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- PDB-6c45: Crystal structure of human inorganic pyrophosphatase in the P2121... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c45
タイトルCrystal structure of human inorganic pyrophosphatase in the P212121 space group
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / inorganic pyrophosphatase (PPase) family / hydrolysis of pyrophosphate to inorganic phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / Cytosolic tRNA aminoacylation / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.388 Å
データ登録者Niu, H. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM116062-01 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Expression, purification and crystallization of the human protein PPA1
著者: Niu, H. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8204
ポリマ－130,8204
非ポリマー00
水9,476526
1
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4102
ポリマ－65,4102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
2
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4102
ポリマ－65,4102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.250, 136.940, 216.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 32705.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPA1, IOPPP, PP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15181, inorganic diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 7.5, 200 mM potassium bromide, 10% v/v glycerol
PH範囲: 7.0-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0,987
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月22日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
101
29871
反射解像度: 2.388→84.931 Å / Num. all: 60497 / Num. obs: 60497 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 39.18 Å2 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.136 / Rsym value: 0.119 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 269611
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.39-2.524.10.68713587386870.4010.8010.6872.299.5
2.52-2.674.60.4811.53756682340.2660.5520.4813.2100
2.67-2.854.60.3082.33524777440.1690.3530.3084.5100
2.85-3.084.60.2093.53319372600.1140.240.2096.3100
3.08-3.384.50.1444.63057067260.0760.1640.1449.1100
3.38-3.784.50.16.42755760930.0530.1140.111.8100
3.78-4.364.50.0768.12439954080.0390.0860.07614.2100
4.36-5.344.50.07972058946070.0410.0890.07915.499.9
5.34-7.554.40.06591596136290.0340.0740.06515.299.7
7.55-84.9314.10.0568.1865621090.0310.0650.05616.198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.388→65.28 Å / FOM work R set: 0.8126 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 1998 3.31 %
Rwork0.193 58336 -
obs0.195 60334 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.39 Å2 / Biso mean: 25.02 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.388→65.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9031 0 0 526 9557
Biso mean---24.28 -
残基数----1135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24812611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0933424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.388-2.44770.31411370.26814016415399
2.4477-2.51390.33951430.256541774320100
2.5139-2.58790.3141400.248640554195100
2.5879-2.67140.29971420.240841564298100
2.6714-2.76690.33071400.242640924232100
2.7669-2.87770.32621410.23741224263100
2.8777-3.00860.31311430.230841424285100
3.0086-3.16730.26991420.215841684310100
3.1673-3.36570.27561430.207841644307100
3.3657-3.62550.26381440.190741704314100
3.6255-3.99030.23561420.177241664308100
3.9903-4.56760.19831460.15142474393100
4.5676-5.75420.19121450.150342264371100
5.7542-65.30460.20981500.17284435458599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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