+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c52 | ||||||
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Title | Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet | ||||||
Components | Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaTet | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / Protein Design / Cross-alpha Amyloid | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Liu, L. / Zhang, S.Q. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures. Authors: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c52.cif.gz | 59.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c52.ent.gz | 49.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c52.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c52_validation.pdf.gz | 454.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6c52_full_validation.pdf.gz | 456.1 KB | Display | |
Data in XML | 6c52_validation.xml.gz | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6c52_validation.cif.gz | 10 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c52 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6c4xC 6c4yC 6c4zC 6c50C 6c51C 6d02C 6o3nC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3124.575 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.0 M Na formate, 0.1 M Na acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11584 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11584 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→76 Å / Num. obs: 25538 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.7 % / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2532 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→40.185 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.05
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→40.185 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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