PDB-6c0o: Crystal structure of HIV-1 K103N mutant reverse transcriptase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0o

タイトル

Crystal structure of HIV-1 K103N mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c0o.cif.gz	444.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c0o.ent.gz	361.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c0o_validation.pdf.gz	831.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c0o_full_validation.pdf.gz	858.9 KB	表示
XML形式データ	6c0o_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	6c0o_validation.cif.gz	68.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0lC 6c0nC 6c0pC 6c0rC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ig3-d 4ify-d 2hny-d 6c0n-d 6c0p-d 5cyq-d 4g1q-d 6x4c-d 4kfb-d 4ifv-d 4idk-d 2zd1-d 3bgr-d 3mee-d 6eli-d 4i2p-d 4icl-d 5cym-d 1rt3-d 5vqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.588, 73.040, 109.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63974.160 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63974.160 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 745分子

#3: 化合物	ChemComp-K5C / 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-[4-[(E)-2-シアノエテニル]-2,6-ジメチルフェノキシ]チエノ[3,2-d]ピリミジン-(以下略) 分子量: 574.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 98210 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03412 / R_rim(I) all: 0.04039 / Net I/σ(I): 16.63
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.125 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 15735 / CC_1/2: 0.395 / R_rim(I) all: 1.335 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS	June 1, 2017	データ削減
XDS	June 1, 2017	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.901→43.445 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.01

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2087	4910	5 %	Random selection
R_work	0.1781	-	-	-
obs	0.1796	98210	99.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→43.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7927	0	151	718	8796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8455
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.794	11495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.616	5052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9013-1.9229	0.4444	161	0.3558	3078	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9229-1.9455	0.3586	161	0.3202	3054	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9455-1.9692	0.3092	162	0.2891	3087	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9692-1.9941	0.3325	161	0.2875	3063	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9941-2.0204	0.3138	166	0.2761	3144	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0204-2.0481	0.2866	160	0.2687	3049	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0481-2.0773	0.2992	165	0.2569	3131	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0773-2.1083	0.2935	162	0.2447	3082	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1083-2.1413	0.2641	164	0.2306	3111	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1413-2.1764	0.254	163	0.2256	3093	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1764-2.2139	0.2494	163	0.218	3105	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2139-2.2541	0.2435	161	0.2097	3063	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2541-2.2975	0.2381	165	0.2062	3126	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2975-2.3444	0.2476	164	0.2004	3124	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3444-2.3954	0.2272	163	0.1982	3088	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3954-2.4511	0.2427	163	0.1896	3092	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4511-2.5124	0.2399	163	0.1886	3100	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5124-2.5803	0.2345	166	0.1844	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5803-2.6562	0.2324	163	0.1931	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6562-2.7419	0.2279	165	0.1897	3149	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7419-2.8399	0.2251	164	0.1875	3107	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8399-2.9536	0.2091	164	0.1797	3125	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9536-3.088	0.2208	164	0.1823	3100	X-RAY DIFFRACTION	99
3.088-3.2507	0.2326	163	0.18	3114	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2507-3.4543	0.2367	164	0.1741	3099	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4543-3.7209	0.218	164	0.1603	3134	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7209-4.0951	0.1746	165	0.1482	3128	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0951-4.6871	0.1488	166	0.1423	3157	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6871-5.9029	0.1835	167	0.1689	3161	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9029-43.4563	0.1867	168	0.173	3187	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5194	0.1546	-0.5167	1.2985	0.9495	3.0159	0.1355	-0.1424	-0.055	0.3837	-0.0278	0.236	0.3293	-0.1619	-0.0508	0.6096	-0.0234	0.0028	0.4954	0.0533	0.3818	49.1446	-20.0022	58.6162
2	2.2489	0.5732	0.6326	2.4243	-0.622	2.4853	0.2705	-0.5737	-0.5922	0.3218	0.1755	0.6455	0.2303	-0.7384	-0.2683	0.4569	-0.0833	-0.0098	0.5629	0.1587	0.6335	30.2252	-21.212	26.477
3	3.1234	-1.4371	1.2156	1.1074	-0.5449	0.6374	0.0657	-0.0365	-0.0949	0.0065	0.0743	0.1106	0.1395	-0.1289	-0.1266	0.3435	-0.0292	0.0295	0.3871	-0.0054	0.3934	23.9382	1.3525	7.1693
4	3.7989	1.312	0.7511	3.6807	0.3154	3.6437	-0.138	-0.256	-0.3411	0.154	0.116	0.3067	-0.093	-0.2646	-0.0011	0.2536	0.0374	0.0507	0.4362	0.0609	0.4536	14.424	9.0129	6.614
5	4.4535	-0.5011	0.9367	4.5048	0.2765	4.2821	-0.0441	-0.0747	0.2955	0.3158	-0.0967	-0.1568	-0.3515	0.2797	0.0516	0.3806	-0.0618	-0.0321	0.3266	0.0464	0.2399	56.0328	1.9729	36.9167
6	1.8812	0.4611	0.5186	5.1591	-1.4943	2.5982	-0.1085	0.1049	0.4857	0.5002	-0.1314	-0.6942	-0.6852	0.5708	0.2007	0.607	-0.1841	-0.0982	0.583	0.0344	0.6133	62.2841	16.6185	32.6601
7	3.838	-0.9059	4.08	0.8676	-1.2323	4.5499	-0.0291	0.2234	-0.187	0.3791	-0.1659	-0.4879	-0.227	0.7042	0.0897	0.5419	-0.0482	-0.1201	0.7661	0.1562	0.6572	47.8657	22.7773	8.6126
8	2.1067	-0.6961	1.6421	1.8998	-1.4524	2.824	-0.1962	0.0719	0.2247	0.3151	0.0384	-0.0842	-0.3527	-0.0161	0.167	0.3942	-0.025	0.0589	0.3172	-0.0204	0.3481	36.3382	19.5053	13.2269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 226 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 384 through 473 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 84 through 212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 213 through 253 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 254 through 428 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 745分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 745分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 745分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)