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- PDB-6bz9: Crystal structure of human caspase-1 in complex with Ac-FLTD-CMK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bz9
タイトルCrystal structure of human caspase-1 in complex with Ac-FLTD-CMK
要素
  • (Caspase-1) x 2
  • Ac-FLTD-CMK
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / The IPAF inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / cytokine precursor processing ...caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / The IPAF inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / cytokine precursor processing / canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / caspase binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-1 processing / osmosensory signaling pathway / Interleukin-37 signaling / pattern recognition receptor signaling pathway / : / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / The NLRP3 inflammasome / protein autoprocessing / protein maturation / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / kinase binding / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / microtubule / defense response to virus / endopeptidase activity / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site ...Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Caspase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.796 Å
データ登録者Xiao, T.S. / Yang, J. / Liu, Z. / Wang, C. / Yang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR069908 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of gasdermin D recognition by inflammatory caspases and their inhibition by a gasdermin D-derived peptide inhibitor.
著者: Yang, J. / Liu, Z. / Wang, C. / Yang, R. / Rathkey, J.K. / Pinkard, O.W. / Shi, W. / Chen, Y. / Dubyak, G.R. / Abbott, D.W. / Xiao, T.S.
履歴
登録2017年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年9月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: Ac-FLTD-CMK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8945
ポリマ－30,6823
非ポリマー2122
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.830, 63.830, 160.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 19869.838 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 120-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#2: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 10258.755 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 317-404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#3: タンパク質・ペプチド Ac-FLTD-CMK


分子量: 553.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→29.66 Å / Num. obs: 31896 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 21.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.375 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QBH

2qbh
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.796→29.657 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1998 6.29 %
Rwork0.178 --
obs0.18 31762 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.796→29.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 14 125 2233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7412910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0791834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7964-1.84130.34051380.28582046X-RAY DIFFRACTION97
1.8413-1.89110.24131380.23492058X-RAY DIFFRACTION99
1.8911-1.94680.20121410.212077X-RAY DIFFRACTION99
1.9468-2.00960.21511400.18632101X-RAY DIFFRACTION100
2.0096-2.08140.2381400.19492084X-RAY DIFFRACTION100
2.0814-2.16470.25981400.192084X-RAY DIFFRACTION100
2.1647-2.26320.24121420.19082119X-RAY DIFFRACTION100
2.2632-2.38250.26031410.19382099X-RAY DIFFRACTION100
2.3825-2.53160.19521420.19542126X-RAY DIFFRACTION100
2.5316-2.7270.21681430.19752127X-RAY DIFFRACTION100
2.727-3.00120.23571430.20022133X-RAY DIFFRACTION100
3.0012-3.43490.23951450.19362163X-RAY DIFFRACTION100
3.4349-4.32550.17351490.14762209X-RAY DIFFRACTION100
4.3255-29.66120.18741560.15792338X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01741.13413.47257.057-3.07093.5575-0.51121.0723-1.33160.51540.00630.18831.1160.00580.43620.7739-0.1260.15430.4023-0.16890.4922-21.3746-49.61-9.1762
22.95222.00311.84852.5987-0.40823.78860.1632-0.8037-1.3349-0.23970.16472.51810.7457-2.1422-0.20750.6504-0.3235-0.00821.018-0.09451.1427-37.1961-40.6052-9.9491
35.1462-4.9646-4.9126.97172.0847.55360.05660.9369-0.4422-0.2142-0.44970.50430.9426-0.56530.45760.3895-0.0954-0.00140.5835-0.12670.3409-25.4498-37.729-19.7432
42.61562.87260.45235.0922.00633.17220.03030.3079-0.44960.28540.3622-1.1870.14841.4996-0.31580.29150.0401-0.03510.7338-0.1010.49510.9974-31.4017-4.8669
52.69111.4611.07014.68961.54914.4794-0.0950.0868-0.18680.1960.1831-0.36420.50980.61-0.09110.31490.05690.03420.3758-0.06810.2711-7.7057-38.073-10.6386
67.14371.96241.76731.72151.14297.9014-0.0450.61530.1387-0.18330.0837-0.0968-0.20980.4689-0.0450.26740.00890.04450.3145-0.02920.3027-11.2127-28.0866-17.3107
72.6808-2.4376-3.37566.77683.39934.20410.2416-0.27220.66210.26210.3785-0.1162-0.681.0291-0.60640.4149-0.124-0.00810.5938-0.09250.4996-3.7865-21.6478-0.2315
84.53610.5488-0.14852.0733-0.07082.94470.11130.06060.5235-0.0215-0.004-0.2748-0.42460.5221-0.03350.2806-0.06780.05980.3347-0.03050.3227-10.5987-21.5938-10.3459
97.2652-1.9915-5.48472.10872.57349.1849-0.1618-0.6844-0.28690.3252-0.1951-0.03490.34531.0170.32420.3588-0.0589-0.06730.3872-0.04070.3181-10.906-25.35217.1023
105.4266-3.34563.37357.8386-5.96164.59240.09660.2595-0.038-0.33150.12260.13690.3152-0.1665-0.23930.2776-0.04420.04620.33350.00510.2491-26.0794-18.1357-16.8407
117.0445-5.12620.87887.1455-0.24252.87380.1223-0.2827-0.15930.29780.0763-0.35950.52860.6897-0.22480.36630.0363-0.04130.39950.00260.3081-7.9592-31.46325.6252
123.3574-0.3486-0.28481.73331.52746.6863-0.26710.0632-0.36360.49490.05660.25190.8107-0.10710.18760.4487-0.0330.090.220.00660.2617-21.147-37.68681.5977
137.2691.1447-1.88666.28055.01376.87260.156-0.43-0.64950.79640.1754-0.18161.15650.5763-0.22390.44590.0183-0.03440.2726-0.0120.304-15.0106-31.096110.4918
143.7348-2.5812-0.85982.83762.88814.6373-0.18820.3547-0.2463-0.0231-0.09830.76830.4913-0.51940.24360.2613-0.09980.04460.3459-0.02120.2123-27.2305-32.9106-9.7443
156.42824.8431-1.93614.10780.41748.3476-0.0086-0.49420.18030.89180.2392-1.40610.05241.1193-0.21960.54440.1922-0.1010.6794-0.14240.5227-1.5865-33.13368.1168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 127 through 137 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 151 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 163 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 164 through 181 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 182 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 208 through 235 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 236 through 245 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 246 through 283 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 284 through 297 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 317 through 328 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 329 through 347 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 348 through 377 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 378 through 390 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 391 through 404 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 2 through 5 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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