PDB-6cbs: DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cbs

タイトル

DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide

要素

DNA primase, single-stranded DNA-binding protein chimera

キーワード

REPLICATION / Primase / DnaG / Single-strand DNA-Binding Protein / SSB / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DnaB-DnaG complex / DNA primase DnaG / primosome complex / : / DNA replication, synthesis of primer / replisome / replication fork processing / DNA-directed RNA polymerase complex / single-stranded DNA binding / DNA recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Oakley, A.J. / Lo, A.T.Y.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide
著者: Oakley, A.J. / Lo, A.T.Y.

履歴

登録	2018年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cbs.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cbs.ent.gz	107.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/6cbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/6cbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cbrC 6cbtSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cbt-2 4yy5-d 3die-d 6cbt-1 4qob-d 4avp-1 4lsy-d 1155 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (17) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA primase, single-stranded DNA-binding protein chimera

B: DNA primase, single-stranded DNA-binding protein chimera

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA primase, single-stranded DNA-binding protein chimera

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA primase, single-stranded DNA-binding protein chimera

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.895, 115.202, 45.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-533- GLN
2	1	B-533- GLN

#1: タンパク質	DNA primase, single-stranded DNA-binding protein chimera / DnaGC-SSB chimera 分子量: 18691.049 Da / 分子数: 2 断片: DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: dnaG, dnaP, parB, b3066, JW3038, ssb_1, BUE81_14300, ERS085374_00666 プラスミド: pAL1402 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABS5, UniProt: A0A0K3FKM0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 7.5% w/v PEG3000, 15 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953715 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953715 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45 Å / Num. obs: 30129 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.326 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4449 / R_pim(I) all: 0.193 / R_rim(I) all: 0.503 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
iMOSFLM	6.2.6	データ削減
SCALA	3.2.15	データスケーリング
MOLREP	9.4.09	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6CBT

6cbt

解像度: 1.85→42.574 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2244	1556	5.17 %	RANDOM
R_work	0.1924	-	-	-
obs	0.194	30076	92.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2217	0	22	415	2654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	3079
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.253	1654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9097	0.3262	130	0.2726	2641	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9097-1.978	0.263	133	0.2429	2637	X-RAY DIFFRACTION	97
1.978-2.0572	0.2608	166	0.2009	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0572-2.1508	0.2389	128	0.1952	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1508-2.2642	0.2174	110	0.1893	2087	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2642-2.4061	0.1983	154	0.1947	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4061-2.5918	0.2489	151	0.1868	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5918-2.8526	0.1968	151	0.1848	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8526-3.2652	0.2393	169	0.1901	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2652-4.1133	0.197	107	0.1741	1897	X-RAY DIFFRACTION	67
4.1133-42.585	0.2147	157	0.1871	2958	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8465	-0.0966	-0.2992	2.8673	0.4185	1.6311	-0.1507	0.0114	-0.2098	-0.1619	0.0412	-0.1859	0.1966	0.112	0.0553	0.1598	0.0136	0.0456	0.1321	0.0043	0.1236	3.315	41.8802	1.9275
2	4.2042	2.7455	0.5453	2.0925	0.1823	0.3846	0.0127	0.1744	0.0226	-0.0761	0.0689	0.0721	0.1485	-0.0202	0.0168	0.1841	-0.0295	-0.0054	0.1506	-0.0041	0.1339	-15.8959	42.1706	5.8976
3	3.3928	0.1721	-1.8514	1.3484	-0.4793	1.0082	0.0881	0.0307	0.0879	-0.1243	0.0419	0.1223	-0.1285	0.0842	-0.0396	0.2231	-0.0814	-0.0195	0.1775	-0.0114	0.0926	-21.6238	40.4004	7.4616
4	2.016	0.0338	-0.0068	1.5961	-0.1442	1.4456	-0.0977	0.1737	-0.2523	-0.1828	0.0366	-0.0913	0.2361	0.0905	0.0479	0.1705	-0.0148	0.0251	0.1495	-0.067	0.1685	0.4788	98.1244	17.9536
5	1.0127	-0.2439	-0.1501	1.605	-0.105	2.017	-0.1134	0.27	-0.1495	-0.3797	0.0014	-0.6748	0.1654	0.2654	0.0304	0.1929	-0.0202	0.1087	0.2796	-0.052	0.2903	9.7374	101.6363	12.981
6	4.1161	3.8314	0.4969	4.4565	0.3745	0.7277	-0.1154	0.2578	0.1919	-0.0551	0.1675	0.2472	0.0799	-0.1056	-0.0094	0.1317	-0.0352	0.0243	0.1688	0.0001	0.1264	-13.6397	100.3991	20.3522
7	2.1457	0.4973	1.1254	0.6195	-0.5884	7.0085	-0.2272	0.4006	0.052	-0.8389	0.1543	0.8394	0.3545	-0.3843	0.3261	0.5665	-0.1927	-0.0717	0.3237	-0.2361	0.7755	-31.2346	87.4081	20.5724
8	5.0337	-0.8325	-0.768	6.6	0.5153	4.2136	-0.0307	0.0479	-0.2019	0.2753	-0.3285	0.3264	-0.2988	0.4547	0.3733	0.3121	-0.1473	0.04	0.2551	-0.0297	0.1806	-25.5577	96.9253	27.0386
9	5.0403	-1.7212	-2.9255	2.9355	2.0666	5.1598	0.2952	0.688	0.2824	-0.472	0.1453	-0.2914	-0.229	-0.1222	-0.4564	0.3522	-0.0677	-0.0514	0.2981	-0.0029	0.2076	-5.072	103.445	8.4354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 445 through 530 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 531 through 561 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 562 through 599 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 445 through 494 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 495 through 530 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 531 through 559 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 560 through 564 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 565 through 579 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 580 through 599 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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