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- PDB-6c72: Crystal structure of a tailspike protein gp49 from Acinetobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c72
タイトルCrystal structure of a tailspike protein gp49 from Acinetobacter baumannii bacteriophage Fri1, a capsular polysaccharide depolymerase
要素Particle-associated glycoside hydrolase
キーワードHYDROLASE / glycosidase / Fri1 / tailspike / Acinetobacter baumannii
機能・相同性Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Tail spike protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter phage Fri1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Buth, S.A. / Garcon, A. / Popova, A.V. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
SNF310030_144243 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exopolysaccharide degrading enzymes - specificity determinants of Acinetobacter baumannii phages
著者: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Popova, A.V. / Shashkov, A.S. / Senchenkova, S.N. / Knirel, Y. / Leiman, P.G.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Particle-associated glycoside hydrolase
B: Particle-associated glycoside hydrolase
C: Particle-associated glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,15643
ポリマ－195,5403
非ポリマー2,61640
水28,5001582
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23830 Å2
ΔGint-1049 kcal/mol
Surface area58710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.462, 98.664, 148.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...
21(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...
31(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLYGLY(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA204 - 23518 - 49
12GLYGLYHISHIS(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA237 - 27251 - 86
13LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA274 - 28388 - 97
14ALAALAALAALA(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA28599
15LEULEUTYRTYR(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA287 - 361101 - 175
16HISHISALAALA(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA363 - 552177 - 366
17GLYGLYASNASN(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA554 - 612368 - 426
18PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA614 - 619428 - 433
19ASNASNPHEPHE(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA621 - 685435 - 499
110GLUGLUPROPRO(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA687 - 738501 - 552
111TYRTYRLEULEU(chain A and (resid 204 through 235 or resid 237...AA740 - 782554 - 596
21SERSERGLYGLY(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB204 - 23518 - 49
22GLYGLYHISHIS(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB237 - 27251 - 86
23LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB274 - 28388 - 97
24ALAALAALAALA(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB28599
25LEULEUTYRTYR(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB287 - 361101 - 175
26HISHISALAALA(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB363 - 552177 - 366
27GLYGLYASNASN(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB554 - 612368 - 426
28PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB614 - 619428 - 433
29ASNASNPHEPHE(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB621 - 685435 - 499
210GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB687 - 738501 - 552
211TYRTYRLEULEU(chain B and (resid 204 through 235 or resid 237...BB740 - 782554 - 596
31SERSERGLYGLY(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC204 - 23518 - 49
32GLYGLYHISHIS(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC237 - 27251 - 86
33LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC274 - 28388 - 97
34ALAALAALAALA(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC28599
35LEULEUTYRTYR(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC287 - 361101 - 175
36HISHISALAALA(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC363 - 552177 - 366
37GLYGLYASNASN(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC554 - 612368 - 426
38PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC614 - 619428 - 433
39ASNASNPHEPHE(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC621 - 685435 - 499
310GLUGLUPROPRO(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC687 - 738501 - 552
311TYRTYRLEULEU(chain C and (resid 204 through 235 or resid 237...CC740 - 782554 - 596

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要素

#1: タンパク質 Particle-associated glycoside hydrolase / Tail spike protein


分子量: 65179.918 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter phage Fri1 (ファージ)
遺伝子: Fri1_49 / プラスミド: PTSL / 詳細 (発現宿主): PET-23a DERIVATIVE WITH SLYD LEADER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834/DE3 / 参照: UniProt: A0A0H4TJ34
