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- PDB-6cd0: Crystal structure of Medicago truncatula serine hydroxymethyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cd0
タイトルCrystal structure of Medicago truncatula serine hydroxymethyltransferase 3 (MtSHMT3), PLP-internal aldimine and apo form
要素(Serine hydroxymethyltransferase) x 2
キーワードTRANSFERASE / PLP / one-carbon cycle / tetrahydrofolate / chloroplast / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / methyltransferase activity / pyridoxal phosphate binding / methylation / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Ruszkowska, A. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2018
タイトル: Chloroplastic Serine Hydroxymethyltransferase FromMedicago truncatula: A Structural Characterization.
著者: Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Ruszkowska, A. / Dauter, Z.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
C: Serine hydroxymethyltransferase
D: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,39911
ポリマ－199,0384
非ポリマー3617
水25,3831409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, asymmetric unit contains one tetramer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20810 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area59800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.657, 201.563, 64.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase


分子量: 49816.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11445860, MTR_2g018290 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G7ILW0, glycine hydroxymethyltransferase
#2: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase


分子量: 49588.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11445860, MTR_2g018290 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G7ILW0, glycine hydroxymethyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 55% Tacsimate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月3日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→90 Å / Num. obs: 203236 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 32184 / Rrim(I) all: 1.06 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CCZ

6ccz


解像度: 1.74→83.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / SU B: 5.587 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1017 0.5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 202206 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å2-0 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.74→83.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13917 0 24 1409 15350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.94219630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.954332057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32351848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.98823.785634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.002152426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6661594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02116559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.871.7467365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8681.7457363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5292.6119214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5292.6119215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0291.9117136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0291.9117137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7492.80810415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.44215.55417394
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.44115.55217393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 73 -
Rwork0.305 14449 -
obs--97.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09640.16940.0271.6718-0.15380.038-0.0122-0.086-0.0307-0.2781-0.0347-0.45690.0251-0.04260.04690.13790.00410.12460.08920.00330.241252.28953.59411.642
20.229-0.13790.0571.49840.10260.0339-0.01630.0905-0.02360.2275-0.0220.46620.01920.04060.03830.12870.00860.12090.07030.01240.266322.03552.76521.273
30.18960.0307-0.18480.6353-0.1710.24490.01750.0430.03320.04320.02360.13780.0057-0.0051-0.04110.10770.0004-0.0010.10320.00560.146924.58-1.14423.95
40.1887-0.0188-0.16730.51390.21830.2730.0188-0.02880.0552-0.04310.0396-0.08910.0123-0.0058-0.05840.1163-0.00910.0080.1041-0.01130.132952.901-0.2329.389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A82 - 533
2X-RAY DIFFRACTION2B82 - 533
3X-RAY DIFFRACTION3C82 - 533
4X-RAY DIFFRACTION4D82 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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