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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c3g | ||||||
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タイトル | AMYLOID FORMING PEPTIDE KALGIS FROM TRANSTHYRETIN | ||||||
![]() | LYS-ALA-LEU-GLY-ILE-SER | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid / transthyretin / fibril | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saelices, L. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of amyloidogenic segments of human transthyretin. 著者: Saelices, L. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. #1: ![]() タイトル: Uncovering the Mechanism of Aggregation of Human Transthyretin. 著者: Saelices, L. / Johnson, L.M. / Liang, W.Y. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Ruchala, P. / Whitelegge, J. / Jiang, L. / Riek, R. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 12.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 5.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 10||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 588.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M Citric acid pH 3.5, 2.0 M Ammonium sulfate, 25% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→12.566 Å / Num. obs: 871 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.912 % / Biso Wilson estimate: 9.92 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 5.72 / Num. measured all: 2536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 32.44 Å2 / Biso mean: 14.45 Å2 / Biso min: 5.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.601→12.566 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6005→1.659 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
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