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万見
- PDB-6c79: Conformational Changes in a Class A Beta lactamase that Prime it ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c79
タイトルConformational Changes in a Class A Beta lactamase that Prime it for Catalysis
要素Beta-lactamase Toho-1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CE3 / Beta-lactamase Toho-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Coates, L. / Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Cooper, S.J. / Weiss, K.L. / Ginell, S.L. / Parks, J.M.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Substrate Binding Induces Conformational Changes in a Class A Beta-lactamase That Prime It for Catalysis
著者: Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Cooper, S.J. / Weiss, K.L. / Ginell, S.L. / Parks, J.M. / Coates, L.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn / pdbx_refine / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase Toho-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8856
ポリマ－28,0461
非ポリマー8405
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.720, 72.720, 98.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

HOH

21A-663-

HOH

31A-732-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase Toho-1


分子量: 28045.688 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CE3 / (6R,7R)-3-(acetyloxymethyl)-7-[[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-methoxyimino-ethanoyl]amino]-8-oxo-5-thia-1-azabicy clo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid / CEFOTAXIME / セフォタキシム


分子量: 455.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O7S2 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.1
詳細: 10 mg/ml protein in a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1)

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→36.36 Å / Num. obs: 114156 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 1.1→36.36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1642 --
Rwork0.1443 --
obs-114156 92.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→36.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 50 333 2343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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