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- PDB-6c4m: Yersinopine dehydrogenase (YpODH) - NADP+ bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4m
タイトルYersinopine dehydrogenase (YpODH) - NADP+ bound
要素Yersinopine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Opine Dehydrogenase Metallophore Siderophore / Yersinopine Pseudopaline Staphylopine
機能・相同性酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / Opine metallophore dehydrogenase / Staphylopine dehydrogenase / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Yersinopine synthase
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者McFarlane, J.S. / Davis, C.L. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1403293 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103418 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Staphylopine, pseudopaline, and yersinopine dehydrogenases: A structural and kinetic analysis of a new functional class of opine dehydrogenase.
著者: McFarlane, J.S. / Davis, C.L. / Lamb, A.L.
履歴
登録2018年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Yersinopine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8582
ポリマ－53,1151
非ポリマー7431
水2,540141
1
C: Yersinopine dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Yersinopine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7174
ポリマ－106,2302
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.389, 125.669, 88.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Yersinopine dehydrogenase / Uncharacterized protein


分子量: 53115.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: y2835, YP_1249 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CKU7
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.7 M sodium formate pH 6.0, 1.8% ethyl acetate aided by microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→38.73 Å / Num. obs: 40471 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.94→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.688 / Num. unique obs: 2598

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→38.73 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 1996 4.95 %
Rwork0.1895 --
obs0.1915 40337 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→38.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 48 141 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0764676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5322039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.938-1.98640.35471350.3652591X-RAY DIFFRACTION95
1.9864-2.04010.35281390.31552705X-RAY DIFFRACTION99
2.0401-2.10020.29051420.28742739X-RAY DIFFRACTION99
2.1002-2.16790.31741400.25212702X-RAY DIFFRACTION99
2.1679-2.24540.23551440.22832728X-RAY DIFFRACTION99
2.2454-2.33530.26531410.20882724X-RAY DIFFRACTION99
2.3353-2.44160.25041420.19582708X-RAY DIFFRACTION99
2.4416-2.57030.23441420.19162723X-RAY DIFFRACTION99
2.5703-2.73130.25321440.18582759X-RAY DIFFRACTION100
2.7313-2.94210.26751430.19862748X-RAY DIFFRACTION100
2.9421-3.2380.23051430.18142741X-RAY DIFFRACTION99
3.238-3.70630.20591450.16662788X-RAY DIFFRACTION100
3.7063-4.66820.18571460.14572800X-RAY DIFFRACTION99
4.6682-38.74270.20411500.17852885X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2324 Å / Origin y: 26.5329 Å / Origin z: 35.0729 Å
111213212223313233
T0.279 Å2-0.0147 Å20.0031 Å2-0.2562 Å20.0019 Å2--0.2639 Å2
L0.6026 °2-0.2178 °20.1207 °2-0.231 °2-0.0277 °2--0.1817 °2
S-0.0445 Å °0.1336 Å °-0.0431 Å °-0.0342 Å °0.0048 Å °0.0054 Å °0.0304 Å °0.0207 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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