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 8000, 50 mM NaCl, 100 mM Tris HCl pH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→49.332 Å / Num. all: 81953 / Num. obs: 81953 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.82 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 8.8 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 388727
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.4-2.534.70.4051.9112240.230.510.40592.5
2.53-2.684.80.2792.7113340.1560.3480.27998.9
2.68-2.864.60.1953.7106870.1110.2420.19599
2.86-3.0950.1364.999900.0730.1670.13699.2
3.09-3.394.90.0867.791600.0460.1050.08699.2
3.39-3.794.60.05711.383290.0320.0720.05799.4
3.79-4.374.90.04514.473840.0250.0570.04599.4
4.37-5.364.60.03716.462580.0220.0490.03799.5
5.36-7.584.80.04115.948760.0240.0550.04199.7
7.58-49.3324.50.02425.927110.0170.0370.02499.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.82 Å
Translation2.5 Å46.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSMarch 30, 2013データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.396→49.332 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 21.52
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 8051 5.01 %random selection
Rwork0.1545 ---
obs0.1569 160570 97.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.85 Å2 / Biso mean: 36.6404 Å2 / Biso min: 18.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.396→49.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13353 0 48 1582 14983
Biso mean--67.09 40.18 -
残基数----1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78818660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5217984
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7851X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
12B7851X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
13C7851X-RAY DIFFRACTION6.643TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3957-2.42290.37772000.30623763396373
2.4229-2.45140.32482750.24495180545598
2.4514-2.48130.2682680.22425058532699
2.4813-2.51270.2662680.21855140540898
2.5127-2.54580.262680.2035088535699
2.5458-2.58060.22562650.1965090535599
2.5806-2.61750.24872720.20015215548798
2.6175-2.65660.23622700.19945070534099
2.6566-2.69810.23392690.19135094536398
2.6981-2.74230.27442740.19335189546399
2.7423-2.78960.24542700.1845073534399
2.7896-2.84030.21162720.18075144541699
2.8403-2.89490.27772690.18195098536799
2.8949-2.9540.23172740.17715141541599
2.954-3.01820.22652700.18465134540499
3.0182-3.08840.24662750.17445203547899
3.0884-3.16570.21052660.16785079534598
3.1657-3.25120.22272660.16245123538999
3.2512-3.34690.21722730.16445175544899
3.3469-3.45490.20292740.15465097537199
3.4549-3.57830.19482670.14055096536399
3.5783-3.72160.18242750.1315204547999
3.7216-3.89090.15772700.12265135540599
3.8909-4.09590.16852710.12365165543699
4.0959-4.35240.15112710.10565115538699
4.3524-4.68820.13892700.09925120539099
4.6882-5.15960.14542690.10685129539899
5.1596-5.90510.17962750.12375127540299
5.9051-7.43570.1832730.14615177545099
7.4357-49.34240.20192720.17745097536998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5153-0.9015-1.54564.3516-0.36970.8237-0.3544-0.30110.00091.7607-0.19340.72780.9467-0.69990.22160.9261-0.08140.30010.4682-0.0740.584224.568755.1261147.2037
26.3038-2.1584-4.16532.26961.80577.8227-0.467-0.6180.36440.47030.09920.11020.16350.17490.36910.37950.01630.08570.3231-0.07990.48429.349262.0078143.2948
30.65741.46840.94353.22841.99432.85730.1404-0.14480.18460.1392-0.15160.2887-0.1339-0.25280.03680.30530.03140.1120.31060.00270.474830.555956.1577126.7703
40.384-0.11320.16152.1636-0.74720.6801-0.0117-0.1118-0.1685-0.03240.15650.39670.0777-0.1535-0.14810.2691-0.03350.03970.34270.00280.428536.666935.7064120.1034
50.6172-0.0954-0.0162.36960.15331.38490.0819-0.01040.11750.12360.02280.1412-0.0687-0.0856-0.09590.26150.01110.07930.26320.02730.377339.994655.635112.3578
61.01910.26750.25371.28091.00570.8148-0.00950.13030.1554-0.06790.07660.0349-0.026-0.064-0.07060.256-0.00820.03940.27290.03490.307346.049152.9609100.7186
72.7421-0.0004-0.3422.5858-0.27911.60470.05850.1511-0.0126-0.0405-0.01240.020.01150.0389-0.03940.2835-0.00010.01920.29740.00550.258255.782645.892290.6755
80.85040.7764-0.46710.9109-0.23450.30170.0592-0.06930.12210.1029-0.00830.03920.0276-0.0457-0.04120.30690.0044-0.00250.2808-0.00660.287386.533355.907677.4089
92.7688-0.90542.47551.6604-1.10833.6597-0.04970.02540.10460.0260.02330.0198-0.0537-0.00880.03570.25340.01810.05290.22460.00530.291996.102462.354263.5425
107.3963-1.36070.0112.4444-1.09883.55260.2984-0.3754-0.19420.62570.06150.32990.0949-0.8332-0.31740.6292-0.13190.20190.6274-0.10260.395642.087155.4271160.0624
114.337-0.1595-1.80673.4865-0.95567.7438-0.0879-0.7649-0.32040.71380.03720.07020.3819-0.15240.01020.5647-0.05240.11420.4810.00720.32849.459249.9962158.2675
