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- PDB-6c6m: IgCam3 of human MLCK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6m
タイトルIgCam3 of human MLCK1
要素Myosin light chain kinase, smooth muscle
キーワードCELL ADHESION / IgCAM MLCK1 IBD
機能・相同性
機能・相同性情報


aorta smooth muscle tissue morphogenesis / tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / cellular hypotonic response / bleb assembly / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of wound healing / RHO GTPases activate PAKs / cleavage furrow ...aorta smooth muscle tissue morphogenesis / tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / cellular hypotonic response / bleb assembly / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of wound healing / RHO GTPases activate PAKs / cleavage furrow / smooth muscle contraction / Smooth Muscle Contraction / stress fiber / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain kinase, smooth muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zuccola, H.J. / Turner, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK61931 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK068271 米国
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2019
タイトル: Intracellular MLCK1 diversion reverses barrier loss to restore mucosal homeostasis.
著者: Graham, W.V. / He, W. / Marchiando, A.M. / Zha, J. / Singh, G. / Li, H.S. / Biswas, A. / Ong, M.L.D.M. / Jiang, Z.H. / Choi, W. / Zuccola, H. / Wang, Y. / Griffith, J. / Wu, J. / Rosenberg, H. ...著者: Graham, W.V. / He, W. / Marchiando, A.M. / Zha, J. / Singh, G. / Li, H.S. / Biswas, A. / Ong, M.L.D.M. / Jiang, Z.H. / Choi, W. / Zuccola, H. / Wang, Y. / Griffith, J. / Wu, J. / Rosenberg, H.J. / Wang, Y. / Snapper, S.B. / Ostrov, D. / Meredith, S.C. / Miller, L.W. / Turner, J.R.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin light chain kinase, smooth muscle
B: Myosin light chain kinase, smooth muscle
C: Myosin light chain kinase, smooth muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8993
ポリマ－34,8993
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Myosin light chain kinase, smooth muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6331
ポリマ－11,6331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Myosin light chain kinase, smooth muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6331
ポリマ－11,6331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Myosin light chain kinase, smooth muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6331
ポリマ－11,6331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.693, 74.693, 131.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Myosin light chain kinase, smooth muscle / smMLCK / Kinase-related protein / KRP / Telokin


分子量: 11632.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYLK, MLCK, MLCK1, MYLK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15746, myosin-light-chain kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46 Å / Num. obs: 14445 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 64.42 Å2 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 2.5→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.264
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 784 5.44 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.228 14404 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.3142 Å20 Å20 Å2
2---20.3142 Å20 Å2
3---40.6285 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 0 57 2304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114463HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.438036HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d956SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes710HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4463HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.07
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion287SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4406SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 167 5.67 %
Rwork0.2522 2780 -
all0.2551 2947 -
obs--99.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.533-0.7054-0.42882.1690.88173.9285-0.23490.06730.1351-0.11170.10960.2140.0770.34820.12530.06730.02170.1191-0.07620.0537-0.1869-30.062813.91450.2962
22.6659-0.39280.4910.93641.06314.12890.1066-0.2310.01270.01-0.10610.16170.2038-0.0735-0.0005-0.02050.13730.02550.06440.0055-0.1691-40.413811.282821.8575
32.09750.2474-0.26392.58820.49545.11810.1216-0.06880.04380.1268-0.12750.1267-0.29850.06160.0059-0.0729-0.0037-0.0332-0.0371-0.0294-0.1469-2.90489.88052.5011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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