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- PDB-6c1u: MBD2 in complex with a deoxy-oligonucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1u
タイトルMBD2 in complex with a deoxy-oligonucleotide
要素
  • (12-mer DNA) x 2
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / MBD / DNA-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / maternal behavior / NuRD complex / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / siRNA binding / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of Wnt signaling pathway ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / maternal behavior / NuRD complex / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / siRNA binding / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / heterochromatin / response to mechanical stimulus / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lei, M. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the ability of MBD domains to bind methyl-CG and TG sites in DNA.
著者: Liu, K. / Xu, C. / Lei, M. / Yang, A. / Loppnau, P. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2
C: 12-mer DNA
D: 12-mer DNA
E: Methyl-CpG-binding domain protein 2
F: Methyl-CpG-binding domain protein 2
G: 12-mer DNA
H: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,84850
ポリマ－49,8488
非ポリマー042
水45025
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2
C: 12-mer DNA
D: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,92428
ポリマ－24,9244
非ポリマー024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Methyl-CpG-binding domain protein 2
F: Methyl-CpG-binding domain protein 2
G: 12-mer DNA
H: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,92422
ポリマ－24,9244
非ポリマー018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.912, 40.015, 105.890
Angle α, β, γ (deg.)84.480, 85.910, 62.770
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 8791.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-RIL / 参照: UniProt: Q9UBB5
#2: DNA鎖 12-mer DNA


分子量: 3759.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 12-mer DNA


分子量: 3582.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 42 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M potassium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→35.49 Å / Num. obs: 33843 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 64867 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.051.70.578284216910.5880.530.7861.163
8.92-35.4920.0237653880.9970.020.03131.993.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: rigid body refinement (refmac5/dimple) of a currently unpublished, isomorphous structure of a similar MBD2-DNA complex against current data.

解像度: 2.3→35.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 17.714 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 808 3.6 %thin resolution shells (sftools)
Rwork0.2316 ---
obs0.2331 21914 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.67 Å2 / Biso mean: 48.293 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å2-0.83 Å20.98 Å2
2--0.87 Å2-0.78 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→35.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 974 42 25 3076
Biso mean--30.47 34.84 -
残基数----322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0173176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.6964484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21935571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6695269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.99221.13979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05315329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8421519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3533.1131084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3523.1111082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.174.6581350
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.266 1698 -
obs--95.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7073-1.1763-0.04853.39791.48227.013-0.0229-0.1635-0.00160.18180.1297-0.2299-0.19740.2914-0.10680.0696-0.08960.01450.1923-0.03910.0478-27.750516.3216-25.6641
23.3243-1.1754-3.82051.45530.26758.01060.14740.5741-0.0071-0.602-0.1880.14940.0964-0.38610.04060.3816-0.0498-0.05110.3122-0.02780.0897-45.15398.4864-55.0331
34.24434.36990.4417.37281.68331.6847-0.07110.01780.2648-0.45890.02210.2951-0.30290.12280.0490.0838-0.04590.00250.0787-0.01740.0274-34.93617.9478-39.8557
43.55723.19040.35368.02370.94491.59170.0356-0.03550.0434-0.2222-0.0817-0.3429-0.10870.06950.04610.0906-0.0430.03090.05790.01860.0673-33.660417.6424-40.7069
53.38641.27710.75752.93331.13237.243-0.09670.2099-0.0518-0.26350.2198-0.12590.11280.2159-0.12320.08570.06310.02180.1716-0.03650.0611-46.284914.3515-5.536
62.47830.88140.72042.33741.50789.43580.1484-0.5573-0.05730.7506-0.1010.0502-0.19830.0976-0.04740.34580.01370.05450.2809-0.0020.162-64.866623.071423.8661
73.2346-4.0727-0.07257.00061.84792.5787-0.1268-0.0039-0.21070.60310.07190.13460.23460.13470.05490.17420.0403-0.02020.05980.05550.0953-53.277312.64268.9417
84.0561-4.0361-0.38278.45431.43422.09530.00960.0448-0.0740.286-0.0322-0.24830.14340.10030.02260.08840.05170.02270.04140.03270.1179-52.00813.01619.7083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A147 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2B148 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5E147 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6F147 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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