PDB-6bzc: Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Elizabeth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bzc

タイトル

Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Elizabethkingia anophelis with bound Glucose-6-phosphate

要素

Glucose-6-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / gluconeogenesis / carbohydrate biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Elizabethkingia anophelis with bound Glucose-6-phosphate
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bzc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6bzbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nuh-d 6bzb-2 1gzd-d 1iat-d 1t10-d 6bzb-1 1gzv-d 2wu8-d 3q7i-d 3ljk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ElanA.17127.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.280, 102.140, 153.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI

分子量: 62983.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: pgi, BD94_3890 / プラスミド: ElanA.17127.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EQ93, glucose-6-phosphate isomerase

#2: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: ElanA.17127.a.B1.PS38341 at 26.1 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(f1): 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 20% (w/v) PEG MME 5000. Crystal was then soaked with 5 mM glucose-6-phosphate and 20% ethylene ...詳細: ElanA.17127.a.B1.PS38341 at 26.1 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(f1): 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 20% (w/v) PEG MME 5000. Crystal was then soaked with 5 mM glucose-6-phosphate and 20% ethylene glycol for 4 days. Tray: 295124f1, puck: pqf5-1

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.03 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ElanA.17127.a.B1.PS38341 at 26.1 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(f1): 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 20% (w/v) PEG MME 5000. Crystal was then soaked with 5 mM glucose-6-phosphate and 20% ethylene ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→48.466 Å / Num. obs: 68995 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.004 % / B_iso Wilson estimate: 24.64 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 9.51 / Num. measured all: 276270 / Scaling rejects: 29

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1	4.058	0.508	2.57	20399	5029	5027	0.726	0.587	100
2.1-2.16	4.069	0.417	3.3	20116	4952	4944	0.782	0.481	99.8
2.16-2.22	4.072	0.359	3.79	19496	4796	4788	0.843	0.415	99.8
2.22-2.29	4.085	0.323	4.28	18945	4647	4638	0.871	0.372	99.8
2.29-2.37	4.075	0.284	4.91	18425	4526	4522	0.898	0.328	99.9
2.37-2.45	4.074	0.247	5.73	17691	4348	4342	0.903	0.286	99.9
2.45-2.54	4.071	0.217	6.3	17145	4220	4212	0.939	0.251	99.8
2.54-2.65	4.06	0.189	7.25	16600	4098	4089	0.946	0.219	99.8
2.65-2.76	4.038	0.161	8.33	15854	3930	3926	0.961	0.186	99.9
2.76-2.9	3.991	0.136	9.57	14919	3742	3738	0.974	0.157	99.9
2.9-3.06	3.986	0.114	11.33	14137	3554	3547	0.979	0.132	99.8
3.06-3.24	3.923	0.095	13.18	13304	3403	3391	0.983	0.11	99.6
3.24-3.47	3.909	0.08	15.69	12436	3194	3181	0.988	0.092	99.6
3.47-3.74	3.869	0.07	17.59	11440	2972	2957	0.989	0.081	99.5
3.74-4.1	3.866	0.065	18.88	10659	2772	2757	0.99	0.075	99.5
4.1-4.58	3.914	0.059	20.25	9667	2495	2470	0.99	0.068	99
4.58-5.29	3.934	0.055	20.16	8666	2223	2203	0.994	0.063	99.1
5.29-6.48	3.911	0.051	18.9	7442	1906	1903	0.994	0.059	99.8
6.48-9.17	3.901	0.041	20.11	5816	1495	1491	0.997	0.047	99.7
9.17-48.466	3.582	0.03	20.46	3113	890	869	0.998	0.034	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(dev_2919)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BZB

6bzb

解像度: 2.05→48.466 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2764	2075	3.01 %
R_work	0.2069	66919	-
obs	0.209	68994	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.27 Å² / B_iso mean: 29.6201 Å² / B_iso min: 9.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→48.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8699	0	54	548	9301
B_iso mean	-	-	35.83	29.51	-
残基数	-	-	-	-	1094

