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- PDB-6c62: An unexpected vestigial protein complex reveals the evolutionary ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c62
タイトルAn unexpected vestigial protein complex reveals the evolutionary origins of an s-triazine catabolic enzyme.
要素
  • AtzG
  • Biuret hydrolase
キーワードHYDROLASE / AtzE / biuret hydrolase / atrazine / cyanuric acid / Ser-cisSer-Lys hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-carboxybiuret hydrolase / biuret amidohydrolase activity / atrazine catabolic process
類似検索 - 分子機能
1-carboxybiuret hydrolase, AtzE subunit / 1-carboxybiuret hydrolase subunit AtzG-like / 1-carboxybiuret hydrolase subunit AtzG-like / Amidase / Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-carboxybiuret hydrolase subunit AtzG / 1-carboxybiuret hydrolase subunit AtzE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Peat, T.S. / Esquirol, L. / Wilding, M. / Liu, J.W. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Hideki, O. / Easton, C.J. / Newman, J. / Scott, C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: An unexpected vestigial protein complex reveals the evolutionary origins of ans-triazine catabolic enzyme.
著者: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Liu, J.W. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Onagi, H. / Nebl, T. / Easton, C.J. / Newman, J. / Scott, C.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.src_method
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biuret hydrolase
B: Biuret hydrolase
C: AtzG
D: AtzG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3007
ポリマ－111,2274
非ポリマー733
水13,079726
1
A: Biuret hydrolase
D: AtzG
ヘテロ分子

B: Biuret hydrolase
C: AtzG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3007
ポリマ－111,2274
非ポリマー733
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area34520 Å2
手法PISA
2
A: Biuret hydrolase
D: AtzG
ヘテロ分子

A: Biuret hydrolase
D: AtzG
ヘテロ分子

B: Biuret hydrolase
C: AtzG
ヘテロ分子

B: Biuret hydrolase
C: AtzG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,59914
ポリマ－222,4538
非ポリマー1466
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area26980 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area67430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.489, 89.040, 141.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-222-

HOH

21D-258-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSAA1 - 4571 - 457
21CYSCYSBB1 - 4571 - 457
12GLUGLUCC1 - 661 - 66
22GLUGLUDD1 - 661 - 66

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Biuret hydrolase


分子量: 48184.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas sp. (strain ADP) (バクテリア)
Variant: atzE / 株: ADP / 参照: UniProt: Q936X3, biuret amidohydrolase
#2: タンパク質 AtzG


分子量: 7428.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas sp. (strain ADP) (バクテリア)
株: ADP / 参照: UniProt: A0A384E126*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM bis-tris at pH 6.0, 276 mM MgCl2, 17.6 (w/v) PEG 8000 in the reservoir with protein at 1.1 mg/mL with 0.05% agarose gel in 250 plus 250 nL drops at 8 C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→69.3 Å / Num. obs: 70426 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.545 / Num. unique obs: 4504 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ip4 and 3dha

3ip4

3dha


解像度: 1.95→69.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.642 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19066 3434 4.9 %RANDOM
Rwork0.15294 ---
obs0.15478 66810 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å2-0 Å2-1.11 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→69.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7780 0 3 726 8509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0198123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.97111106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.031317755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95651077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04622.298322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.496151223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3051582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4941.5644269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4931.5644268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2372.3345359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2372.3355360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5411.8743854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.541.8733852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8932.6935747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.22330.11734807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.14429.88134218
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A292840.07
12B292840.07
21C35920.11
22D35920.11
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 264 -
Rwork0.222 4888 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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