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万見
- PDB-5dy6: Enhanced superfolder GFP with DBCO at 148 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dy6
タイトルEnhanced superfolder GFP with DBCO at 148
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / click chemistry / non-canonical amino acids / superfolder GFP / DBCO-amine / chromophore / fluorecence
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Jones, D.D. / Rizkallah, P.J. / Worthy, H.L.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for functional switching of GFP by two disparate non-native post-translational modifications of a phenyl azide reaction handle.
著者: Hartley, A.M. / Worthy, H.L. / Reddington, S.C. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0724
ポリマ－51,8802
非ポリマー1922
水00
1
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1323
ポリマ－25,9401
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9401
ポリマ－25,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.980, 89.380, 122.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUTHRTHRAA6 - 632 - 59
21GLUGLUTHRTHRBB6 - 632 - 59
12VALVALGLYGLYAA68 - 23262 - 226
22VALVALGLYGLYBB68 - 23262 - 226

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25940.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M PCTP Buffer, 15% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→72.18 Å / Num. obs: 14111 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 99142
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.66-2.737.32.1271.1741110100.5110.84199.8
11.9-72.185.10.03233.910552060.9990.01599.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.66 Å72.18 Å
Translation2.66 Å72.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→72.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2968 / WRfactor Rwork: 0.1918 / FOM work R set: 0.6265 / SU B: 63.073 / SU ML: 0.494 / SU R Cruickshank DPI: 0.3396 / SU Rfree: 0.4114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2899 705 5 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1987 13360 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 204.03 Å2 / Biso mean: 111.809 Å2 / Biso min: 71.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.97 Å20 Å20 Å2
2---3.19 Å20 Å2
3----4.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→72.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3651 0 5 0 3656
Biso mean--190.75 --
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.9875068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42838069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5465445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.22424.915177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.83515626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3261516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6057.0951792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6067.0951791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.58310.6492233
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56080.11
12B56080.11
21A177820.12
22B177820.12
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.729 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.507 55 -
Rwork0.455 952 -
all-1007 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.42010.44810.20717.3939-1.67326.3542-0.10260.1255-0.09081.05020.3065-0.0923-0.3615-0.1438-0.20390.23290.0820.0060.12490.01850.01536.3901132.96535.0969
23.35530.2627-0.09956.4407-1.58236.9992-0.2024-0.1507-0.11580.85540.4048-0.04060.1737-0.0729-0.20240.18920.1109-0.00010.27120.04280.0181-16.306987.905724.6682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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