PDB-3q5o: Crystal structure of human titin domain M10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q5o

タイトル

Crystal structure of human titin domain M10

要素

Titin

キーワード

TRANSFERASE / I-set Ig / titin / obscurin / obscurin-like 1 / sarcomere / M-band

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding / cardiac myofibril assembly / mitotic chromosome condensation ...sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding / cardiac myofibril assembly / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle hypertrophy / cardiac muscle tissue morphogenesis / actinin binding / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Sauer, F. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human titin domain M10
著者: Sauer, F. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2010年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q5o.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q5o.ent.gz	71.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3knbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o00-2 6c6m-1 1bpv-d 2jx1-d 5aea-2 3q2p-1 5fm4-1 2l6r-d 6c6m-3 2ncm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (12) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Titin

B: Titin

ヘテロ分子

21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Titin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Titin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.770, 118.770, 85.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-166- HOH
2	1	A-169- HOH
3	1	B-186- HOH

#1: タンパク質	Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 分子量: 10746.997 Da / 分子数: 2 / 断片: domain M10 (UNP RESIDUES 34253-34350) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pETM-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star pRARE2 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M bistris p 6.8, 55% MPD, 0.2M magnesium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月2日
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 22781 / Num. obs: 22628 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.89
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 4.13 % / R_merge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique all: 1653 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KNB

3knb

解像度: 2.05→48.722 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2153	1057	4.68 %	random
R_work	0.189	-	-	-
all	0.19	22628	-	-
obs	0.1903	22602	99.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.796 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.1819 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.1819 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.3638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.722 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	20	152	1658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1543
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	2104
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.199	554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	274

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.05-2.1433	0.2862	105	0.2505	2621	98
2.1433-2.2563	0.2709	157	0.22	2602	99
2.2563-2.3977	0.2752	106	0.2105	2692	100
2.3977-2.5828	0.2366	159	0.2147	2634	99
2.5828-2.8427	0.1997	106	0.1987	2701	100
2.8427-3.254	0.21	159	0.1801	2679	100
3.254-4.0993	0.2038	106	0.1681	2764	100
4.0993-48.736	0.1967	159	0.1809	2852	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5837	0.4187	-0.6415	1.613	-0.3464	1.5266	-0.1289	-0.2831	-0.012	0.4542	0.1688	-0.1416	-0.0989	0.2053	-0.0476	0.2644	0.0506	0.0054	0.2907	0.0109	0.237	22.8908	-35.2547	33.0176
2	3.5894	5.032	0.7674	8.2124	0.6029	1.7364	-0.3745	-0.0876	1.0883	0.4977	0.3451	1.5947	-0.1636	-0.4482	-0.0163	0.1823	0.1217	0.1142	0.4489	0.1059	0.5305	12.8156	-34.563	33.1367
3	0.3798	0.091	1.0345	0.7913	0.2678	2.9019	-0.0607	-0.1376	-0.0214	0.2636	0.2603	0.0157	0.3467	-0.116	-0.1527	0.2704	0.0942	0.0599	0.2938	0.0174	0.2287	21.2597	-41.3756	33.2168
4	2.7561	0.2961	-2.0762	8.3616	-2.8379	6.2657	-0.3206	0.2788	-0.3568	-1.6906	0.2063	-0.2029	0.9036	0.376	0.19	0.3423	0.0152	0.0985	0.3295	0.0142	0.2839	30.2692	-40.8784	7.9936
5	1.8495	0.4931	1.0465	0.5031	0.6029	3.3289	-0.1857	0.0907	0.0938	-0.5196	0.0632	0.2377	-0.3315	-0.2958	0.1757	0.324	0.0108	-0.0641	0.2277	0.0061	0.262	20.288	-31.547	7.7544
6	0.5269	0.1708	-0.176	1.1006	1.2967	2.8489	-0.0479	0.0096	0.1059	-0.3933	0.0048	-0.0731	-0.4781	0.4343	-0.0222	0.3071	-0.0623	-0.0419	0.2439	0.0102	0.3054	28.2193	-29.3953	10.1523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:48)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 49:61)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 62:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 1:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 17:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 71:100)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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