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Yorodumi- PDB-6c25: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c25 | ||||||
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Title | Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with GDP | ||||||
Components | Adenylosuccinate synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with GDP Authors: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c25.cif.gz | 175.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c25.ent.gz | 134.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c25.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c25_validation.pdf.gz | 770.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c25_full_validation.pdf.gz | 772.7 KB | Display | |
Data in XML | 6c25_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6c25_validation.cif.gz | 26 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/6c25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/6c25 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6bs7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48469.332 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) / Gene: purA / Plasmid: LepnA.00888.a.B1 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8RNM2, adenylosuccinate synthase |
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#2: Chemical | ChemComp-GDP / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-CL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Molecular Dimensions Morpheus screen B4: 12.5% w/V PEG 1000, 12.5% w/V PEG 3350, 12.5% V/V MPD: 30mM of each NaF, NaBr, NaI: 100mM MES/imidazole pH 6.5: LepnA.00888.a.B1.PW38319 at 18.4mg/ml ...Details: Molecular Dimensions Morpheus screen B4: 12.5% w/V PEG 1000, 12.5% w/V PEG 3350, 12.5% V/V MPD: 30mM of each NaF, NaBr, NaI: 100mM MES/imidazole pH 6.5: LepnA.00888.a.B1.PW38319 at 18.4mg/ml + 2mM MgCl2 + 2mM GDP: cryo: direct: tray 297195 b4: puck esb5-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Dec 29, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→40.435 Å / Num. obs: 30104 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.835 % / Biso Wilson estimate: 25.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 16.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: native structure, PDB entry 6bs7 Resolution: 1.9→40.435 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.09
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.93 Å2 / Biso mean: 36.6687 Å2 / Biso min: 10.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→40.435 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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