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- PDB-6c5f: Human D-Dopachrome tautomerase (D-DT)/ macrophage migration inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c5f
タイトルHuman D-Dopachrome tautomerase (D-DT)/ macrophage migration inhibitory factor 2 (MIF2) complexed with the selective inhibitor 4-CPPC
要素D-dopachrome decarboxylase
キーワードCYTOKINE / selective inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / melanin biosynthetic process / cytokine receptor binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(3-carboxyphenyl)pyridine-2,5-dicarboxylic acid / D-dopachrome decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pantouris, G. / Lolis, E.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Plasticity in the C-Terminal Region of Macrophage Migration Inhibitory Factor-2 Is Associated with an Induced Fit Mechanism for a Selective Inhibitor.
著者: Pantouris, G. / Bucala, R. / Lolis, E.J.
履歴
登録2018年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0684
ポリマ－37,7813
非ポリマー2871
水7,206400
1
A: D-dopachrome decarboxylase

A: D-dopachrome decarboxylase

A: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
2
B: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子

B: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子

B: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6426
ポリマ－37,7813
非ポリマー8623
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
3
C: D-dopachrome decarboxylase

C: D-dopachrome decarboxylase

C: D-dopachrome decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7813
ポリマ－37,7813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.936, 83.936, 40.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 1121 - 112
21THRTHRBB1 - 1121 - 112
12LEULEUAA1 - 1171 - 117
22LEULEUCC1 - 1171 - 117
13THRTHRBB1 - 1121 - 112
23THRTHRCC1 - 1121 - 112

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase II


分子量: 12593.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30046, D-dopachrome decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-7L9 / 4-(3-carboxyphenyl)pyridine-2,5-dicarboxylic acid


分子量: 287.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 28% - 34% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.8, 0.2 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 63056 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 2.697 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.4-1.425.20.14731680.9830.0710.1641.518
1.42-1.455.40.14231710.3870.070.1591.796
1.45-1.485.60.12131310.9890.0560.1331.774
1.48-1.515.80.11131210.9910.050.1221.739
1.51-1.5460.10131510.9930.0450.111.984
1.54-1.586.20.08131810.9950.0350.0891.695
1.58-1.626.40.07631520.9960.0330.0831.812
1.62-1.666.60.0731350.9970.0290.0761.905
1.66-1.716.90.06631490.9970.0270.0711.998
1.71-1.767.20.0631770.9980.0240.0652.052
1.76-1.837.50.05531570.9980.0220.0592.164
1.83-1.97.80.05331300.9980.020.0562.612
1.9-1.998.20.04731600.9990.0180.052.655
1.99-2.098.60.04731480.9990.0170.053.086
2.09-2.2290.04131610.9990.0140.0432.922
2.22-2.399.40.04131550.9990.0140.0443.184
2.39-2.63100.03531320.9990.0120.0372.782
2.63-3.0210.40.03431730.9990.0110.0352.988
3.02-3.810.40.03531400.9990.0110.0374.049
3.8-5014.60.03831640.9990.010.0394.395

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DPT

1dpt


解像度: 1.4→41.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.431 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1567 3045 4.8 %RANDOM
Rwork0.1177 ---
obs0.1195 60002 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.38 Å2 / Biso mean: 15.075 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→41.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2572 0 21 404 2997
Biso mean--16.83 29.74 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0192667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.9823628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9613.0015836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6925350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26223.43499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.53215424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3181518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02537
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.47235191
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.3925267
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.75155275
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A65340.07
12B65340.07
21A70020.07
22C70020.07
31B65700.08
32C65700.08
LS精密化 シェル解像度: 1.398→1.434 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 228 -
Rwork0.107 4391 -
all-4619 -
obs--98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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