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- PDB-6c9d: Crystal structure of KA1-autoinhibited MARK1 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c9d
タイトルCrystal structure of KA1-autoinhibited MARK1 kinase
要素Serine/threonine-protein kinase MARK1,Serine/threonine-protein kinase MARK1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / CAMKL / KA1 domain / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of mitochondrion localization / regulation of dendrite development / phosphatidic acid binding / tau-protein kinase / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / regulation of neuron projection development / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeleton organization ...establishment of mitochondrion localization / regulation of dendrite development / phosphatidic acid binding / tau-protein kinase / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / regulation of neuron projection development / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeleton organization / neuron migration / tau protein binding / Wnt signaling pathway / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / peptidyl-serine phosphorylation / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase MARK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Emptage, R.P. / Marmorstein, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM115098 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5P01CA114046 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for MARK1 Kinase Autoinhibition by Its KA1 Domain.
著者: Emptage, R.P. / Lemmon, M.A. / Ferguson, K.M. / Marmorstein, R.
履歴
登録2018年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MARK1,Serine/threonine-protein kinase MARK1
B: Serine/threonine-protein kinase MARK1,Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8732
ポリマ－105,8732
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Serine/threonine-protein kinase MARK1,Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9371
ポリマ－52,9371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK1,Serine/threonine-protein kinase MARK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9371
ポリマ－52,9371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.993, 69.578, 103.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 53 through 54 and (name N...
21(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...
12(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...
22(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUGLNGLN(chain A and ((resid 53 through 54 and (name N...AA53 - 5416 - 17
121GLUGLUGLYGLY(chain A and ((resid 53 through 54 and (name N...AA53 - 37716 - 340
131GLUGLUGLYGLY(chain A and ((resid 53 through 54 and (name N...AA53 - 37716 - 340
141GLUGLUGLYGLY(chain A and ((resid 53 through 54 and (name N...AA53 - 37716 - 340
151GLUGLUGLYGLY(chain A and ((resid 53 through 54 and (name N...AA53 - 37716 - 340
211GLUGLUGLYGLY(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB53 - 6716 - 30
221LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB6831
231GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB53 - 37316 - 336
241GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB53 - 37316 - 336
251GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB53 - 37316 - 336
261GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB53 - 37316 - 336
271GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 53 through 67 or (resid 68...BB53 - 37316 - 336
112LYSLYSSERSER(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...AA696 - 764360 - 428
122LEULEULEULEU(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...AA765429
132LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...AA696 - 795360 - 459
142LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...AA696 - 795360 - 459
152LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...AA696 - 795360 - 459
162LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 696 through 764 or (resid 765...AA696 - 795360 - 459
212LYSLYSMETMET(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...BB696 - 718360 - 382
222ARGARGARGARG(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...BB719383
232SERSERLEULEU(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...BB695 - 795359 - 459
242SERSERLEULEU(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...BB695 - 795359 - 459
252SERSERLEULEU(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...BB695 - 795359 - 459
262SERSERLEULEU(chain B and (resid 696 through 718 or (resid 719...BB695 - 795359 - 459

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MARK1,Serine/threonine-protein kinase MARK1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 1 / PAR1 homolog c / Par1c


分子量: 52936.715 Da / 分子数: 2
断片: kinase and UBA domain (UNP residues 45-381), KA1 domain (UNP residues 681-795)
変異: T215E, K761S, R764S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This arrangement of chains is most probable based on spatial considerations and experimental evidence, though there is a possibility that the kinase and UBA domains of chain A may be part of ...詳細: This arrangement of chains is most probable based on spatial considerations and experimental evidence, though there is a possibility that the kinase and UBA domains of chain A may be part of the same polymer chain as the KA1 domain of chain B, and vice versa.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK1, KIAA1477, MARK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P0L2, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6-8% PEG8000, 0.2-0.3 M imidazole, pH 8.0-8.5 / PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 34570 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.499→2.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Num. unique obs: 1660 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3OSE & 2HAK

