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- PDB-6cad: Crystal structure of RAF kinase domain bound to the inhibitor 2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cad
タイトルCrystal structure of RAF kinase domain bound to the inhibitor 2a
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードSIGNALING PROTEIN / BRAF inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / positive regulation of axon regeneration / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / RAF activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / response to peptide hormone / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / neuron projection / ciliary basal body / cilium / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EU4 / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Maisonneuve, P. / Kurinov, I. / Assadieskandar, A. / Yu, C. / Liu, X. / Chen, Y.-C. / Prakash, G.K.S. / Zhang, C. / SIcheri, F.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Effects of rigidity on the selectivity of protein kinase inhibitors.
著者: Assadieskandar, A. / Yu, C. / Maisonneuve, P. / Liu, X. / Chen, Y.C. / Prakash, G.K.S. / Kurinov, I. / Sicheri, F. / Zhang, C.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4454
ポリマ－64,5002
非ポリマー9452
水543
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7222
ポリマ－32,2501
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7222
ポリマ－32,2501
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.493, 114.548, 55.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 449 and (name N or name...
21(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(chain A and ((resid 449 and (name N or name...AA44910
12ASPASPSERSER(chain A and ((resid 449 and (name N or name...AA449 - 72210 - 283
13ASPASPSERSER(chain A and ((resid 449 and (name N or name...AA449 - 72210 - 283
14ASPASPSERSER(chain A and ((resid 449 and (name N or name...AA449 - 72210 - 283
15ASPASPSERSER(chain A and ((resid 449 and (name N or name...AA449 - 72210 - 283
21ASPASPGLNGLN(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...BB449 - 46110 - 22
22ARGARGILEILE(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...BB462 - 46323 - 24
23ASPASPLEULEU(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...BB449 - 72110 - 282
24ASPASPLEULEU(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...BB449 - 72110 - 282
25ASPASPLEULEU(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...BB449 - 72110 - 282
26ASPASPLEULEU(chain B and (resid 449 through 461 or (resid 462...BB449 - 72110 - 282

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32249.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EU4 / 1-(propan-2-yl)-3-({3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]isoquinolin-8-yl}ethynyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 472.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H19F3N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris Propane pH 6.5, 0.2M Sodium Nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→47.583 Å / Num. obs: 18363 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 73.34 Å2 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.557 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4r5y

4r5y


解像度: 2.55→47.583 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.68
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 912 5.01 %5
Rwork0.2547 ---
obs0.2558 18208 98.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 171.88 Å2 / Biso mean: 97.9672 Å2 / Biso min: 55.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→47.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3672 0 70 3 3745
Biso mean--80.89 82.59 -
残基数----497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4965208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0742218
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2034X-RAY DIFFRACTION11.762TORSIONAL
12B2034X-RAY DIFFRACTION11.762TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5502-2.68460.53551240.49382338246296
2.6846-2.85280.43141290.42182451258099
2.8528-3.0730.43181280.37742429255799
3.073-3.38220.29121300.28672451258199
3.3822-3.87140.33171290.24492478260799
3.8714-4.87680.20441330.208725242657100
4.8768-47.59140.24131390.22272625276499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2842-0.8656-2.62313.3734-0.28263.97330.71310.41551.1116-0.28160.0976-0.2646-0.8698-0.4493-0.69041.18290.0168-0.0130.77430.09520.8542-29.222426.861-6.8441
20.967-0.1815-1.19882.7229-0.34841.983-0.0119-0.01710.03180.43560.213-0.0328-0.0994-0.1068-0.15610.82760.018-0.16440.67340.03380.6936-31.209122.5486.3811
33.4277-2.0441-2.02392.8922-0.54612.9952-0.08350.13060.02750.35390.24141.0228-0.6258-0.0968-0.12250.97760.0522-0.14160.78530.23370.8924-35.050321.057411.6234
42.21150.13180.08971.55870.8214.92070.4094-0.2220.52190.51280.37370.1899-0.37890.3365-0.82111.2851-0.00180.01830.7268-0.01550.9322-38.390932.596919.5062
52.98811.1802-1.04433.81471.49474.58750.44790.0430.45610.7663-0.4670.7206-0.3314-0.6868-0.05041.17480.0330.06051.01270.02450.9847-45.959824.383424.9229
66.313-1.7708-1.33693.6681-0.47795.5272-0.7654-0.9581-0.2822.16110.8317-0.0890.5420.6946-0.0181.55760.1969-0.00140.9336-0.02830.6216-37.219219.698131.3018
79.6412.0136-0.09161.9968-2.00443.7698-0.7339-0.1736-0.8919-1.05130.2778-1.31650.2956-0.46980.31180.92740.0414-0.01040.85460.11760.8843-31.62949.259225.1061
82.61710.0647-0.71962.3466-1.03832.6371-0.3041-0.473-0.06760.4375-0.0136-0.4311-0.39580.56020.2781.1012-0.0652-0.26480.85740.09910.8743-12.85246.409616.3115
92.0198-4.32731.92282.0207-1.77317.8556-1.3197-1.48221.741-0.58470.9303-2.33420.28060.54440.67280.85860.0586-0.11260.8027-0.10281.3227-4.054310.7375.8182
104.0122-0.7112-2.75885.8572-1.73232.71470.24910.087-0.92791.65940.4533-0.502-0.75980.3998-0.58650.94910.0457-0.47230.6317-0.02570.975-16.231712.82067.3457
112.2735-1.3991-0.15513.66060.45416.0322-0.5029-0.0517-0.01670.8671-0.06620.65410.2847-0.09640.5430.6295-0.0315-0.05830.51210.08350.6207-25.0094-2.19773.5983
126.74844.3476-0.42357.20240.03642.35950.2590.1969-0.1907-0.4689-0.25930.59020.0495-0.54690.05750.7877-0.1064-0.22730.6043-0.07570.6701-25.98887.198-8.316
132.5046-0.304-0.65844.94881.62192.86850.1257-0.0804-0.3492-0.11590.172-0.53180.19920.1034-0.26690.8487-0.047-0.1750.62110.06910.8675-17.2784-0.4379-7.8226
142.5382-1.6543-0.0183.95411.09012.64280.17090.1351-0.2559-0.4747-0.1048-0.15960.2609-0.2481-0.07921.0541-0.0708-0.09820.6930.02830.7379-21.2124-4.7728-17.3977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 449 through 475 )A449 - 475
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 476 through 570 )A476 - 570
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 571 through 592 )A571 - 592
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 593 through 634 )A593 - 634
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 635 through 686 )A635 - 686
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 687 through 706 )A687 - 706
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 707 through 722 )A707 - 722
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 449 through 491 )B449 - 491
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 492 through 506 )B492 - 506
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 507 through 524 )B507 - 524
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 525 through 549 )B525 - 549
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 550 through 570 )B550 - 570
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 571 through 651 )B571 - 651
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 652 through 721 )B652 - 721

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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