data cutoff high rms absF: 1374501.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 6020 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.223 126036 --
obs0.218 120016 89.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.2387 Å2 / ksol: 0.416166 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å24.6 Å20.39 Å2
2--5.29 Å20.52 Å2
3----4.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14554 0 0 862 15416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 921 5.1 %
Rwork0.253 17275 -
obs--81.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1&_1_PARAMETER_INFILE_1protein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5protein_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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