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- PDB-6c2c: The molecular basis for the functional evolution of an organophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c2c
タイトルThe molecular basis for the functional evolution of an organophosphate hydrolysing enzyme
要素dihydrocoumarin hydrolase, AncDHCH1
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / Directed evolution / methyl-parathion hydrolase (MPH) / a xenobiotic degrading enzyme
機能・相同性Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.597 Å
データ登録者Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Tokuriki, N. / Baier, F. / Yang, G.
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Higher-order epistasis shapes the fitness landscape of a xenobiotic-degrading enzyme.
著者: Yang, G. / Anderson, D.W. / Baier, F. / Dohmen, E. / Hong, N. / Carr, P.D. / Kamerlin, S.C.L. / Jackson, C.J. / Bornberg-Bauer, E. / Tokuriki, N.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Higher-order epistatic networks underlie the evolutionary fitness landscape of a xenobiotic-degrading enzyme
著者: Baier, F. / Hong, N.-S. / Yang, G. / Carr, P.D. / Jackson, C. / Tokuriki, N. / Anderson, D. / Dohman, E. / Pabis, A. / Bornberg-Bauer, E. / Kamerlin, C.L.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydrocoumarin hydrolase, AncDHCH1
B: dihydrocoumarin hydrolase, AncDHCH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,55810
ポリマ－63,0352
非ポリマー5228
水9,782543
1
A: dihydrocoumarin hydrolase, AncDHCH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7795
ポリマ－31,5181
非ポリマー2614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: dihydrocoumarin hydrolase, AncDHCH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7795
ポリマ－31,5181
非ポリマー2614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.600, 88.150, 119.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 dihydrocoumarin hydrolase, AncDHCH1


分子量: 31517.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium acetate terahydrate, 20% PEG 3350, 10 mM Tris/HCl at pH 7.5, 50 mM NaCl and 0.1 mM ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Xenocs GeniX 3D Cu HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→26.38 Å / Num. obs: 78579 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0246 / Rrim(I) all: 0.0348 / Net I/σ(I): 15.32
反射 シェル解像度: 1.597→1.654 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1255 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / Num. unique obs: 7219 / CC1/2: 0.949 / Rrim(I) all: 0.1774 / % possible all: 89.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.597→26.38 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 3965 5.05 %
Rwork0.1731 --
obs0.1746 78555 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.597→26.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4444 0 20 543 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4486333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5031686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01837
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.597-1.61650.26341480.20522416X-RAY DIFFRACTION90
1.6165-1.63690.2121140.19282466X-RAY DIFFRACTION90
1.6369-1.65850.2341390.18562457X-RAY DIFFRACTION90
1.6585-1.68120.23891270.17712467X-RAY DIFFRACTION91
1.6812-1.70520.22981290.18092517X-RAY DIFFRACTION91
1.7052-1.73070.23851550.18562485X-RAY DIFFRACTION91
1.7307-1.75770.25561380.1892509X-RAY DIFFRACTION92
1.7577-1.78650.20921410.1842505X-RAY DIFFRACTION92
1.7865-1.81730.21451480.18022576X-RAY DIFFRACTION94
1.8173-1.85030.22181250.17932623X-RAY DIFFRACTION95
1.8503-1.88590.23511300.17982594X-RAY DIFFRACTION95
1.8859-1.92440.20211240.18322670X-RAY DIFFRACTION96
1.9244-1.96620.23111360.17632646X-RAY DIFFRACTION97
1.9662-2.0120.27171400.18522721X-RAY DIFFRACTION98
2.012-2.06230.20991530.18692714X-RAY DIFFRACTION98
2.0623-2.1180.20711260.1772687X-RAY DIFFRACTION98
2.118-2.18030.20611440.17842768X-RAY DIFFRACTION99
2.1803-2.25060.18271430.182728X-RAY DIFFRACTION99
2.2506-2.3310.25941440.17432750X-RAY DIFFRACTION99
2.331-2.42430.21461150.17532775X-RAY DIFFRACTION100
2.4243-2.53450.17941530.18382752X-RAY DIFFRACTION100
2.5345-2.6680.22751610.18062764X-RAY DIFFRACTION100
2.668-2.8350.21951500.18222772X-RAY DIFFRACTION100
2.835-3.05360.21931550.18372794X-RAY DIFFRACTION100
3.0536-3.36040.19811670.17932790X-RAY DIFFRACTION100
3.3604-3.84530.191540.16842822X-RAY DIFFRACTION100
3.8453-4.83980.17171470.13952870X-RAY DIFFRACTION100
4.8398-26.38390.1391590.14622952X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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