121.30650.13560.21372.0213-0.53220.37980.0966-0.25160.18890.19530.02550.1855-0.2846-0.0021-0.12490.4501-0.04690.10050.3829-0.08030.291757.132261.1184146.1279
131.1391-0.36960.19820.60650.00221.4594-0.0886-0.20340.23810.10460.04610.114-0.3098-0.1831-0.00130.4068-0.01630.09790.2485-0.02270.422947.548270.1272127.9937
140.9826-0.1573-0.4310.663-0.32221.30790.0757-0.0510.12260.12850.0254-0.032-0.16340.1588-0.06070.3548-0.04660.05070.3163-0.05290.347467.149661.7611131.7992
150.4606-0.15260.07880.5083-0.6081.04240.0967-0.0360.17840.0623-0.0829-0.0686-0.09140.1003-0.04060.3078-0.03940.04760.3094-0.04450.385173.547664.7025120.3719
160.7480.06820.04120.8163-0.05551.49040.08410.03340.0804-0.0626-0.0158-0.1044-0.11670.1083-0.08260.316-0.04770.09160.2968-0.00020.404575.789366.5774104.8604
170.4021-0.1089-0.43350.02410.07020.58160.0443-0.10960.0526-0.02090.0341-0.05210.08450.0795-0.07030.38880.01990.04610.31510.02860.380491.986245.796380.9429
184.56052.24761.41732.13360.70371.57730.12690.0771-0.07490.16660.0029-0.28370.17150.1586-0.13440.31480.0698-0.01310.2535-0.00630.3186105.597442.111469.2289
196.85141.4022-0.79020.9533-0.55883.6032-0.022-0.97741.08310.4849-0.05780.5633-0.0403-0.36740.05070.65790.03850.30670.5686-0.07530.669432.740135.8258153.3044
206.09952.2866-1.13180.9482-0.58735.6297-0.15690.10870.52970.24180.27970.9411-0.1049-0.503-0.11720.3923-0.00130.1890.40840.06970.626630.494434.1722144.3572
212.1926-0.94941.45952.0761-0.88041.8946-0.0847-0.2645-0.03670.31210.04430.1664-0.0543-0.1368-0.00530.3011-0.01780.09490.34540.02070.320547.153729.996138.5833
221.54631.07540.89691.95920.92041.87080.0302-0.32280.00070.2614-0.09240.0668-0.060.05790.05430.29180.00660.00660.34080.01320.290666.313441.2857141.3591
231.29380.3353-0.28680.5792-0.03721.4693-0.0151-0.07940.00590.0464-0.03060.00280.04680.04390.02470.259-0.01050.03040.24980.00070.295357.904929.7031125.1063
241.35910.250.30160.3381-0.12961.088-0.0040.062-0.04850.0156-0.0262-0.02570.15610.20610.04160.26280.01820.01430.2661-0.00830.281868.106929.4614116.3917
250.52510.53230.1681.5470.38271.6898-0.00390.0214-0.0161-0.0635-0.0155-0.2020.04210.13560.02190.24750.03270.04310.30590.00470.345780.385734.9781108.2579
260.0864-0.02170.1231-0.01070.07191.0780.003-0.03290.0381-0.0442-0.00490.02880.0691-0.09170.02530.33510.00490.06050.3349-0.01040.368881.62845.292874.7371
272.2256-0.01430.83124.88690.26731.45980.02680.0463-0.14070.2347-0.02840.17480.11870.06390.01020.2625-0.01220.06930.23830.0130.254985.863942.721257.0979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 204 through 239 )A204 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 281 )A240 - 281
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 282 through 334 )A282 - 334
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 335 through 375 )A335 - 375
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 376 through 475 )A376 - 475
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 476 through 543 )A476 - 543
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 544 through 636 )A544 - 636
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 637 through 694 )A637 - 694
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 695 through 782 )A695 - 782
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 204 through 239 )B204 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 240 through 281 )B240 - 281
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 282 through 334 )B282 - 334
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 335 through 375 )B335 - 375
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 376 through 475 )B376 - 475
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 476 through 543 )B476 - 543
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 544 through 636 )B544 - 636
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 637 through 694 )B637 - 694
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 695 through 782 )B695 - 782
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 204 through 239 )C204 - 239
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 240 through 281 )C240 - 281
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 282 through 334 )C282 - 334
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 335 through 375 )C335 - 375
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 376 through 475 )C376 - 475
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 476 through 543 )C476 - 543
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 544 through 636 )C544 - 636
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 637 through 694 )C637 - 694
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 695 through 782 )C695 - 782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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