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- PDB-6c0d: Crystal structure of an Amidase (hydantoinase/carbamoylase family... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0d
タイトルCrystal structure of an Amidase (hydantoinase/carbamoylase family) from Burkholderia phymatum
要素Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural genomics / Burkholderia phymatum / amidase / hydrantoinase family / carbamoylase family / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an Amidase (hydantoinase/carbamoylase family) from Burkholderia phymatum
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,29912
ポリマ－45,3681
非ポリマー93011
水8,701483
1
A: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
ヘテロ分子

A: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,59724
ポリマ－90,7372
非ポリマー1,86122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
Buried area7950 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.620, 136.620, 67.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-753-

HOH

21A-1083-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Amidase, hydantoinase/carbamoylase family


分子量: 45368.262 Da / 分子数: 1 / 断片: BuphA.12245.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (バクテリア)
株: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: Bphy_4610 / プラスミド: BuphA.12245.b.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B2JR29, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase

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非ポリマー , 5種, 494分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG-1 screen F11: 200mM Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.5: BuphA.12245.b.B1.PW38373 at 22.42mg/ml: cryo: 15% EG in 2 steps: tray 296390 f11: puck jzk7-6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.719 Å / Num. obs: 67274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.405 % / Biso Wilson estimate: 23.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 17.25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.854.4320.5452.0849470.8280.62100
1.85-1.94.5970.4572.5747940.8910.518100
1.9-1.954.7660.3623.3347140.9290.407100
1.95-2.014.9390.2854.5145200.950.319100
2.01-2.085.1070.235.8443940.9660.25699.9
2.08-2.155.7070.1828.1442770.9820.201100
2.15-2.236.7260.16310.4141300.9880.177100
2.23-2.327.0860.14212.1539760.9910.154100
2.32-2.437.4890.12514.2138150.9940.13599.9
2.43-2.557.9650.10816.8736280.9950.11699.9
2.55-2.688.6450.09420.1234750.9970.199.9
2.68-2.8510.0760.08125.3332860.9980.085100
2.85-3.0410.8710.07229.0431110.9980.075100
3.04-3.2910.8550.06133.5628750.9990.065100
3.29-3.610.7670.05138.9326760.9990.054100
3.6-4.0210.660.04743.3124240.9990.049100
4.02-4.6510.6250.04345.6221440.9990.045100
4.65-5.6910.7720.03945.8218310.9990.041100
5.69-8.0510.80.03744.3114330.9990.039100
8.05-44.71910.1410.03148.518240.9990.03299

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
PHASER位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX1.13rc1_2961精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5j4mA as per MorDa

解像度: 1.8→44.719 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1775 1991 2.96 %0
Rwork0.1574 ---
obs0.158 67230 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.81 Å2 / Biso mean: 32.1336 Å2 / Biso min: 10.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 58 500 3571
Biso mean--56.88 43.46 -
残基数----404
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8001-1.84510.26461340.226546404774
1.8451-1.8950.19911440.209946244768
1.895-1.95080.22271450.196946254770
1.9508-2.01370.22391690.177345644733
2.0137-2.08570.19891680.163946394807
2.0857-2.16920.17391620.158246024764
2.1692-2.26790.19771460.165346144760
2.2679-2.38750.19951290.163446474776
2.3875-2.5370.20451090.16746964805
2.537-2.73290.17041600.159246284788
2.7329-3.00790.18181450.16246624807
3.0079-3.4430.19441000.151347234823
3.443-4.33720.13141190.13347394858
4.3372-44.73320.16091610.147848364997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8647-0.2235-0.03841.89330.0313.144-0.0003-0.00270.4069-0.1915-0.0201-0.1018-0.76070.0763-0.00130.3077-0.00690.00160.1406-0.00480.251463.085364.13939.3074
22.40491.2036-1.0650.6264-0.50950.46240.1222-0.22490.08140.0681-0.08070.0001-0.09350.1806-0.04360.1487-0.04980.00920.2164-0.00290.167995.875360.37660.3062
32.50930.18660.24941.52391.07012.1382-0.03430.07490.1515-0.23680.0009-0.0132-0.30550.21760.03150.1427-0.01160.00120.12570.02430.14367.399450.24176.6279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 198 )A3 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 199 through 345 )A199 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 346 through 413 )A346 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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