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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c3f | ||||||
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タイトル | AMYLOID FORMING PEPTIDE IYKVEI FROM TRANSTHYRETIN | ||||||
![]() | ILE-TYR-LYS-VAL-GLU-ILE | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid / transthyretin / fibril | ||||||
機能・相同性 | trifluoroacetic acid![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saelices, L. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of amyloidogenic segments of human transthyretin. 著者: Saelices, L. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. #1: ![]() タイトル: Uncovering the Mechanism of Aggregation of Human Transthyretin. 著者: Saelices, L. / Johnson, L.M. / Liang, W.Y. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Ruchala, P. / Whitelegge, J. / Jiang, L. / Riek, R. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 12.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 6.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 10||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 764.929 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TFA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M NaCl, 10 % v/v ethanol, 25% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.499→15.952 Å / Num. obs: 1413 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.735 % / Biso Wilson estimate: 5.02 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 5.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 17.89 Å2 / Biso mean: 8.12 Å2 / Biso min: 2.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.499→15.952 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4991→1.553 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
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