PDB-6c52: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c52

タイトル

Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

要素

Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Protein Design / Cross-alpha Amyloid

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Liu, L. / Zhang, S.Q.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures.
著者: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2018年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c52.cif.gz	59.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c52.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c52_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c52_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	6c52_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	6c52_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c4xC 6c4yC 6c4zC 6c50C 6c51C 6d02C 6o3nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u7j-d 2kik-d 5j0c-2 5wlk-1 6dg6-5 6frf-4 4xcr-1 3w56-d 5j07-1 1hy5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

B: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

C: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

D: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet

ヘテロ分子

12.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.450, 75.570, 27.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-127- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet 分子量: 3124.575 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Na formate, 0.1 M Na acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11584 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11584 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→76 Å / Num. obs: 25538 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2532 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→40.185 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	681	4.97 %
R_work	0.1919	-	-
obs	0.1935	13712	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	884	0	12	81	977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.887	1316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.767	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	122
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	177

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.7236	0.2766	133	0.2126	2520	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7236-1.897	0.2378	121	0.2065	2558	X-RAY DIFFRACTION	98
1.897-2.1715	0.2273	133	0.1881	2573	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1715-2.7358	0.2274	125	0.1822	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7358-40.1978	0.2075	169	0.1917	2754	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9767	-1.2822	1.0856	2.0209	-0.3811	4.4251	0.1206	0.6267	0.5678	-0.3311	-0.25	0.0112	-0.4931	-0.1995	0.19	0.2321	0.0022	-0.1313	0.2505	0.1734	0.4651	32.0648	73.4554	3.7741
2	6.6466	-0.7876	-3.3914	2.7461	2.9037	4.1494	0.1073	0.444	0.3167	-0.4559	0.0312	0.7348	-0.4839	-0.7138	-0.0462	0.1885	-0.0005	-0.0655	0.1556	0.051	0.2114	31.9241	66.1399	5.8813
3	4.739	1.277	-0.8178	3.1871	-1.3986	4.1371	-0.005	-0.0352	0.1357	-0.1899	0.098	1.0621	-0.0429	-1.0125	-0.1133	0.1142	-0.0098	-0.0404	0.2269	0.0341	0.2594	29.5007	58.5175	7.3311
4	4.0813	3.7361	1.1315	5.3675	1.0836	4.1335	-0.2394	0.2487	0.244	-0.0514	0.1614	0.9031	-0.0445	-0.5932	-0.0965	0.1186	-0.039	0.06	0.1743	0.0373	0.177	30.0831	51.589	8.243
5	9.8146	-3.9892	-1.2204	6.9435	3.3739	9.2132	0.0336	0.3266	0.0541	-0.571	-0.0069	-0.2141	-0.1769	0.0405	-0.0564	0.1492	-0.036	0.0625	0.1299	0.0136	0.1062	30.1095	44.7163	10.7863
6	4.3218	0.0645	2.511	1.9445	-0.9535	6.1715	0.14	0.4794	-0.625	-0.5342	-0.1366	0.1258	0.3742	-0.3533	-0.0029	0.2711	-0.0895	0.0361	0.2548	-0.1234	0.166	36.2076	50.6074	1.4424
7	0.4413	0.2109	-0.3092	0.4493	1.1223	4.8796	-0.099	0.2114	-0.0544	-0.3177	0.0344	-0.0033	0.0959	-0.0211	-0.1503	0.2405	-0.0939	0.0239	0.244	-0.0517	0.0143	38.2646	57.4536	2.4749
8	7.5635	-2.6938	0.9724	5.9624	4.638	8.2664	-0.0278	0.7057	-0.2419	-0.6745	0.0962	-0.1026	0.326	0.4271	-0.1419	0.271	-0.0719	-0.001	0.2471	-0.0248	0.0567	41.165	64.9163	2.6715
9	5.6335	1.8609	3.0544	6.8215	1.9851	4.5744	0.0185	0.7527	-0.0705	-0.6946	0.0113	0.4561	0.1961	-0.2183	0.1652	0.1346	-0.0461	-0.0348	0.1981	0.0082	0.0972	41.1746	72.3159	3.6023
10	5.0365	-1.3731	4.3699	1.5	-2.6784	7.6439	0.0927	-0.0212	0.0048	-0.5683	0.1662	0.2611	0.2885	0.0618	-0.2236	0.1245	-0.0271	-0.0267	0.1473	0.0271	0.1052	42.8799	79.2281	5.7097
11	4.4126	-0.9046	-0.4031	8.463	5.4199	4.4094	-0.0507	-0.2001	0.0326	0.4753	0.1899	-0.076	0.0749	0.0813	-0.1154	0.0783	0.0228	0.0032	0.1332	0.0261	0.071	42.9104	72.9169	14.246
12	2.7263	-0.5288	1.4141	4.3363	2.801	2.969	-0.1094	-0.3434	-0.1905	0.6209	0.2768	-0.4938	0.1314	0.217	-0.1532	0.1675	-0.0034	-0.0703	0.1558	0.0276	0.1581	44.5127	64.5621	14.0874
13	3.0565	-1.7459	-1.531	1.3291	-0.5497	6.9165	-0.1132	0.2895	-0.2631	-0.1094	-0.0684	-0.9674	-0.1418	0.8913	0.0178	0.1044	-0.0251	0.0348	0.2237	-0.0328	0.3679	45.5529	54.699	10.7253
14	0.0812	-0.4175	0.7598	2.1509	-3.9156	7.1299	0.0495	0.4693	-1.6264	-0.3858	0.3247	-0.8219	1.2871	0.7451	-0.2865	0.4326	-0.0017	0.0962	0.4248	-0.2202	1.0249	44.8011	45.9179	7.9815
15	8.3087	0.3328	4.6785	2.2168	0.2995	3.4379	0.1195	-0.3796	-0.1608	0.9522	0.0882	-0.0445	-0.0898	0.204	-0.1333	0.2248	-0.0336	0.0049	0.1936	0.0144	0.1076	37.6252	50.1483	17.8766
16	2.2503	-0.6082	0.9164	0.259	0.1552	2.0964	0.0634	-0.5357	-0.0369	0.4147	-0.0024	0.0938	-0.0218	-0.4543	0.0494	0.3167	0.0133	0.0871	0.2291	0.039	0.0479	36.2293	56.489	17.5562
17	2.4142	0.3322	-0.4109	2.1268	1.6295	3.0887	0.0771	-0.2332	0.1543	0.4893	0.0782	0.5218	0.0987	-0.5851	-0.2349	0.2445	0.0237	0.2024	0.2234	0.0954	0.2146	33.8196	62.7486	15.5354
18	2.5533	0.0421	-0.8335	0.3731	-0.3431	2.4854	-0.0385	-0.2763	-0.2073	0.1274	0.0286	0.2654	0.1019	-0.2866	0.0664	0.1693	0.0291	0.1751	0.2444	0.1298	0.4921	32.6363	70.8132	16.5378
19	0.2543	-0.6121	-0.8741	2.6136	3.6908	5.2136	-0.3406	-0.4726	-0.8943	0.2651	-0.0493	1.1173	0.371	-0.4762	0.3098	0.2441	0.0318	0.0929	0.257	0.0973	0.7104	30.5736	78.3978	13.9465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:5)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 6:10)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 11:15)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 16:20)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 21:26)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 0:5)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 6:10)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 11:15)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 16:20)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 21:26)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 0:7)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 8:12)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 13:20)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 21:26)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 0:5)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 6:9)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 10:14)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 15:20)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 21:26)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)