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万見
- PDB-6c89: NDM-1 Beta-Lactamase Exhibits Differential Active Site Sequence R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c89
タイトルNDM-1 Beta-Lactamase Exhibits Differential Active Site Sequence Requirements for the Hydrolysis of Penicillin versus Carbapenem Antibiotics
要素Beta-lactamase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / NDM-1 / beta-lactamase / deep sequencing / antibiotic resistance / beta-lactams
機能・相同性Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / antibiotic catabolic process / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding / Metallo-beta-lactamase type 2
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75006148726 Å
データ登録者Palzkill, T. / Sun, Z. / Sankaran, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI106863 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Differential active site requirements for NDM-1 beta-lactamase hydrolysis of carbapenem versus penicillin and cephalosporin antibiotics.
著者: Sun, Z. / Hu, L. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,75819
ポリマ－97,9024
非ポリマー85615
水12,160675
1
A: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,09414
ポリマ－73,4263
非ポリマー66711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6915
ポリマ－24,4751
非ポリマー2164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6655
ポリマ－24,4751
非ポリマー1894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6655
ポリマ－24,4751
非ポリマー1894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.167, 68.861, 68.441
Angle α, β, γ (deg.)92.230, 77.026, 91.840
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Beta-lactamase NDM-1 / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Class B beta-lactamase NDM-1 / ...Beta-lactamase NDM-1 / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Class B beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 metallo-beta-lactamase / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 24475.492 Da / 分子数: 4 / 変異: K224R/G232A/N233Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, AM434_27040, APU18_05360, AZ95_0035, BET08_16280, BVL39_26630, CA268_28970, ECS01_0033, MS6198_A142, NDM1Dok01_N0175, pNDM102337_147, pNDM10505_149
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E5KIY2

-
非ポリマー , 6種, 690分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M HEPES, pH7.0, 20% (w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.668 Å / Num. obs: 75377 / % possible obs: 91.07 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 16.0102224723 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Num. unique obs: 4529 / % possible all: 54.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.75006148726→37.2364552136 Å / SU ML: 0.172754826987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96361990839 / 位相誤差: 20.1253550062
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19952021866 3746 4.97014727345 %
Rwork0.156087511804 71624 -
obs0.158241721583 75370 91.0727663791 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.4899005082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75006148726→37.2364552136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6818 0 26 675 7519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005460082928787015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7670765715859555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05311106217111068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004675966681141267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.99812025444120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.77220.26109667932670.200392391951374X-RAY DIFFRACTION46.6192170819
1.7722-1.79550.243897252592870.1912149610751616X-RAY DIFFRACTION56.1305207647
1.7955-1.82010.251195974359970.1894025891111929X-RAY DIFFRACTION66.5571616294
1.8201-1.84610.2589844168151030.1791373765442308X-RAY DIFFRACTION78.0258899676
1.8461-1.87370.2219970714911340.1840768735242458X-RAY DIFFRACTION86.4
1.8737-1.9030.2281242114861360.1812871015792669X-RAY DIFFRACTION90.0770712909
1.903-1.93420.2247141628211370.1738079899442652X-RAY DIFFRACTION91.5026246719
1.9342-1.96750.2318518961651660.1723105770012731X-RAY DIFFRACTION94.0279130153
1.9675-2.00330.2214160580261670.1720824844222716X-RAY DIFFRACTION94.2156862745
2.0033-2.04180.2225037507851570.1613617875552780X-RAY DIFFRACTION95.233463035
2.0418-2.08350.2230598975121310.1607448055612808X-RAY DIFFRACTION96.1714659686
2.0835-2.12880.2301949211041440.1607320909072812X-RAY DIFFRACTION96.6328865642
2.1288-2.17830.1902802923431540.1574212473052789X-RAY DIFFRACTION96.1764705882
2.1783-2.23280.192772659791540.1517179682782790X-RAY DIFFRACTION96.4297412381
2.2328-2.29310.2101142115051460.1582710823512873X-RAY DIFFRACTION97.230273752
2.2931-2.36060.2247294479811440.1579678558192833X-RAY DIFFRACTION97.414921466
2.3606-2.43680.1937851481871490.1637702815392859X-RAY DIFFRACTION97.5673045735
2.4368-2.52380.2266619629811420.1659929142752837X-RAY DIFFRACTION97.3529411765
2.5238-2.62490.2519735709151290.1598116430352855X-RAY DIFFRACTION97.6439790576
2.6249-2.74430.1786835743291530.1610171306762862X-RAY DIFFRACTION98.2404692082
2.7443-2.88890.1965558845561310.1496550689892871X-RAY DIFFRACTION98.200850507
2.8889-3.06990.1983082813981550.160575259132865X-RAY DIFFRACTION98.2433311646
3.0699-3.30670.1976192213161630.1514105425672851X-RAY DIFFRACTION98.4645540673
3.3067-3.63930.1817670754531450.1421854393272886X-RAY DIFFRACTION98.7940026076
3.6393-4.16530.1618815850951690.1367715428512847X-RAY DIFFRACTION99.1127177128
4.1653-5.24550.1653590740631460.1320616858242899X-RAY DIFFRACTION98.6075129534
5.2455-37.24490.1967242512521400.1674213345292854X-RAY DIFFRACTION98.0032733224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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