3ose

2hak


解像度: 2.499→45.352 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 1995 5.78 %
Rwork0.2033 --
obs0.2061 34499 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.9 Å2 / Biso mean: 77.8037 Å2 / Biso min: 53.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.499→45.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6600 0 0 68 6668
Biso mean---67.46 -
残基数----847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2639171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.242520
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2836X-RAY DIFFRACTION11.395TORSIONAL
12B2836X-RAY DIFFRACTION11.395TORSIONAL
21A852X-RAY DIFFRACTION11.395TORSIONAL
22B852X-RAY DIFFRACTION11.395TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4995-2.5620.39461320.32122197232994
2.562-2.63130.33271450.30072304244999
2.6313-2.70870.30851370.27872341247899
2.7087-2.79610.35151430.26622291243499
2.7961-2.8960.2671280.25882333246199
2.896-3.01190.30061520.27392288244099
3.0119-3.1490.35021430.26932331247499
3.149-3.3150.25641380.24722327246599
3.315-3.52260.31821430.24142335247899
3.5226-3.79440.29691440.21592317246199
3.7944-4.1760.23431490.185323572506100
4.176-4.77980.21321430.162327247099
4.7798-6.01980.231460.17932357250399
6.0198-45.35920.19261520.16372399255198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46710.7742.06291.50631.54643.3351-0.1976-0.38610.6613-0.0793-0.06750.208-0.4021-0.296800.87710.01790.01180.8018-0.09790.8938-4.196794.089626.5553
20.4390.63980.17351.49070.17911.47220.23690.1648-0.169-0.3903-0.13860.16370.1062-0.1653-00.7972-0.0337-0.02990.79120.0880.7539-15.14472.84943.1559
30.08740.089-0.37490.4417-0.19250.11810.20580.8042-0.51-0.1177-0.2530.23490.58880.2082-00.95640.02140.03481.081-0.11141.006218.815971.389620.4748
40.5743-0.2014-0.09970.6673-0.32870.14480.304-0.3913-1.3948-0.0117-0.0533-0.14060.2480.0484-00.9447-0.0148-0.04460.94330.16251.155513.222662.490431.4008
5-0.00970.00960.0069-0.02870.00030.0099-0.0026-0.43730.05120.7966-0.240.0835-0.34450.2414-01.07220.0159-0.07491.5636-0.25861.07440.658572.151543.3912
61.09080.57950.92752.3964-0.60551.03080.21870.0254-0.1339-0.12130.0382-0.23620.02260.3300.8202-0.05790.02540.8909-0.00870.721112.662572.082728.4063
73.49950.0481-0.38932.1499-0.2152.57330.0937-0.11040.27620.004-0.04210.09-0.01770.0039-00.8384-0.16930.04080.8710.03440.7407-53.957152.802524.2824
81.5108-0.6405-0.16721.898-0.26520.31540.0505-0.6595-0.05080.2267-0.0876-0.3010.14120.070500.8075-0.121-0.06210.92620.07820.7612-37.530452.246722.7769
92.59050.7732-0.72152.90520.33622.9025-0.05730.1189-0.944-0.08290.0047-0.76510.42890.060900.839-0.0467-0.03080.79320.06661.1197-30.398743.246213.1543
100.5733-0.2165-0.19080.5244-1.22390.53830.6505-1.60870.22970.5262-0.2366-0.3266-0.168-0.049901.1814-0.19380.02011.55350.05240.8927-51.244847.966841.217
110.0283-0.01630.0703-0.01430.05420.17740.2063-0.64810.04221.6977-0.32410.2425-0.07110.0441-01.079-0.12270.04131.0031-0.2051.2383-36.219773.299827.4896
12-0.0682-0.014-0.0809-0.02990.18270.00480.3366-0.76330.7844-0.2089-0.21170.2935-0.38310.320700.8698-0.01970.03361.0284-0.18111.1199-29.894579.84719.9805
130.02980.2395-0.0240.2726-0.28870.1491-0.11450.10871.7875-0.3383-0.402-0.0522-0.95-0.167100.81310.06840.04450.84620.04561.3294-39.386682.265112.5376
140.0996-0.03050.01070.4349-0.09570.0513-0.123-0.31540.50070.11950.1360.52470.0163-0.20600.89010.0376-0.0030.926-0.0541.2308-47.760976.114112.2229
150.14130.1324-0.1250.2808-0.33550.1827-0.128-0.81020.8602-0.26490.19260.0873-0.3172-0.1901-00.7185-0.0645-0.03260.9372-0.0091.0742-45.27574.168614.7232
16-0.00460.011-0.00770.00870.0270.02460.19750.2599-0.6581-0.79460.0587-0.29190.7171-0.159601.05650.1078-0.0691.10510.16411.3088-44.6661.93070.9084
170.2079-0.156-0.25620.2490.02480.16790.3117-0.30150.32340.79710.3051-0.12960.2990.262900.8975-0.04250.03960.868-0.05811.1353-37.75374.417321.7706
180.5705-0.08350.09280.4401-0.22151.05750.3124-0.08130.244-0.07070.2531-0.1246-0.0568-0.0437-00.77350.02870.0160.71420.06240.8553-36.155169.491612.7328
190.58760.12670.13180.592-0.58830.3422-0.1382-0.9103-0.56320.5427-0.37340.0680.2645-0.526200.8515-0.05-0.01530.89170.03390.9088-8.539564.794520.9566
201.45190.97240.7652.94390.86771.09310.0943-0.46030.19180.2236-0.08560.0713-0.1175-0.225300.7401-0.05110.00120.8294-0.01820.6404-14.33974.90420.3778
211.45270.84570.63341.28320.62380.5731-0.1137-0.1850.2983-0.0880.00290.0563-0.1686-0.0202-00.812-0.05910.01150.6987-0.03470.6476-0.248686.023221.9864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 196 through 342 )A196 - 342
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 343 through 377 )A343 - 377
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 696 through 713 )A696 - 713
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 714 through 744 )A714 - 744
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 745 through 752 )A745 - 752
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 753 through 795 )A753 - 795
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 53 through 127 )B53 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 128 through 195 )B128 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 196 through 317 )B196 - 317
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 318 through 373 )B318 - 373
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 695 through 704 )B695 - 704
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 705 through 713 )B705 - 713
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 714 through 728 )B714 - 728
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 729 through 736 )B729 - 736
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 737 through 744 )B737 - 744
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 745 through 752 )B745 - 752
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 753 through 767 )B753 - 767
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 768 through 795 )B768 - 795
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 53 through 71 )A53 - 71
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 72 through 130 )A72 - 130
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 131 through 195 )A131 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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