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- PDB-6bs7: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bs7 | ||||||
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Title | Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 | ||||||
![]() | Adenylosuccinate synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Authors: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 167.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 129.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 420.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 423 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hidS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48469.332 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8RNM2, adenylosuccinate synthase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Micolytic/Anatrace MCSG 1 B5: 200mM MgCl2, 25% PEG 3350, 100mM Tris Base / HCl pH 8.5: LepnA.00888.a.B1.PW38319 at 18.46mg/ml: cryo: 15% EG: tray 295118 B5: puck EMC5-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→31.958 Å / Num. obs: 27874 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.842 % / Biso Wilson estimate: 35.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 21.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3hid via MORDA Resolution: 1.95→31.958 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.17
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.99 Å2 / Biso mean: 50.6482 Å2 / Biso min: 18.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→31.958 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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