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0499-2.0976	0.3315	145	0.2621	4413	4558	100
2.0976-2.1501	0.3262	137	0.2557	4370	4507	100
2.1501-2.2082	0.3347	153	0.2548	4409	4562	100
2.2082-2.2732	0.3551	128	0.2517	4410	4538	100
2.2732-2.3465	0.3245	145	0.2506	4419	4564	100
2.3465-2.4304	0.316	120	0.2403	4449	4569	100
2.4304-2.5277	0.3394	147	0.2358	4415	4562	100
2.5277-2.6428	0.3583	141	0.2325	4419	4560	100
2.6428-2.7821	0.3257	147	0.224	4455	4602	100
2.7821-2.9564	0.3034	155	0.2161	4434	4589	100
2.9564-3.1846	0.3079	118	0.2151	4497	4615	100
3.1846-3.505	0.2606	111	0.1946	4491	4602	99
3.505-4.0119	0.2348	146	0.1809	4483	4629	100
4.0119-5.0538	0.2209	147	0.1672	4510	4657	99
5.0538-48.4792	0.2012	135	0.1783	4745	4880	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7743	-1.4092	0.0881	3.6355	0.5973	1.1261	-0.0746	0.1713	0.0273	-0.4837	0.147	-0.1283	-0.1459	-0.1334	-0.0646	0.3013	-0.0376	0.0545	0.3155	0.0465	0.1501	26.9728	12.5942	-44.3986
2	1.0663	0.1317	0.3169	0.3824	0.4554	1.3157	-0.1193	0.1355	0.1605	-0.1192	-0.0652	-0.0534	-0.3074	0.1598	0.1517	0.3214	-0.0832	0.0313	0.2322	0.0799	0.272	30.6107	26.7537	-27.0274
3	0.8143	-0.0043	-0.333	0.4713	0.145	1.3236	0.0054	-0.0891	-0.0607	-0.0006	0.0176	-0.0807	0.072	0.2067	-0.0128	0.1816	-0.0291	-0.013	0.2388	0.0461	0.2397	32.8348	7.8501	-2.2083
4	2.72	-0.213	1.2707	0.9788	-0.4196	3.0468	-0.0285	-0.3392	-0.1495	0.1607	0.1044	0.1204	0.0061	-0.1777	-0.0864	0.2284	-0.0119	0.0418	0.2284	0.0568	0.2111	25.1547	10.4265	7.6782
5	0.6815	-0.1341	0.226	0.9037	0.0502	0.8171	-0.0058	0.0799	0.1414	-0.0296	-0.05	-0.0473	-0.0639	0.0704	0.0551	0.1693	-0.0419	0.0259	0.196	0.0433	0.1805	30.324	14.0181	-19.8884
6	0.5783	0.3626	-0.0984	1.042	0.2691	0.4169	0.0156	0.0878	-0.0814	-0.2176	-0.0214	-0.0004	-0.0235	0.009	-0.0036	0.225	-0.0124	0.0283	0.2379	-0.0317	0.1572	24.8735	0.6955	-31.1317
7	0.7671	0.3392	0.0638	0.5545	0.1537	0.5566	-0.0202	0.045	-0.0682	-0.0539	0.0213	0.0238	-0.0003	-0.0263	0.0035	0.1712	0.0175	-0.0205	0.2184	0.0343	0.1698	15.5995	3.283	-25.2562
8	0.2015	-0.192	-0.0292	1.2154	0.165	0.948	-0.0437	0.0484	-0.0595	-0.1697	-0.0026	0.2892	-0.1482	-0.2166	0.0534	0.1927	-0.0184	-0.0309	0.407	0.0039	0.332	-8.9633	0.5388	-26.4454
9	1.5385	-0.6095	0.0727	2.968	-0.4033	2.0929	-0.0381	0.0519	-0.2567	-0.1722	0.0133	0.2508	0.2543	-0.1526	0.0004	0.278	-0.0747	-0.0277	0.2391	-0.0275	0.2791	2.4937	-25.752	-26.3626
10	1.1991	0.2791	-0.3124	0.7886	-0.2355	0.7935	-0.1186	0.1238	-0.1604	-0.0357	-0.0136	-0.1459	0.2866	0.0691	0.133	0.31	-0.0049	0.0169	0.2063	0.0467	0.2456	23.3873	-22.6494	-13.1092
11	0.3108	0.084	0.1894	0.577	0.1691	0.6572	0.0289	0.0145	0.004	-0.0209	0.0311	0.1035	0.0445	-0.1013	-0.0457	0.1814	-0.001	0.0103	0.251	0.0123	0.2253	6.9017	0.1834	-20.2423
12	4.1365	-1.4203	-2.336	5.4645	1.0737	6.2596	0.3141	-0.0923	0.6822	-0.1599	0.0618	0.051	-0.4485	-0.102	-0.3227	0.2066	-0.0021	0.0245	0.2053	0.019	0.2355	5.0963	31.8516	-17.481
13	0.7043	-0.1979	-0.1931	0.6207	-0.162	0.5089	-0.0092	-0.015	-0.1311	-0.1289	-0.0114	0.0126	0.0432	0.0789	0.0248	0.2099	-0.0528	0.0166	0.2504	0.0015	0.236	19.2634	-7.9507	-29.3232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 59 )	A	0 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 116 )	A	60 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 212 )	A	117 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 213 through 243 )	A	213 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 244 through 356 )	A	244 - 356
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 357 through 432 )	A	357 - 432
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 433 through 547 )	A	433 - 547
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 72 )	B	2 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 73 through 116 )	B	73 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 117 through 305 )	B	117 - 305
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 306 through 432 )	B	306 - 432
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 433 through 460 )	B	433 - 460
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 461 through 547 )	B	461 - 547

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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