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- PDB-6ccn: Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ccn
タイトルCrystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-2,4-dihydroxy-N-(2-(4-hydroxy-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)ethyl)-3,3-dimethylbutanamide
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE/antibiotic / PPAT CoaD FBDD phosphopantetheine adenylyltransferase Gram-negative antibacterial antibiotic / TRANSFERASE / TRANSFERASE-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EXS / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Mamo, M. / Appleton, B.A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery of Inhibitors of Phosphopantetheine Adenylyltransferase from Gram-Negative Bacteria.
著者: Moreau, R.J. / Skepper, C.K. / Appleton, B.A. / Blechschmidt, A. / Balibar, C.J. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Li, C. / Lindvall, M.K. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, M. ...著者: Moreau, R.J. / Skepper, C.K. / Appleton, B.A. / Blechschmidt, A. / Balibar, C.J. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Li, C. / Lindvall, M.K. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, M. / Mergo, W. / Polyakov, V. / Smith, T.M. / Takeoka, K. / Uehara, K. / Wang, L. / Wei, J.R. / Weiss, A.H. / Xie, L. / Xu, W. / Zhang, Q. / de Vicente, J.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,33910
ポリマ－36,1482
非ポリマー1,1918
水3,153175
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,01630
ポリマ－108,4436
非ポリマー3,57324
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area20160 Å2
ΔGint-444 kcal/mol
Surface area33630 Å2
手法PISA
2
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 12
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,065120
ポリマ－433,77224
非ポリマー14,29396
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_454x-1/2,y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation14_544-x+1/2,-y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation15_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation16_445x-1/2,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation17_445z-1/2,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation18_454z-1/2,-x+1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation19_555-z+1/2,-x+1/2,y+1/21
crystal symmetry operation20_544-z+1/2,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation21_544y+1/2,z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation22_445-y-1/2,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation23_555y+1/2,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation24_454-y-1/2,-z+1/2,x-1/21
Buried area71570 Å2
ΔGint-1355 kcal/mol
Surface area143600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.060, 135.060, 135.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 18073.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EXS / (2R)-2,4-dihydroxy-N-[2-(7-hydroxy-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-3,3-dimethylbutanamide


分子量: 307.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N3O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→42.71 Å / Num. obs: 28841 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 34.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 355493
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.87-1.979.51.20420520.7050.3871.26942.2
5.92-42.7112.30.03113710.0090.03199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.87→42.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1365 4.74 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 28810 84.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 129.11 Å2 / Biso mean: 37.13 Å2 / Biso min: 20.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2469 0 74 175 2718
Biso mean--47.61 43.77 -
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d880SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes379HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2602HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion340SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3251SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2602HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3538HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.17
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 66 4.96 %
Rwork0.235 1264 -
all0.236 1330 -
obs--37.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39270.42560.00611.3836-0.90321.6987-0.0012-0.12690.00530.2099-0.0330.1451-0.13330.02360.0342-0.0250.0028-0.0118-0.0271-0.01330.022920.5536-13.404545.8193
21.6048-1.14122.74591.5921-0.98551.8857-0.05180.21820.0108-0.18050.11070.29950.0013-0.1431-0.05890.0116-0.0343-0.1086-0.0830.01580.03114.6437-11.54228.1603
32.1684-0.0983-0.86382.7843-0.4473.04810.0195-0.05550.2590.16480.08570.5442-0.0975-0.2039-0.1051-0.05190.02870-0.0938-0.030.107914.5387-7.487242.0908
41.95711.2726-0.79025.3245-1.77542.84640.0031-0.0140.0394-0.0537-0.0461-0.0856-0.3078-0.05310.043-0.0039-0.0106-0.0041-0.0221-0.0080.04328.167-8.859141.4505
54.75410.1601-1.19554.61812.91044.4471-0.06580.3068-0.3629-0.0239-0.18740.128-0.0129-0.04610.2532-0.0520.0173-0.0048-0.0149-0.0141-0.016534.0863-16.849534.57
600.5316-0.12572.03110.30180.0807-0.00090.0592-0.1353-0.0088-0.0153-0.1275-0.01980.04990.0162-0.026-0.0163-0.0358-0.03350.03670.00225.6436-20.723343.5726
72.6330.06661.59581.51140.71040.004-0.06770.10690.0899-0.0053-0.043-0.13210.04390.00770.1107-0.0274-0.02910.0146-0.02670.02990.01319.1951-24.871430.6064
82.76871.5288-0.21842.99680.72143.1504-0.05350.08710.48820.1416-0.24180.54420.3036-0.54420.2953-0.1314-0.0177-0.01540.0176-0.01470.16823.5909-20.836137.8227
92.59042.3091-2.0380-0.29923.737-0.0226-0.0881-0.0562-0.0539-0.1004-0.1269-0.120.20460.123-0.03110.0205-0.02010.01640.02-0.024442.5426-23.61455.2453
103.6941-1.9599-1.59332.14330.07642.4906-0.2113-0.4158-0.19560.1410.03130.15770.06960.49370.18-0.08540.0030.00850.03790.0169-0.062547.1139-23.59155.278
111.8008-0.2446-0.49480.2905-1.49963.4437-0.0061-0.4624-0.15270.16890.0162-0.16010.03910.1467-0.0101-0.0242-0.0081-0.01110.1348-0.0149-0.020940.6895-24.475961.7422
123.14340.42670.01672.62731.55463.40790.12650.2031-0.21670.01650.1303-0.20810.14590.0252-0.2567-0.08570.0263-0.0226-0.04760.0347-0.05432.5793-28.559150.2628
133.13221.7325-1.50770.9908-1.18250.93150.02340.1557-0.0518-0.07460.02-0.0426-0.00560.0836-0.0434-0.0229-0.0042-0.01440.01730.0053-0.006538.1975-22.324746.0555
142.32310.4269-2.04210.7143-0.61640.34550.0142-0.0161-0.1230.0758-0.04950.0338-0.0451-0.07010.0353-0.0143-0.0025-0.01340.03170.02250.065454.4457-33.28943.1931
154.5067-0.9104-1.30340.73020.31442.42510.0388-0.5119-0.17-0.0826-0.01420.04870.00610.1666-0.0246-0.17420.0001-0.0105-0.01130.0156-0.106660.6803-26.586546.3976
160.1373-0.60760.27580.4933-0.48200.00140.0102-0.02830.01190.0032-0.00030.0062-0.0189-0.00450.02930.0077-0.0173-0.0992-0.01960.071727.3125-10.298432.6279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|37 }A3 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|38 - A|47 }A38 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|48 - A|73 }A48 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|74 - A|92 }A74 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|93 - A|109 }A93 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|110 - A|128 }A110 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|129 - A|138 }A129 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|139 - A|159 }A139 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|2 - B|15 }B2 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|16 - B|59 }B16 - 59
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|60 - B|80 }B60 - 80
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|81 - B|109 }B81 - 109
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|110 - B|128 }B110 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|129 - B|137 }B129 - 137
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|138 - B|159 }B138 - 159
16X-RAY DIFFRACTION16{ A|201 }A201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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