PDB-6c5w: Crystal structure of the mitochondrial calcium uniporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c5w

タイトル

Crystal structure of the mitochondrial calcium uniporter

要素

calcium uniporter
nanobody

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

uniporter activity / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium channel activity / mitochondrial inner membrane / identical protein binding / Calcium uniporter protein

機能・相同性情報

生物種

Metarhizium acridum (菌類)
unknown (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.10010233314 Å

データ登録者

Fan, C. / Fan, M. / Fastman, N. / Zhang, J. / Feng, L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: X-ray and cryo-EM structures of the mitochondrial calcium uniporter.
著者: Chao Fan / Minrui Fan / Benjamin J Orlando / Nathan M Fastman / Jinru Zhang / Yan Xu / Melissa G Chambers / Xiaofang Xu / Kay Perry / Maofu Liao / Liang Feng /

要旨: Mitochondrial calcium uptake is critical for regulating ATP production, intracellular calcium signalling, and cell death. This uptake is mediated by a highly selective calcium channel called the ...

履歴

登録	2018年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年10月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.4	2019年4月24日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c5w.cif.gz	350.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c5w.ent.gz	247.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6c5w_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c5w_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
XML形式データ	6c5w_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	6c5w_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7800C 7801C 7802C 7803C 7804C 6c5rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4aur-d 4nsw-d 1q9w-d 3mx0-2 4zxs-d 1zw0-8 3fl7-d 3mx0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: calcium uniporter

B: calcium uniporter

C: nanobody

E: nanobody

ヘテロ分子

96.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: calcium uniporter

E: nanobody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: calcium uniporter

C: nanobody

登録者が定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.020, 290.450, 126.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- CA

#1: タンパク質	calcium uniporter 分子量: 35555.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Metarhizium acridum (strain CQMa 102) (菌類) 株: CQMa 102 / 遺伝子: MAC_01752 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: E9DVV4
#2: 抗体	nanobody 分子量: 12691.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unknown (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% PEG 2050, 200 mM (NH4)2SO4, and 100 mM Na-cacodylate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→45.3035787427 Å / Num. obs: 30575 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 56.2225799317 Å² / R_rim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 3.05→3.16 Å / Num. unique obs: 3009 / CC_1/2: 0.603

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.refine	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.10010233314→45.3035787427 Å / SU ML: 0.363370378341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35849684192 / 位相誤差: 34.0190314619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29944639389	1218	5.18033344675 %
R_work	0.25595945925	22294	-
obs	0.2582532316	23512	78.8596344122 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.7091954344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.10010233314→45.3035787427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5740	0	1	0	5741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00205483617178	5886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531781319808	7983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0389492552152	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039420977798	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.89672564044	3928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.2242	0.251242745542	47	0.262970465543	720	X-RAY DIFFRACTION	23.6363636364
3.2242-3.3709	0.308693766566	79	0.294641222669	1366	X-RAY DIFFRACTION	44.162591687
3.3709-3.5485	0.318001681132	93	0.288235234205	1967	X-RAY DIFFRACTION	63.1514408338
3.5485-3.7708	0.326217628909	127	0.2750157303	2498	X-RAY DIFFRACTION	80.2261613692
3.7708-4.0617	0.331821186825	163	0.256137774175	3021	X-RAY DIFFRACTION	96.8369829684
4.0617-4.4702	0.291769008929	165	0.218644547604	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4702-5.1162	0.230091739451	183	0.210294627341	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1162-6.443	0.313256468016	174	0.263334685557	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
6.443-45.3084	0.318111050012	187	0.285030595476	3273	X-RAY DIFFRACTION	98.9702517162

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.59920949715	0.48095111325	0.0384008293024	3.46392564623	0.25363705548	2.04742863727	0.114722766186	-0.0201103999919	-0.0284791622546	-0.522648269601	-0.100379366843	0.334468811658	0.133220359356	-0.182191069968	-0.0216556210093	0.169063000092	0.0599837192298	-0.0249114110994	0.187920408722	-0.038836412173	-0.0204002927313	-54.5305420545	-1.17778028468	13.3846748458
2	0.383002357785	-0.429956952833	0.572917769443	0.512643242504	-0.625438533194	0.842605538462	0.210872144122	0.32966169584	0.795973451674	-0.277262541105	-0.0597410582632	-0.390575366946	-0.472839871145	-0.590187723461	-0.108601860871	0.484014811186	0.279648764966	0.421180845281	0.630854658082	0.333350726786	0.802115901545	-40.9973819077	-76.3263756768	14.7772480328
3	2.51835144507	-1.20978230293	1.24266863632	1.6259713642	0.417115625392	1.55134432833	-0.235980775066	0.663290254989	0.406104718977	-0.177202275555	-0.701228464766	-0.77477595645	-0.305327950882	-0.0200569272029	0.0398288668212	0.215413541459	0.0843798041829	0.348510746457	0.560689479145	0.0101108124384	0.534238127326	-33.2643041523	-55.7791750768	18.3542644772
4	2.21917582308	0.572841410055	-0.744854880493	3.16029414458	-0.354400367159	1.31299635534	0.0241102292812	0.388134727665	0.214184704761	-0.48017493894	0.0583370436916	-0.0663527418703	-0.0471609998372	0.0892907474579	-0.0883686680796	-0.0645037956885	-0.0138046076642	0.251558996799	0.39558214426	0.0544702003264	-0.0139013621649	-30.9913018318	1.88242025945	22.3265074896
5	0.0320152105061	0.447523194394	-0.247542952172	2.63019711678	-1.00441799581	0.143553059256	-0.168868291816	0.213374262123	0.0307131269389	0.560075570155	0.131492389139	-0.049001321478	-0.29360148687	0.0568341005262	-0.206616023999	0.214511665685	0.149298091071	0.222515509046	0.341247213561	-0.181850873439	0.710424467366	-28.8397968755	-53.2622743492	33.8067233582
6	2.06384134548	0.0882212880432	-0.343594094126	4.17612229336	1.03727358777	1.30429513355	0.103338269048	-0.217981247478	0.424436686312	0.0773633349037	-0.0400000257103	0.474249964203	-0.153858686792	-0.143995082759	-0.0325980001987	0.0967363149089	-0.0363283414735	0.0652107201442	0.282567411297	-0.0314590383174	0.491660710019	-22.0539523235	-112.928350004	21.670444925
7	3.87025050741	3.96686652332	1.20959202596	7.87684747462	1.83092615071	1.70780215643	-0.368607752673	0.770909109888	-1.18211451404	-0.869796544972	0.129109151841	0.154176537273	1.39478266423	-0.942466579867	0.267829175831	1.34469237904	-0.221436971471	-0.064154617548	0.949085045012	-0.368212864904	1.16308869586	-53.9218069693	-112.349385218	8.39499013903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 100 through 288 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 289 through 337 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 338 through 398 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 101 through 255 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 256 through 400 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 2 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 2 through 118 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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