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- PDB-6c4g: Plasmepsin V from Plasmodium vivax bound to a transition state mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4g
タイトルPlasmepsin V from Plasmodium vivax bound to a transition state mimetic (WEHI-601)
要素Aspartic protease PM5
キーワードHYDROLASE / Malaria / protease / inhibitor / plasmepsin
機能・相同性
機能・相同性情報


endomembrane system / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmepsin 5 / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WEHI-601 / Chem-EQG / Aspartic protease PM5
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Hodder, A.N. / Nguyen, W. / Sleebs, B.E. / Boddey, J.A. / Cowman, A.F.
資金援助 オーストラリア, 6件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113712 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)121178 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1117288 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1092789 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079700 オーストラリア
CASS Foundation Science and Medicine GrantSM/15/6430 オーストラリア
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Enhanced antimalarial activity of plasmepsin V inhibitors by modification of the P2position of PEXEL peptidomimetics.
著者: Nguyen, W. / Hodder, A.N. / de Lezongard, R.B. / Czabotar, P.E. / Jarman, K.E. / O'Neill, M.T. / Thompson, J.K. / Jousset Sabroux, H. / Cowman, A.F. / Boddey, J.A. / Sleebs, B.E.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_molecule.asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartic protease PM5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0626
ポリマ－50,5821
非ポリマー1,4805
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.541, 91.192, 176.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aspartic protease PM5 / Plasmepsin V


分子量: 50582.363 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-476 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6PRR9

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-EQG / benzyl [(6S,7S,10S,13S,18Z)-18-amino-10-cyclohexyl-6-hydroxy-18-imino-7-(2-methylpropyl)-4,9,12-trioxo-1-phenyl-16-oxa-3,8,11,17-tetraazaoctadecan-13-yl]carbamate


タイプ: Peptide-like / 分子量: 709.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H55N7O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: WEHI-601
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris chloride, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→48.996 Å / Num. obs: 19919 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.301 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.171 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.39-2.5313.411.6561.4430460.5641.72196.5
2.53-2.7113.4461.1072.3130130.7691.151100
2.71-2.9313.0260.73.7428030.8980.729100
2.93-3.213.9660.3817.225790.9710.395100
3.2-3.5813.5410.19313.9723410.9920.201100
3.58-4.1312.7360.11122.7220970.9970.116100
4.13-5.0513.4130.07334.3417870.9980.076100
5.05-7.113.250.08529.3314090.9980.088100
7.1-48.99611.8530.04941.558440.9990.05299.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å49 Å
Translation3.2 Å49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZL4

4zl4


解像度: 2.39→48.996 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1990 10.01 %
Rwork0.188 --
obs0.1931 19890 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.71 Å2 / Biso mean: 50.4578 Å2 / Biso min: 29.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→48.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 168 27 3379
Biso mean--59.45 44.84 -
残基数----394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0154552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0642003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3903-2.45010.34841270.27421131125891
2.4501-2.51640.31051400.254112701410100
2.5164-2.59040.34031420.256312741416100
2.5904-2.6740.35391400.242412641404100
2.674-2.76960.33611420.241512761418100
2.7696-2.88040.27891420.231812781420100
2.8804-3.01150.28031400.222312541394100
3.0115-3.17030.32871410.207912741415100
3.1703-3.36880.25541440.219612871431100
3.3688-3.62890.24171430.184112941437100
3.6289-3.99390.20861440.165412921436100
3.9939-4.57150.19331450.138913121457100
4.5715-5.75820.171450.154813031448100
5.7582-49.00630.22841550.185913911546100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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