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万見
- PDB-6c0y: Lysinoalanine synthase, DurN, from duramycin biosynthesis bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0y
タイトルLysinoalanine synthase, DurN, from duramycin biosynthesis bound to duramycin
要素
  • CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
  • Lysinoalanine synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Lysinoalanine synthase / Michael addition
機能・相同性Protein of unknown function DUF5950 / Protein of unknown function DUF5973 / DurN substrate-assisted peptide maturase / Lantibiotic duramycin B-like / Duramycin / : / Lysinoalanine synthase / Cys-lys-gln-dal-cys-ala-phe-gly-pro-phe-dbb-phe-val-cys-bh2-gly-asn-dbb-lys
機能・相同性情報
生物種Streptomyces cinnamoneus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Substrate-assisted enzymatic formation of lysinoalanine in duramycin.
著者: An, L. / Cogan, D.P. / Navo, C.D. / Jimenez-Oses, G. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年8月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_molecule_features / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年7月10日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysinoalanine synthase
B: Lysinoalanine synthase
C: Lysinoalanine synthase
D: Lysinoalanine synthase
E: Lysinoalanine synthase
F: Lysinoalanine synthase
G: Lysinoalanine synthase
H: Lysinoalanine synthase
O: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
I: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
J: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
K: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
L: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
M: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
N: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
P: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,29624
ポリマ－123,98316
非ポリマー3138
水22,0321223
1
A: Lysinoalanine synthase
E: Lysinoalanine synthase
I: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
M: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0746
ポリマ－30,9964
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
2
B: Lysinoalanine synthase
F: Lysinoalanine synthase
J: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
N: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0746
ポリマ－30,9964
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
3
C: Lysinoalanine synthase
G: Lysinoalanine synthase
O: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
K: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0746
ポリマ－30,9964
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
4
D: Lysinoalanine synthase
H: Lysinoalanine synthase
L: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
P: CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0746
ポリマ－30,9964
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.881, 67.423, 69.122
Angle α, β, γ (deg.)71.51, 76.25, 72.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Lysinoalanine synthase


分子量: 13474.499 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cinnamoneus (バクテリア)
遺伝子: durN / プラスミド: pET28a-MBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3F2YLX1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
CYS-LYS-GLN-DAL-CYS-ALA-PHE-GLY-PRO-PHE-DBB-PHE-VAL-CYS-BH2-GLY-ASN-DBB-LYS


タイプ: Cyclic peptide / クラス: Lantibiotic / 分子量: 2023.358 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces cinnamoneus (バクテリア) / 参照: Duramycin, UniProt: A0A3F2YLX2*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 22.5% PEG 3350, 0.1 M MES pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.658→64.72 Å / Num. obs: 109913 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.658→1.687 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5529 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.387 / Rrim(I) all: 0.823 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C0H

6c0h


解像度: 1.66→64.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.822 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24231 5255 4.8 %RANDOM
Rwork0.18437 ---
obs0.18719 104658 95.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0.04 Å2-0.45 Å2
2---1.14 Å20.61 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.66→64.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 8 1223 9031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0198058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1192.00210872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.315318213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0435981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04724.65329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.559151423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2911552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0271.924033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0261.9194032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.852.8554975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.852.8554976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9462.2834025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9462.2844025
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4883.2965898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.05626.35310295
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.50225.1959815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.658→1.701 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 398 -
Rwork0.25 7712 -
obs--95.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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