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- PDB-6c7z: Crystal structure of the Q108K:K40L:T51V:R58F mutant of human Cel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7z
タイトルCrystal structure of the Q108K:K40L:T51V:R58F mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II in complex with synthetic Ligand Julolidine
要素Retinol-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Protein Engineering / Ratiometric pH probe / hCRBPII
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / molecular carrier activity / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-JLO / Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Nosrati, M. / Geiger, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM101353 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: A Genetically Encoded Ratiometric pH Probe: Wavelength Regulation-Inspired Design of pH Indicators.
著者: Berbasova, T. / Tahmasebi Nick, S. / Nosrati, M. / Nossoni, Z. / Santos, E.M. / Vasileiou, C. / Geiger, J.H. / Borhan, B.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7946
ポリマ－31,1412
非ポリマー6534
水3,495194
1
A: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8973
ポリマ－15,5701
非ポリマー3262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8973
ポリマ－15,5701
非ポリマー3262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.787, 35.947, 64.089
Angle α, β, γ (deg.)90.51, 92.45, 113.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 15570.489 Da / 分子数: 2 / 変異: Q108K,K40L,T51V,R58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-JLO / (2E,4E)-3-methyl-5-(2,3,6,7-tetrahydro-1H,5H-pyrido[3,2,1-ij]quinolin-9-yl)penta-2,4-dienal


分子量: 267.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH=4.5
PH範囲: 4.0-4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. all: 43584 / Num. obs: 45939 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 42.2
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Num. unique obs: 1812 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RCT

2rct


解像度: 1.42→29.003 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 28.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 2014 4.74 %
Rwork0.2219 --
obs0.2235 42458 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 42.607 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2152 Å2-0.9994 Å2-0.7034 Å2
2--2.7238 Å2-0.3408 Å2
3----5.939 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→29.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 46 194 2428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1443126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.326865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4195-1.4550.32231080.27742193X-RAY DIFFRACTION71
1.455-1.49430.3041280.26822643X-RAY DIFFRACTION83
1.4943-1.53830.29011350.25392742X-RAY DIFFRACTION89
1.5383-1.5880.31661350.24792849X-RAY DIFFRACTION90
1.588-1.64470.27551430.24312918X-RAY DIFFRACTION92
1.6447-1.71060.28331500.24562885X-RAY DIFFRACTION93
1.7106-1.78840.27141440.24972911X-RAY DIFFRACTION93
1.7884-1.88270.30261510.24432983X-RAY DIFFRACTION95
1.8827-2.00060.25981500.22633035X-RAY DIFFRACTION96
2.0006-2.1550.24621540.22943009X-RAY DIFFRACTION97
2.155-2.37180.25841530.22033051X-RAY DIFFRACTION97
2.3718-2.71480.30181580.23693059X-RAY DIFFRACTION98
2.7148-3.41950.23761520.21313084X-RAY DIFFRACTION99
3.4195-29.00870.22181530.19643082X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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