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- PDB-6c88: STRUCTURE OF THE AMYLOID FORMING PEPTIDE VAVHVF FROM TRANSTHYRETIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c88
タイトルSTRUCTURE OF THE AMYLOID FORMING PEPTIDE VAVHVF FROM TRANSTHYRETIN
要素VAL-ALA-VAL-HIS-VAL-PHE
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / transthyretin / fibril
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Saelices, L. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Seventh Framework Programme for Research298559 米国
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of amyloidogenic segments of human transthyretin.
著者: Saelices, L. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Uncovering the Mechanism of Aggregation of Human Transthyretin.
著者: Saelices, L. / Johnson, L.M. / Liang, W.Y. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Ruchala, P. / Whitelegge, J. / Jiang, L. / Riek, R. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VAL-ALA-VAL-HIS-VAL-PHE
B: VAL-ALA-VAL-HIS-VAL-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4363
ポリマ－1,3442
非ポリマー921
水724
1
A: VAL-ALA-VAL-HIS-VAL-PHE
B: VAL-ALA-VAL-HIS-VAL-PHE
ヘテロ分子
x 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,35730
ポリマ－13,43620
非ポリマー92110
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_355x-2,y,z1
crystal symmetry operation1_755x+2,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_645x+3/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_345x-3/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_745x+5/2,-y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)11.529, 20.360, 36.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VAL-ALA-VAL-HIS-VAL-PHE


分子量: 671.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mg/ml peptide solution. Reservoir contained 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 30% v/v 2-Propanol. Crystals were soaked in 25% glycerol prior to diffraction

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 744 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 4.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 2837
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.922.60.421711.093178.9
1.92-1.994.30.572571.238178.1
1.99-2.084.30.507661.143178.6
2.08-2.193.80.406670.934180.7
2.19-2.3340.411670.949172
2.33-2.5140.396650.997183.3
2.51-2.764.10.399811.124195.3
2.76-3.1640.382831.185192.2
3.16-3.993.70.161921.061191.1
3.99-1003.50.089951.286189.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.851→18.365 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1785 57 7.83 %
Rwork0.1706 --
obs0.1723 728 84.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 23.47 Å2 / Biso mean: 3.7137 Å2 / Biso min: 0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→18.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数96 0 6 4 106
Biso mean--15.47 6.71 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.827139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.92752
LS精密化 シェル解像度: 1.8506→1.917 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4292 -8 %
Rwork0.1898 --
obs-70 79.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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